臨時約法的效力完全恢復以前，中華民國之行政權由大元帥行使，大元帥對外代表中華民國，元帥協助大元帥籌商政務。軍政府設外交內務財政陸軍海軍交通六部。為了適應護法戡亂的戰爭需要，軍政府沒有采納臨臨時約法規定的內閣制，而採取中華革〗命黨革〗命方略中提出的黨政軍權合一的大元帥制方案，實行軍事內政外交合一的元首制。
9月1日非常國會根據軍政府大綱選舉大元帥，孫中山當選，次日補選元帥三人。
三位元帥是：川矜巡閱使王恆嶽兩廣巡閱使陸榮廷四川督軍唐繼堯。
可惜的是這個護法政府根本沒有得到西南軍人的支援，雲南唐繼堯不理不睬，而桂系陸榮廷更為冷淡。
至於那位川矜巡閱使王恆嶽，更是對這份所謂的任命看都未看
非常國會選出王恆嶽為元帥後，王恆嶽迅速去電不受元帥，非常國會和孫大元帥都去電勸勉，同時派章炳麟為勞軍使，攜帶元帥印前往正在貴陽的王恆嶽，請王恆嶽接受。王恆嶽仍然拒絕接受。
王恆嶽的態度鐵板一塊，刀刺不入，水潑不進，讓孫中山很是惱怒。
不久孫中山又釋出命令唐繼堯為川滇矜三省靖總司令，可是唐繼堯哪裡肯受這份虛職
川滇矜三省靖總司令現在四z：和貴州都在王恆嶽的控制之下，自己這個總司令除了滇軍，還能指揮誰去
好像說好了一般，非常國會選出的三位元帥雖然彼此間明爭暗鬥，甚至大打出手，可是在對待元帥這件事上，卻是出奇的保持一致。
在非常國會選出陸榮廷為元帥的當天，陸榮廷致電非常國會表示自己的政見，反對另組政府，主張黎元洪總統復職，同時通電全國宣告以後廣東發生任何問題，概不負責。非常國會對陸榮廷這個態度未敢譴責
桂系的廣東督軍陳炳棍則表示另一種態度，他招待廣州報界，解釋自己的立場：馮代總統的地位是合法的，段內閣的地位是非法的，所以我們反段不反馮。
至於在廣州組織軍政府問題，他說我不能表示贊成的態度，也不願採取干涉的態度，但是廣東人民不能擔負軍政府和非常國會的經費開支。
西南實力派的三大軍閥王恆嶽陸榮廷唐繼堯對所謂的護法政府採取了完全不合作態度
西南各路軍閥有槍有兵，他們需要的是獨霸一方，而軍政府方面，卻採取了元首制，樹立了孫中山在護法政權中的領導地位，他們反而成了配角
王恆嶽是素來不理睬孫文的任何命令的，而陸榮廷與唐繼堯對軍政府的組織原則及選舉結果都非常不滿，三人均不肯就元帥職也就在情理之中。
伍廷芳唐紹儀程璧光李烈鈞等國民黨穩健派人士為求得與西南實力派的合作，也贊成合議制，故這四人也不肯就職。
於是孫中山任命了一批中華革〗命黨的骨幹和原同盟會或國民黨的ji進分子代理各項工作。
這樣，軍政府實際上成為中華革〗命黨力圖領導護法運〗動的政府，從而決定了它必遭西南軍閥的反對的命運
軍政府的成立，標誌著護法運〗動的到來，也標誌著南北對峙局面的形成。
段祺瑞繼承袁世凱武力統一中〗國的衣缽，決心以北洋武力鎮〗壓西南護法，挑起第二次南北戰爭。
段祺瑞的敵人是西南軍人，包括雲南貴州四川廣東和廣西五省。他的用兵計劃準備是先穩住四川，拉攏四川軍閥王恆嶽，如果王恆嶽能夠就範，那麼便派王恆嶽由四川進攻雲南，自己由湖南進攻兩廣。
湖南距離北洋派的佔領區最近，本身實力又不強硬，是一個假道的理想地帶。段祺瑞打算由湖北江西兩路夾攻湖南，段祺瑞乃決定調淞滬護軍使第十師師長盧永祥為湖南督軍。
這時候湖南人唱出湘人治湘的口號。在北京的湖南著名人士，如熊希齡範源濂等也主張湘人治湘，維持現狀，反對北軍入湘，加以譚延闓以湖南省長而兼督軍，頗得湖南人們的擁戴。
可是，這卻不是段祺瑞願意看到的局面。
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