黎元洪和段祺瑞的衝突終於在是否對德宣戰這件事上完全爆發出來。

最初一段時間，黎元洪還是相當能忍耐的，他做副總統那麼久，自然早已學會韜光養晦，遇事忍讓。而段祺瑞脾氣雖大，但好歹也是留過洋的人，多少有些遵行憲法的觀念，也不至於給黎太過難堪。

俗話說，閻王好見，小鬼難拿。有些事情反而是壞在了手下那些人手裡。

段祺瑞早年留學德國，最少還能表面上表現出對黎總統的尊重，但他的手下就很難做到，比如段祺瑞最信任的「小扇子軍機」徐樹錚就是最難說話的一個。

徐樹錚很有才幹，而且極得段祺瑞倚重，段祺瑞怠於政務，每天總要下棋、打牌，把時間消磨在這上面，公務基本上由徐幫忙處理。而且徐十分能幹，總能將政務處理得井井有條，又對段忠心耿耿。時間一長，段就對其極為依賴，彷彿沒有小徐自己就不知怎麼處理公文。

但徐樹錚這人最大的毛病就是恃才傲物，飛揚跋扈，說話做事盛氣凌人，絲毫不留情面，甚至是老段的情面也不講。包括段的親信，見到其都繞著道走，敬而遠之。

反正小徐替老段把能得罪的人都得罪光了。

從用人識人這方面，老段跟袁世凱比差得太遠。老袁手下有一幫人替他做事，而老段只有一個小徐可用。

段祺瑞任國務總理，便讓徐樹錚任國務院秘書長。

段祺瑞做太上總理，讓黎元洪當橡皮圖章。

這裡面的起因是民黨最早為限制袁世凱而匆匆制定的所謂《臨時約法》。由於當時約法對總統府與國務院之間的許可權不甚了了，而老段和老黎在平日裡也不太互通聲氣，因此在一些事務上難免出現誤會與衝突。按照約法規定，國務院所決定的重大事件，應當呈遞給總統府，由大總統蓋印發布。徐樹錚是國務院秘書長，因此經常要往返於國務院和總統府辦事，但這個小徐經常不給黎總統說明事件來由，只管催促總統趕快蓋印。要是黎元洪多問上幾句，小徐脾氣上來就敢當面頂撞。徐樹錚這種盛氣凌人的態度，若不是總統府秘書長張國淦從中斡旋調解的話，黎總統還真是有點吃不消。

有一次，徐樹錚拿著山西省三個廳長的任命書來請總統蓋印，黎元洪剛剛問了幾句這三人的從前來歷，小徐就不耐煩的說：「大總統問這些幹什麼？請趕快蓋印，我事情忙得很！」這下可真是把黎元洪氣得半死。等徐樹錚走了，黎元洪恨恨的跟手下人說：「我本不想要做什麼總統的，可你們看看，這些人目無總統到了什麼地步！」

總統府秘書長張國淦兩頭受著夾板氣，自然日子好過不了，幹了三個月，終於受不住辭職走人。黎元洪做了總統後，一大幫湖北老鄉都攀附到他的門下，總統府被人戲稱為「湖北會館」，這幫人可不願眼看著黎元洪手上無權，在這些人的鼓動下，總統府與國務院之間的矛盾更是迅速激化。

在張國淦辭職之後，代替他的是人稱「報界三傑」之一的參議員丁世嶧。丁秘書長可沒有張國淦那麼好說話，他的性格和小徐倒是有點像，一向是言辭犀利，做事幹練，豈能容忍小徐那樣驕橫跋扈的作風？這不，他一就職，馬上就搞了一個「府院辦事手續」草案，名義上是為了劃分府院許可權、規範辦事手續，但說白了，其實就是要為總統府爭得權力與地位……你國務院不能把總統府看成是一個蓋印的機器啊！

丁秘書長的提議得到了黎總統的支援，但引起了國務院那邊激烈的反對，他們認為這個草案就是「總統爭權」，是用總統制來替代內閣制，這如何使得？段祺瑞身為內閣總理，當然不能對這事坐視不理，他隨後便請假不出，以此來向黎元洪施加壓力。

黎總統其實也心虛得很，他也不想把事情搞大，因為老段不出來理事的話，他還真維持不了局面。於是黎元洪又找人出來斡旋調解，說他本人是尊重《臨時約法》和責任內閣制的，絕沒有要恢復總統制的想法；之所以搞出「府院辦事手續」的草案，主要是想協調府院之間的關係，避免誤解，減少矛盾。趁此機會，黎總統又向老段投訴徐樹錚等人在總統府囂張跋扈的種種做法，並希望老段能對這些人稍加約束。

既然黎元洪服了軟，老段也就坡下驢，銷假回來辦事。雙方經過一番調解和討論之後，都做了讓步和折中，老段還特別指示小徐，以後交給黎總統核閱的檔案，一定要親自遞送，並且一定要注意收斂。於是，「府院辦事手續」的風波就暫時平息了下來。

一波剛平，一波又起，這次卻是來自國務院內部，內務總長孫洪伊與秘書長徐樹錚發生衝突。孫洪伊是清末著名的立憲黨人，在民國初年的組黨熱潮中大出風頭，他此時與黎總統及林副總統的關係打得火熱，自然免不了與老段、小徐發生矛盾。