方從哲重新跪倒，為劉光復求情道：「小臣無知妄言，望霽天威。」

萬曆皇帝餘怒未息，又拉著太子朱常洛的手問群臣道：「你們都看見否？如此兒子，謂我不愛護，譬如爾等有子如此長成，能不愛惜乎？」又讓內侍把四位皇孫、皇孫女從左階下引到階墀上，站在他身邊，示意各位大臣仔細看看他的佳孫、佳孫女，這天倫之樂誰忍心去破壞？

張原注意到那位小公主先前站立的石階上有一塊水跡，顯然是小公主尿急了，皇室規矩太嚴，小公主尿急了竟不敢走開，又緊張又害怕，就尿出來了，走上階墀時一步一個小小的溼腳印，好在絕大多數人都被萬曆的怒火震懾吸引，並未留心一個小女孩的腳步——

萬曆皇帝又道：「朕與皇太子天性至親，祖宗祖母俱鑑，小臣恣意妄言，離間我父子，真是奸臣，真是奸臣！」

跪在下面的大臣們也納悶啊，劉光復明明是稱頌之語，怎麼就成了離間皇上父子的奸臣了？料想是皇帝借題發揮，發洩對外臣的怨氣，這真是天威難測啊，頌揚之詞也會觸黴頭，還是閉嘴為好——

其他官員可以不說話，首輔方從哲不能讓皇帝一個人在那說啊，叩頭道：「諸臣豈敢如此。」

萬曆皇帝見群臣震懾，這才言歸正傳，說道：「瘋癲奸徒張差闖入東宮，打傷內官，今張差已畏罪而斃，只把龐保、劉成和薊州刁民李自強、李萬倉拿問，其餘不許波及。」轉頭對皇太子朱常洛說：「你有何話，且與諸臣悉言，不要隱瞞。」

朱常洛知道父皇是要他對梃擊案表態，說道：「似此瘋癲之人，決了便罷，不必株連。」又覺得這話還不夠分量，怕父皇不滿意，接著道：「我父子何等親愛，外廷有許多議論，寧陷我為不孝之子嗎。」

萬曆皇帝微不可察地點了一下頭，介面問群臣道：「你們都聽到皇太子方才所言否？」以目示意方從哲——

方從哲趕緊回話道：「聖諭已明，人心已定，望皇上毋以此介懷。」

萬曆皇帝這才天顏開霽，臉露笑意，讓近侍轉告把守慈寧宮門的宮衞和太監，讓遲到的官員放行無阻，又有數十名科道官起來，跪在後面覲見天顏，萬曆皇帝又當眾表演了一番父子親愛，以破除宮外種種易儲的謠傳，最後讓皇太子攙著他站起來，父子二人並排而立，萬曆皇帝問群臣：「爾等俱見否？」

百官都拜伏稱頌，萬曆皇帝又道：「皇太子再次出閣講學之事，內閣會同司禮監與禮部、翰林院、詹士府商議，擇日舉行。」

眾官甚喜，山呼萬歲。

司禮監掌印太監李恩示意眾官告退，獨把方從哲召到御前，萬曆皇帝吩咐道：「速作諭來，無誤批發。」這是要急著了結梃擊案。

方從哲回到內閣，吳道南已被送回寓所休養，內閣又只有他一個人，好在皇帝已給梃擊案定性，擬旨不難，當即遵照皇帝方才所言草擬了一份處理梃擊案的諭帖，那司禮監的太監就等在內閣堂前呢，急將諭帖送至乾清宮弘德殿，萬曆皇帝略改數字，便蓋印發出，同時又下一道諭旨：「御史劉光復在慈慶宮前高聲狂吠，離間朕父子，著錦衣衞拿送刑部，從重擬罪具奏。」

那劉光復真不知是禍從何起，當時萬曆皇帝身邊的其他人也都未留意魏進忠以一個「願」字讓劉光復大禍臨頭，其他官員雖有疑惑，但這種事已經沒法再去追問、查證，魏進忠這一手可謂妙到毫巔、殺人不見血，只有張原猜測可能是那傳話的魏進忠從中添油加醋說了些什麼，不然皇帝怎麼會突然那麼震怒，因為只有張原知道魏進忠何等的奸險狠毒，後人曾以「形質豐偉，言詞佞利」來評價從小混混到九千歲的魏忠賢，「言詞佞利」就是說魏進忠善於花言巧語並且很犀利，張原對這位未來的九千歲保持著警惕，必要時候要果斷幫助鍾本華——

六月初七，刑部擬以對劉光復杖刑、革職，萬曆皇帝還認為判得太輕，要對劉光復處於死刑，這有點殺雞駭猴的意思在裡面，要外臣不敢再對梃擊案說三道四，方從哲與其他科道官上書營救，乃改為由刑部、都察院重審。

六月初九，三法司與司禮監在文華門前審問龐保、劉成，現在張差已死，龐、劉二人當然矢口否認曾指使張差闖宮，只說是張差瘋口扳誣，他們無罪——

薊州的李自強、李萬倉也已解到京城，這二人在刑部受審，也不承認受龐、劉二人指使，引薦張差闖宮，用刑之下承認平日對張差多有欺壓，燒燬了張差的柴草並毆打張差，同時在刑訊之下，二李又招供出在薊州黃花山不少欺男霸女的惡事，龐保、劉成這兩位內官對二李多有包庇——

都察院堂官張問達是親東林的，上疏申辯說，張差已死，龐、劉容易抵賴，而文華門又是尊嚴之地，不便動用刑具，難以審得實情，希望皇帝同意把龐、劉二人移到刑部審問。

萬曆皇帝不同意將龐、劉二人移到宮外受審，又授意皇太子朱常洛傳話給三法司堂官，說不可輕信仇口，株連無辜，但刑部在審問二李時就獲知龐、劉二人在薊州藉口為鄭貴妃修鐵瓦殿就幹了不少斂財擾民的惡行，一意要求將龐、劉二人發到宮外審訊，這樣僵持了數日，六月十三從宮中傳出訊息，龐、劉二囚因為天氣炎熱、受刑不過，已經死亡，隨即萬曆皇帝傳旨明確了這一訊息——

這下子梃擊案沒法再審了，京中有傳言龐、劉二人未死，是鄭貴妃包庇的，已秘密送往某處，但很多人還是相信龐、劉二人已死，因為這二人本非什麼重要人物，鄭貴妃沒必要冒風險包庇這兩個下人，還是處決了乾淨，也算是給太子一個交代。

六月十五日，方從哲、吳道南兩位閣老讓人傳話三法司堂官，要以太子出閣講學為重，儘快了結梃擊案，於是就在次日，刑部將處理意見上呈皇帝，還是以張差「實系瘋癲，誤入宮闈」定罪，李自強、李萬倉因為凌虐鄉民、為非作歹被判流放——

六月十八日，萬曆皇帝批覆了刑部關於梃擊案的奏章，同意刑部的處理意見，同時將御史劉廷元貶為鄧州判官、刑部郎中胡士相貶為鄧州知州、刑部主事鄒紹光貶為靈璧縣知縣、刑部主事王之寀貶為全椒縣知縣、工科給事中何士晉出為浙江僉事、在慈慶宮狂吠的御史劉光復削職為民——

浙黨三人、東林黨二人被貶出京，看似雙方各打五十大板，但劉廷元是浙黨首領，在姚宗文聲譽受損的情況下，劉廷元又被貶，浙黨損失遠大於東林，本次梃擊案可以說以東宮和東林獲勝告終。

六月二十五日，王之寀離京赴南直隸滁州全椒縣任職，東宮太監王安悄然相送，王安對王之寀被貶感到很歉疚，王之寀笑道：「但得東宮安穩，王某縱死亦不足惜，貶為縣官已是皇恩浩蕩。」

王安低聲道：「心一兄放心，早晚有回京重用之日。」王之寀，字心一。

王之寀正色道：「下官並非為他日的榮華富貴計。」

王安忙道：「是，是，心一兄忠義，王安敬服。」

王之寀微微一笑，壓低聲音道：「梃擊案總算了結了，王公公此計絕妙啊，下官真正敬服的是王公公。」

王安道：「雜家也是有高人指點。」

王之寀一驚，忙問：「何人？」

王安道：「也是一名內官，暫不洩露其姓名，此人對東宮忠心耿耿。」

王之寀嘆道：「天下才智傑出、智謀深沉之輩多有，就看其才智是用在為善還是為惡上。」說罷，向王安一揖：「拜別公公。」解纜揚帆南去。