淮人官僚集團的中心人物是李善長。他是朱元璋起兵後的幕府書記，稱王時的右相國，稱帝后的左相國、左丞相，在朝廷上位列第一。兒子是皇帝的女婿駙馬都尉。他的親戚同鄉胡惟庸也繼為丞相。從李善長到胡惟庸先後掌權的十七年中，極力排擠非淮人，不使當權。浙東地主集團的領袖劉基也是開國功臣，是朱元璋的親信謀士。元璋對他兒子說過：「我到婺州時，得了處州。他那裡東邊有方國珍，南邊有陳友定，西邊有張家，劉伯溫那時挺身來隨著我。……鄱陽湖裡到處廝殺，他都有功。」在和陳友諒、張士誠的爭奪戰中，他都向元璋提出了正確的意見。組成明朝軍隊的軍衛制也是他的建議，功勞很大。但在大封功臣時，劉基只封誠意伯，歲祿二百四十石。李善長則封韓國公，歲祿四千石。朱元璋到汴梁大會諸將，李善長和御史中丞劉基在南京留守，善長的親信中書省都事李彬犯法，善長求情，劉基不聽，向元璋書面報告，批准後就把李彬殺了。浙東地主集團本來是淮西集團的眼中釘，再加上這件事，仇恨就越發深了。元璋回來後，聽了善長的挑撥，就讓劉基請假回家。洪武四年索性要他告老回鄉閒住了。在此以前，元璋曾和劉基商量丞相的人選，有人攻擊李善長，劉基說他是舊人有功，能夠調和諸將。元璋說：「他多次要害你，你怎麼還替他說好話？我看還是你來當丞相吧。」劉基自己知道在淮西集團當權的情況下，他是站不住腳的，堅決辭謝。元璋又問他楊憲、汪廣洋、胡惟庸如何？楊憲是劉基的好朋友，但是劉基認為楊憲雖有相才，但器量不夠，汪廣洋褊淺，胡惟庸更不行。幾年後，胡惟庸當權，他恨劉基說他的壞話，借個由頭在元璋面前攻擊，革掉劉基歲祿。劉基只好到南京請罪，連家也不敢回去了，憂憤生病，胡惟庸派醫生來看，吃了藥，病越發重了，洪武八年死去。胡惟庸案發後，有人告發，劉基是被胡惟庸毒死的。[14]元璋後來和劉基的兒子談話，也多次說：「劉伯溫他在這裡時，滿朝都是黨，只是他一個不從，吃他每（們）蠱了。」又說：「你休道父親吃他每蠱了。他只是有分曉的，他每便忌著他。若是那無分曉的啊，他每也不忌他。到如今，我朝廷是有分曉在，終不虧他的好名。」又說：「劉伯溫在這裡時，胡家結黨，只是老子說不倒。」又說：「後來胡家結黨，吃他下了蠱，只見一日來我說：上位，臣如今肚內一塊硬結怛，諒看不好。我著人送他回去，家裡死了。後來宣得他兒子來問，說道脹起來緊緊的，後來瀉得癟癟的，卻死了，這正是著了蠱。他大兒子在江西也吃他藥殺了。」[15]從這些話中，可以清楚地看出封建統治階級內部兩個不同地區的地主集團尖銳鬥爭的情況。山西陽曲人楊憲是元璋初期的檢校，歷官到御史臺中丞。元璋愛他有才力，嘗說楊憲可居相位。楊憲和檢校凌說、高見賢、夏煜輪流向元璋訴說李善長無宰相材，要擠掉善長，元璋說：「善長雖無相材，但是與我同鄉，一起兵就跟我，經過艱險，勤勞薄書，功勞很多。我做皇帝，他自然該做宰相，這是用舊臣功臣，今後不要再說了。」話雖這般說，聽多了又有些動搖，便和劉基商量，要用楊憲為相。胡惟庸聽得風聲，連忙告訴善長說：「楊憲為相，我等淮人不得為大官矣。」這件事關係到整個淮西集團的切身利益，是個你死我活的鬥爭，他們便團結一致，合力傾陷，楊憲終於被殺，凌說、高見賢、夏煜也先後被處死刑。[16]同樣，楊憲對不是他自己系統的人也是用盡一切方法排擠的，例如曾經做過方國珍幕府都事判上虞的寧海人詹鼎，為人有才學，做官有好名聲，到南京上萬言書，元璋看了很中意，要給官做。楊憲卻忌他的才華，極力阻止。到楊憲死了，才做了一個小官。[17]淮西集團和浙東集團的傾軋，楊憲等人對淮西集團的傾軋，對不是自己系統中人的排擠，從鄉土觀念出發演成的政治鬥爭，是洪武初期政治上的一個特徵。
軍事貴族對皇家統治的威脅，從謝再興叛變，邵榮案發以後，就使朱元璋十分緊張，提高警惕，用盡一切方法來維護自己的獨裁統治。
元璋對將領不敢信任，以其家屬留京作質。邵榮、趙繼祖被殺後，元璋對諸將越發不放心，倚靠檢校偵察將士私事，將領人人自危。徐達、湯和為人十分小心謹慎，也被猜疑，朝臣紛紛傳說，越發造成緊張氣氛。洪武五年的鐵榜用法律形式規定：凡內外各指揮、千戶、百戶、鎮撫並總旗、小旗等，不得私受公侯金帛、衣服、錢物；內外各衛官軍，非當出征之時，不得輒於公侯門首侍立聽候；公侯等官，非奉特旨，不得私役官軍。[18]元璋對公侯大將的防制愈嚴密，矛盾就愈益深刻，裂痕也日益擴大。
最後，封建統治階級的內部矛盾集中表現為皇權和相權的鬥爭。
胡惟庸是元璋在和州時的帥府奏差，李善長的親戚，淮西官僚集團的重要人物。由於李善長的極力推薦，洪武三年官中書省參知政事，六年升右丞相，進左丞相。深得元璋信任，權勢日盛。仗著是淮西舊人，又有李善長等元老重臣的支援，便一意專行，朝廷上生死人命和升降官員等大事，有時徑自處理，不向元璋報告。內外諸衙門的報告有對自己不利的也就扣壓下來。各地想做官、升官的，功臣、軍人失意的都奔走在他的門下，送金帛、名馬、玩好不計其數，做了七年宰相，門下故舊僚友結成了牢固的小集團。
中書省綜掌全國大政，丞相對一切庶務有權專決，統率百官，只對皇帝負責。在胡惟庸以前，丞相李善長小心謹慎，徐達經常統兵在外，和朱元璋的衝突還不十分明顯。接著是高郵人汪廣洋，文人愛喝酒，庸庸碌碌沒主張，不大敢管事，也被淮西集團排擠，得罪被殺。胡惟庸在中書省最久，權最重，已經使元璋覺得大權旁落，很不高興，特別是得罪被譴責的功臣吉安侯陸仲亨、平涼侯費聚都和惟庸密相往來，軍事貴族和朝廷政治首腦結合在一起，和朱元璋的衝突便更加嚴重了。[19]朱元璋直接統率軍隊和檢校，決心消滅這一心腹之患，洪武十三年以擅權枉法的罪狀殺了胡惟庸，趁此機會取消了中書省，由皇帝直接管理國家政事。並立下法度，以後不許再設丞相這一官職。二十八年下令：「自古三公論道，六卿分職。自秦始置丞相，不旋踵而亡。漢、唐、宋因之，雖有賢相，然其間所用者多有小人，專權亂政。我朝罷相，設五府、六部、都察院、通政司、大理寺等衙門，分理天下庶務，彼此頡頏，不敢相壓，事皆朝廷總之，所以穩當。以後嗣君並不許立丞相，臣下敢有奏請設立者，文武群臣即時劾奏，處以重刑。」[20]這裡所說的朝廷就是他自己，和過去的朝廷有本質上的區別。從罷相以後，府、部、院、司分理庶務，目的是把權力分散，「不敢相壓」，「事皆朝廷總之」，一切大權都由皇帝個人掌握，「所以穩當」，再也不怕大權旁落了。從中書省綜掌政權一變而為由皇帝親自管理庶政，封建專制的政權從此更加集中，集中於一人之手，皇帝便成為綜攬一切政事的獨裁者了。
殺胡惟庸是為了獨攬政權。二十六年又以有人告大將藍玉謀反，族誅藍玉。藍玉定遠人，常遇春婦弟。在常遇春麾下領兵，驍勇善戰，多立戰功。洪武二十年以徵虜左副將軍從大將軍馮勝徵納哈出，馮勝得罪，即軍中代為大將軍。二十一年率師十五萬打蒙古，一直打到捕魚兒海，北元主脫古思帖木兒以數十騎遁去，大勝而回，封涼國公。常遇春、徐達死後，藍玉繼為大將，總軍征戰，立了大功，就驕傲自滿起來，蓄莊奴假子數千人，乘勢暴橫，在軍中擅自黜陟將校，進止自專，不聽元璋命令。又嫌官小，不樂意在傅友德、馮勝之下，所提意見，元璋又多不採納，越發怏怏不滿。總兵多年，麾下驍將十數人，威望很高。洪武二十六年元璋的特務組織錦衣衛官員首告藍玉謀反，說他和景川侯曹震等公侯打算在元璋出去藉田時起事，審訊結果，連坐被族誅的一萬五千多人。這一案把軍中勇武剛強之士差不多殺個乾淨。
從胡惟庸被殺以後，胡案成為朱元璋進行政治鬥爭的方便武器，凡是心懷怨望的，行動跋扈的，對皇家統治有危險性的文武官員、大族地主，都陸續被羅織為胡黨罪犯，處死抄家。胡惟庸的罪狀也隨著統治階級內部矛盾的發展而發展，隨時擴大。最初增加的罪狀是私通日本，接著又是私通蒙古。日本和蒙古是當時兩大敵人，通敵當然是謀反了。後來又發展為串通李善長謀反，把淮西集團的主要力量完全摧毀。最後是藍玉案，則連淮西集團中的軍事貴族也大部分消滅了。被殺的都以家族作單位，殺一人也就是殺一家。死於胡案的主要人物有御史大夫陳寧、中丞塗節、太師韓國公李善長、延安侯唐勝宗、吉安侯陸仲亨、平涼侯費聚、南雄侯趙庸、滎陽侯鄭遇春、宜春侯黃彬、河南侯陸聚、宣德侯金朝興、靖寧侯葉昇、申國公鄧鎮、濟寧侯顧敬、臨江侯陳鏞、營陽侯楊通、淮安侯華中；大將毛驤、李伯昇、丁玉和宋濂的孫子宋慎等，宋濂也被牽連，貶死四川茂州。死於藍黨的主要人物有吏部尚書詹徽、戶部侍郎傅友文、開國公常升、景川侯曹震、鶴慶侯張翼、舳艫侯朱壽、東莞伯何榮、普定侯陳桓、宣寧侯曹泰、會寧侯張溫、懷遠侯曹興、西涼侯濮璵、東平侯韓勳、全寧侯孫恪、瀋陽侯察罕、徽先伯桑敬和都督黃輅、湯泉等人。胡案有昭示奸黨錄，藍案有逆臣錄，把用刑訊所得的口供和判案詳細記錄公佈，讓全國人都知道他們的「罪狀」[21]。
胡惟庸被殺後十年，洪武二十三年，太師韓國公李善長也被牽涉到胡惟庸案裡，朱元璋假託有星變，得殺大臣應災，把李善長和妻女弟侄家口七十餘人一起殺掉，這年善長已經七十七歲了。一年後有人替他上疏喊冤說：
善長與陛下同心，出萬死以取天下，勳臣第一，生封公，死封王，男尚公主，親戚拜官，人臣之分極矣。借令欲自圖不軌，尚未可知。而今謂其欲佐胡惟庸者，則大謬不然。人情愛其子，必甚於兄弟之子，安享萬全之富貴者，必不僥倖萬一之富貴。善長與惟庸，猶子之親耳，於陛下則親子女也。使善長佐惟庸成，不過勳臣第一而已矣，太師國公封王而已矣，尚主納妃而已矣，寧復有加於今日？且善長豈不知天下之不可幸取？當元之季，欲為此者何限，莫不身為齏粉，覆宗絕祀，能保首領者幾何人哉！善長鬍乃身見之，而以衰倦之年身蹈之也？凡為此者，必有深仇激變，大不得已，父子之間，或至相挾，以求脫禍。今善長之子祺，備陛下骨肉親，無織介嫌，何苦而忽為此？若謂天象告變，大臣當災，殺之以應天象，則尤不可。臣恐天下聞之，謂功如善長且如此，四方因之解體也。今善長已死，言之無益，所願陛下作戒將來耳。
問得都有道理，元璋看了，無話可駁，只好算了。[22]
二案以外，開國功臣被殺的，洪武八年德慶侯廖永忠以僣用龍鳳不法等事賜死，十三年永嘉侯朱亮祖父子被鞭死，十七年臨川侯胡美以犯禁死，二十五年江夏侯周德興以帷薄不脩的暖昧罪狀被殺，二十七年殺定遠侯王弼、永平侯謝成、潁國公傅友德，二十八年殺宋國公馮勝。[23]
不但列將以次被殺，甚至堅守南昌七十五日，力拒陳友諒立了大功的義子親侄朱文正也以「親近儒生，胸懷怨望」被鞭死。[24]義子親甥李文忠南征北伐，立了大功，也因為左右多儒生，禮賢下士，被毒死。[25]徐達為開國功臣第一，洪武十八年生背疽，據說這病最忌吃蒸鵝，病重時元璋卻特賜蒸鵝，徐達流淚當著使臣的面吃下，不多日就死了。[26]
功臣宿將僥倖得以善終的有幾個例子：一個是湯和交還兵權，他是朱元璋同村子的人，一塊兒長大的看牛夥伴。徐達、李文忠死後，元璋想要解除諸宿將兵權，只是不好意思說出口。湯和懂得老夥伴心事，便首先告老。元璋大喜，立刻派官給他在鳳陽修建府第，賞賜禮遇，特別優厚。[27]另一個例子是曹國公李景隆、武定侯郭英歸還莊田和佃戶，洪武二十三年崇山侯李新建議：「公侯家人和儀從戶都有規定數目，超過的應該歸還朝廷。」元璋正對這批貴族地主多佔田地佃戶極為不滿，聽了很高興。下令叫把超過規定的人戶都發鳳陽為民。還叫禮部編一部稽制錄，嚴禁公侯奢侈逾越。二十六年李景隆交還莊田六所，田地山塘池蕩二百餘頃。郭英交還佃戶，依法納稅。這兩人在洪武朝都沒有出事。[28]