王仙芝失敗後，起義軍重新會合，大家推黃巢為王，又稱沖天大將軍。

當時，官軍在中原地區力量比較強，起義軍進攻河南的時候，唐王朝在洛陽附近集中大批兵力準備圍攻。黃巢看出敵人企圖，決定選擇官軍兵力薄弱的地區，帶兵南下。他們順利渡過長江，打進浙東。起義軍一路上勢如破竹，接連打下越州、衢州（今浙江衢縣）；接著，又劈山開路，打通了從衢州到建州（今福建建甌）的七百里山路。經過一年多的長征，一直打到廣州。

起義軍在廣州休整以後，嶺南地區發生瘟疫。黃巢決定帶兵北上。唐王朝命令荊南節度使王鐸、淮南節度使高駢（音pián）集合大批官軍沿路攔擊，被黃巢起義軍一個個擊破。起義大軍順利地渡過長江，嚇得高駢推說得了中風症，躲進揚州城不敢應戰。

起義軍渡過淮河，向官軍將領發出檄文，說：「我們進攻京城，只向皇帝問罪，不幹眾人的事。你們各守各的地界，不要觸犯我們的鋒芒！」

各地將領接到檄文，害怕起義軍，都想儲存實力，不願為唐王朝賣命。訊息傳到長安，唐僖宗嚇得朝著大臣哭哭啼啼。

西元880年，黃巢帶領六十萬大軍，浩浩蕩蕩開進潼關。潼關周圍滿山遍野，飄揚著起義軍潔白的大旗，一眼望不到邊。守潼關的官軍還想頑抗。黃巢親自到陣前督戰，將士們見了，一齊歡呼，聲音在山谷間迴響，震天動地。官軍將士聽了心驚膽戰，哪敢抵抗，紛紛燒掉營寨，四下逃命。

起義軍攻下潼關，唐王朝驚慌失措，唐僖宗和宦官頭子田令孜（音zī）帶著妃子，逃到成都去了，來不及逃走的唐朝官員全部出城投降。

當天下午，黃巢坐著金色轎子，在將士的簇擁下，進入長安城。長安百姓扶老攜幼，夾道歡迎。起義軍大將尚讓當場向大家宣佈說：「黃王起兵，本來是為了百姓，不會像姓李的（指唐朝皇帝）那樣虐待你們，你們可以安居樂業了。」兵士們看到人群裡的貧苦百姓，就把自己得到的財物散發給他們。

過了幾天，黃巢在長安大明宮即位稱皇帝，國號叫大齊。

起義軍經過七年的鬥爭，終於取得了勝利。

但是，黃巢起義軍長期流動作戰，佔領過的地方，都沒留兵防守。幾十萬起義軍進入長安以後，四周還是官軍勢力。沒有多久，唐王朝調集各路兵馬，包圍長安。長安城裡的糧食供應發生了嚴重困難。

黃巢派出大將朱溫駐守同州（今陝西大荔）。但是在起義軍最困難的時候，朱溫竟投降了唐朝，做了可恥的叛徒。唐王朝又召來了沙陀（古代西北少數民族）貴族、雁門節度使李克用，率領四萬騎兵進攻長安。起義軍十五萬迎戰，遭到大敗，只好撤出長安。

黃巢帶領起義軍撤退到河南，又遭到朱溫、李克用的圍攻。西元884年，黃巢在攻打陳州（今河南淮陽）失敗之後，受到官軍緊緊追趕，最後，退到泰山狼虎谷，英勇犧牲。