沈默的苦惱也是百官的苦惱，因為在相位穩定後，徐階終於騰出手來，開始重新整理嘉靖朝渾濁不堪的吏治。
他首先開刀的自然是都察院，都察院御史職專糾劾百官，辯明冤枉，為反貪風紀之司，從成立的那天起，就是大明朝官僚體系的監督者，是朝廷對抗腐敗，提高行政效率的不二法寶。
然而嚴黨執政多年，早對都察院進行了數次清洗，將敢於直諫的正直之士或是罷官、或是流放，全換成自己的爪牙，將都察院變成了打擊異己、保護自我的看門狗，使其監督糾察的作用蕩然無存。許多不肯依附嚴黨的能臣清官被都察院彈劾下臺，而很多無德無能，貪婪成性的庸官贓官，卻安然無恙，甚至得以高升。
所以徐階的第一步，就是給左都御史胡植挪挪地方，倒也不愧他。直接改任了大明朝最肥的差事，也是嚴世蕃一直盤踞的位置……工部尚書。嚴黨自然不甘心失敗，在廷推時竭力反對，但徐階已經是首輔，提前跟六部九卿打好招呼，尤其是在山西幫的支援下，取得了足足七成的支援票，將胡植踢出了都察院，並將右都御史劉燾順利的扶正。
徐階這回是用對人了，那劉燾雖然是進士，但靠帶兵打仗以戰功上位，生性嫉惡如仇、做事雷厲風行，絕對不怕得罪人。一上任，他便開始整治手下的御史隊伍，立上一本奏曰：‘朝廷設風憲，所以重耳目之寄，嚴紀綱之任。近年以來，未盡得人，妄逞威福，是非倒置，風紀廢弛。臣請將闔院御史盡數開革；令各部院、各承宣布政使司重新保舉，務要堂上官開具實行，移諮吏部，審察不謬，方可任用。其後有犯贓及不稱職，舉者同罪！’也就是說，將都察院一百多名御史全都解職。然後令中央地方各大員重新保舉，且在任用後，如果出現犯贓或者不稱職，舉薦的人將同罪論處。
如此激進的方法，不要說嘉靖了，就連徐階也不能答應，直接將其奏本打回，命其重擬方案，並要求‘緩一點’、‘輕一點’，劉燾修改後，又被打回，又修改、再打回，如是再三，他終於忍無可忍了，直接找到徐階道：「這是最後的方案了，如果不答應，我就不幹了。」
徐階知道他說到做到，也不想打擊他的積極性，終於同意了他最新方案——設一年考核期，綜合考量查實的彈劾數目，以及涉案官員的分量。為所有御史排定名次，前三分之一者，將移文吏部予以晉升，後三分之一者，將以不稱職彈劾，絕不姑息。同時命各部院、各布政使司，舉薦合適人選，並將其表現，計入推薦者的考核中。
在徐閣老的努力下，這項仍很強硬的措施，終於獲得了硃批，已經憋壞了的劉燾終於可以行動了。他將一干御史集結堂前，大聲宣讀了聖諭，黑著臉對手下一干人道：「我知道這樣肯定會招人恨，也知道你們會恨我，但既然當了御史，就不能想著左右逢源，招人怕、惹人恨就對了！」說著重重一拍胸口道：「文官補飛禽、武官補猛獸，我們胸前卻是的神獸獬豸，獬豸是什麼？專觸不直、不正、不法者！是人間正氣的守護神，是奸邪小人的‘鬼見愁’！太祖皇帝賦予我們糾察百官、風聞奏事而不論罪的權力，就是希望我們能像獬豸一樣，與貪贓枉法者勢不兩立，保大明政治清明！」
「無數前輩沒有辜負太祖的期望，他們不畏強權、仗義死節，彈劾了無數鉅貪蠹國者，為國除害的同時，也成全了自己百世流芳的美名，以至於人們一提起御史。便會肅然起敬，認為是忠臣、是清官！」說到這，他重重嘆口氣道：「但這二十年來，我們和光同塵、我們同流合汙，甚至助紂為虐、為虎作倀，我們玷汙了自己的神聖，我們喪失了自己的尊嚴和傳統……你們捫心自問，大明朝立國二百年，可曾有哪一朝的御史，比我們還差勁？」
一席擲地有聲的講話，羞得眾御史都低下了頭，劉燾這才放緩了語氣，道：「我也知道，原先嚴黨執政，都察院也在他們手中，大夥兒有心殺賊、無力迴天……才人在屋簷下，不得不低頭，這是時局使然，也不能全怪大家。」剛說了兩句讓人寬心的，他又話鋒一轉道：「但現在壓制言路的人走了，沒有人剝奪咱們說話的權力了，如果還奉行‘百言百當、不如一默’，甚至還給別人當槍使。那請你這就離開，本官會讓你體面的轉到別處任職；你要是選擇留下來，就得遵守禦史的本分，不然休怪本官無情。本官這裡，只留志同道合的鐵骨男兒！」
無論心中作何感想，眾御史都齊聲應和道：「願與大人同志，復我御史美名！」
「好，」劉燾猛一揮手道：「眾御史聽令！」
「在！」
「自今日起，都察院全力糾察百官，凡大臣奸邪，小人構黨。作威福亂政者！劾。凡百官猥茸貪冒壞官紀者，劾！凡學術不正，上書陳言變亂成憲，希進用者，劾！」
「是！」眾御史被劉燾弄得熱血沸騰，不少人當時就衝動了，一種在大明朝愈發罕見的神聖感，竟重又孳生起來。
御史一衝動，百官就倒霉。想想吧，一百多個憋足了勁兒，比著賽著挑毛病、找麻煩的傢伙，不分晝夜的盯著你，就是雞蛋也要給你挑出骨頭來，多讓人不寒而慄啊。
在吏部的通力配合下，這場廉政風暴，終於實實在在的刮起來了，無數官員應聲落馬，其中不乏顯赫一時的高官……
嘉靖四十一年六月，廣東道御史鄭洛，參奏大理寺卿萬採貪贓；江西道御史林潤彈劾倉場總督鄢懋卿貪贓；河南道御史陳克儉彈劾河南巡撫萬虞尤貪贓，證據確鑿，不容置辯，徐階和袁煒共同票擬‘革職閒住’，獲得嘉靖皇帝批准。
次月，兵部侍郎何鰲、刑部侍郎塗立、工部侍郎劉伯躍等十多員中央、地方大臣，又遭到彈劾，再次獲得嘉靖皇帝批准。
又一月，有御史馬安詮、胡應坤等人，彈劾嚴家父子不法事二十條，要求將其父子押回京城問斬……摺子被內閣打回來，又通過司禮監的關係輾轉送上去，終於還是到了嘉靖皇帝跟前。
嘉靖這次終於不批准了，他招來徐階，不滿道：「老嚴嵩已經致仕了，嚴世蕃也發配雷州，那些人還想怎樣？非要斬草除根？怎麼就這麼不容人呢？」
徐階卻不緊不慢道：「皇上明鑑。您已經申明聖意，不許再彈劾嚴家父子，下官也反覆下文強調，不可能有人不知，卻還敢上書忤逆聖意，八成是別有所圖。」
「難道不是有人為討好你這個首相？」嘉靖冷哼一聲道。
「嚴閣老是下官的老上司，下官對他老人家，是發自內心的尊敬，嚴閣老在時，下官會每日問安；嚴閣老致仕了，學生也經常寫信，問候他老人家，恭祝他身體健康，壽比南山，這都是發自內心的，」徐階趕緊解釋道：「如果有人想要討好老臣，應該幫嚴閣老說好話才對，誰要是以為落井下石能讓老夫感激，那真是大錯特錯了。」