而那場海上大戰的結果，不但會決定著伊比利亞半島上的未來局勢，甚至可能會影響著未來的歷史走向。
從1501年開始，葡萄牙海軍與卡斯蒂利亞人在大西洋上發生了一連串大大小小的衝突。
這些衝突與以往那些兩國在海上從未間斷的摩擦不同，很顯然葡萄牙海軍受到了曼努埃爾的授意，他們不停的向卡斯蒂利亞人發起挑釁，在亞速爾群島附近，他們更是的擊沉兩艘正打算前往新殖民地的探險船。
作為距歐洲大陸最遙遠的群島，亞速爾成為了歐洲人深入大西洋的最前哨的中轉站，雖然現在人們還並不知道亞速爾群島具有的什麼樣的重要意義，但是這並不妨礙一心渴望開拓海上疆域的兩個國家為了爭奪這片群島大打出手。
對於曼努埃爾的挑釁，當時已經抱病在身的伊莎貝拉做出了強硬的回應，她一邊命令現有的卡斯蒂利亞海軍竭盡全力保護探險隊和商船不受葡萄牙人的威脅，一邊下令儘快建造更多更大的武裝商船，為此她曾經親自召見的那些財大氣粗的商人，向他們許以重利，以換取他們的支援。
而曼努埃爾也並沒有閒著，有著近乎固執性格的葡萄牙國王一旦堅信自己是中興王國的一代明君，就立刻熱情高漲的在國內掀起了一場「新大陸運動」。
和伊莎貝拉一樣，曼諾艾爾借用商人們的財力迅速擴充著自己的海上力量，他希望在儘量短的時間內在海上形成對西班牙的壓倒性優勢，以此彌補在新殖民地開拓上的落後局面。
這麼一來亞速爾群島就成了爭奪的要地，即便是還並不知道只要從亞速爾群島一直向西，而不是如以往那樣轉而向西南前往新殖民地，就會發現一片更加廣闊的世界，可只是這片群島在大西洋上的位置已經足以引起一場激烈爭奪。
曼努埃爾幾乎把所有的家當全都壓在了這次「新大陸運動」上，這其中甚至包括他已經公開決定換個老婆。
在曼努埃爾的授意下，里斯本都主教已經宣佈他和阿拉貢的瑪利亞之間的婚姻無效，理由則是瑪利亞犯下了難以寬恕的謀害親人的罪名。
攜帶離婚請求證明的使者還正趕往梵蒂岡，曼努埃爾已經宣佈迎娶卡斯蒂利亞的胡安娜為他的妻子。
這個決定無疑如同宣佈了與西班牙的決裂，雖然接下來胡安娜就主動宣佈放棄對卡斯蒂利亞王位的申訴，但是這已經足以讓兩國之間的關係變得糟糕無比。
而不論是陸地還是海上的爭端更是說明雙方已經到了不惜一戰的地步。
1502年1月，卡斯蒂利亞女王伊莎貝拉病故的訊息傳到了里斯本，聽到這個訊息後，已經公開住進聖若望城堡的胡安娜把自己關在她的房間裡整整一天沒有出門。
沒有人知道她在幹什麼，不過在第2天胡安娜就去見了如今已經被軟禁在女修院裡的瑪利亞。
胡安娜回到聖若望城堡的時候心情很好，她和曼努埃爾一起共進了晚餐，雖然她的年齡已經不小，不過也許是因為心情太好，她甚至還向國王拋了個嫵媚的眼神。
曼努埃爾還是很有些心動的，獨生子米格爾的死讓他痛不欲生，他對他的前妻阿拉貢的伊莎貝拉雖然沒有什麼感情，但是對他們兩個人的孩子米格爾卻是異常喜愛。
可是米格爾的死讓他一下子失去了希望，特別是在知道這件事是由瑪利亞做的之後，他就更是絕望了。
現在他只希望能儘快有個繼承人，否則他死後可能就要和他的前任王儲一樣，讓王位便宜了其他什麼人了。
所以不等晚餐吃完，曼努埃爾的急不可待的拉著胡安娜向他們的臥室走去，想想畢竟胡安娜的年紀已經不小，如果不能儘快的生個繼承人，那就太糟糕了。
只是埃里奧多唐安東尼奧的突然到來打擾了國王的興致，不過很顯然這位航海事務所主官兼新任命的海務大臣帶來的訊息更讓國王關注。
1501年12月中旬，卡斯蒂利亞海軍向佔據了亞速爾群島，進而把其中一個大島以死去的米格爾王子名字命名的葡萄牙海軍發動了進攻。
卡斯蒂利亞海軍的12條大小戰船先是襲擊了位於米格爾島南方葡萄牙人建立起的海邊定居點，然後進入群島海域一路搜尋落單的葡萄牙商船。
這場戰鬥斷斷續續打了將近半個月，而原本就在亞速爾群島附近嚴陣以待的萄牙海軍也得到了訊息。
終於，雙方在1502年年初的第1天，在位於亞速爾群島南方已經被葡萄牙人命名為聖瑪利亞島附近的海域展開了一場激戰。
12條卡斯蒂里亞戰船迎擊由7條武裝船隻組成的葡萄牙海軍。
這場戰鬥從開始的時候由於風向原因就對葡萄牙人十分不利，而數量上的劣勢更是讓形勢變得岌岌可危。
戰鬥從一開始就以卡斯蒂利亞海軍的主動進攻拉開序幕，憑藉著嫻熟的技巧和豐富經驗，雙方在聖瑪利亞島附近以這個時代特有的混雜著冷熱兵器的不同殺傷方式開始了殘酷的殺戮。
只是形勢顯然對葡萄牙人始終不利，當快到下午的時候，葡萄牙人已經有2條船被擊沉，同時有一條船因為損失嚴重，不得不退出戰鬥。
而卡斯蒂利亞人雖然同樣損失不小，但是面對逐漸有力的形勢卻是越戰越勇，他們不顧一切的用自己裝著堅硬撞腳的船頭猛烈衝向敵船，或是讓水手們甩出搭鉤，然後不要命的試圖攀上對方的甲板進行一場傳統的接舷戰。
在這種局面下葡萄牙人不得不且戰且退，希望能夠儘快甩開敵人，逃離戰場。
但是變故就是在這個時候發生了。
一隻來歷不明的船隊突然出現了在了戰場上。
這些沒有懸掛任何旗幟的武裝船隻兇悍而又殘忍，他們瘋狂的殺向卡斯迪里亞人，在對方還沒有明白髮生什麼時，已經有一條卡斯蒂里亞武裝商船受到重創。
而那些突然冒出來的敵人顯然一點兒不顧海上的規矩，他們完全不理會那條商船已經落下旗幟退出戰鬥的宣告，而是繼續像那條倒霉的武裝商船發起了瘋狂猛攻，直到那條船起火燃燒，漸漸散架變成了海上的一堆殘骸。
得到了喘息之機的葡萄牙人迅速投入了反擊，他們和那支突然出現的武裝船隊一起向卡斯蒂里亞人展開了夾擊。
不知道是誰，首先發現了只會這些突然冒出來的敵人的是著名的海盜「黑鬍子」，而聽到這個殘忍的海上魔鬼的名字，原本就被突然襲擊打得昏頭轉向的卡斯蒂利亞海軍更是一片慌亂。
在方向與數量上都不再佔有優勢之後，卡斯蒂利亞人在付出了被擊沉5條戰船的沉重代價後，終於選擇了撤退。
「你是說我們勝了？」曼努埃爾看著埃里奧多唐安東尼奧有些激動的問，儘管已經下定決心可是卻多少依舊對卡斯蒂里亞心存畏懼，畢竟與之相比葡萄牙要弱小得多，更何況還有阿拉貢。
「是的陛下，我們取得了勝利，雖然我不想這麼說，不過事實是要感謝那些海盜恰好出現在那裡，還有就是阿拉貢的艦隊恰好被調到了地中海，這一切巧合讓我們獲得了勝利。」埃里奧多唐安東尼奧也抑制不住心頭的激動，他等待這一天實在是太久了。
「巧合？」看著海務大臣，曼努埃爾露出了個滿是深意的笑容「相信我親愛的埃里奧多，世上即便有也不會是那麼多的巧合都湊在一起，如果真出現這種情況，我們就要想想這一切的背後是不是有什麼特別的原因了。」
「是的陛下，這一切的確都不是巧合，」唐安東尼奧點點頭「因為我們剛剛還得到另外個訊息，西西里女王已經宣佈要正式加冕了。」