2006年5月30日，李燈灰開始了卸任後第三次為期11天的所謂日本「學術之旅」。李燈灰6月7日在東京前往靖國神社，「祭拜」哥哥李登欽(日本名「巖裡武則」)。李燈灰此行的真正目的是挑撥中日關係中敏感的「靖國神經」。
只是李燈灰自己都沒有意識到，他的種種「小動作」已無法扭轉兩岸關係和平與發展大局，最終無法改變中日兩國基於戰略利益的互惠關係……日本又不傻，國家往，最重要的就是利益，難道日本人還會和錢過不去？
所以日本方面對李部長強硬態度的回應，也就不難以理解了，在李部長的新聞釋出會結束之後，早就等待在新聞釋出會外面的日本駐美國大使館大使阿南惟茂立刻秘密約見了李部長，向李部長表明了日本政fu在李燈灰赴日「看病」一事當中的立場。
「日方將為是否決定為李燈灰先生的赴日看病一事慎重考慮，但請下放心，即便是我國做出決定同意李燈灰先生赴日‘看病’的決定，日方也將會將李燈灰先生在日本的行程安排嚴格限制在治病的範圍之內，日本政fu堅持日中聯合宣告原則的立場不會改變。」
李部長聽了大為不悅，毅然拂袖離去，臨走之際丟下了這麼一句話，「即便是日方將李燈灰在日本的行程安排嚴格限制在治病的範圍之內，那也是允許李燈灰這個‘分’赴日了，這已經違背了《中日聯合宣告》的根本宗旨……阿南先生，關於貴國在李燈灰這個分赴日一事上日本政fu的態度，我會向我國政fu如實陳述的。」
毫無疑問，李部長能夠向阿南惟茂做出如此強硬的表態，肯定是得到了中國政fu的授權的，看著李部長寬大的背影，阿南惟茂臉凝重。
他沒有想到這次中國人在李登輝赴日「看病」這件事一事上態度如此強硬，或者說他們不允許日本參與到中美關於臺海危機閉磋商的態度如此強硬：看來，安倍首相大人的計劃，可能有麻煩了。
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或許是共和國的強硬態度刺到了日本政fu，僅僅過了兩天，日本忽然改變了口風，日本外務省外相河野洋平在與首相安倍晉三進行會晤後，他在會後接受記者採訪時，在被記者問及「日本外務省是否已經同意給赴日‘看病’的臺灣前總統李燈灰先生髮放簽證」的時候，河野洋平表示稱：「鑑於李燈灰先生的病情已經十分嚴重，出於人道主義考慮，日本政fu已決定給李登輝發放簽證。」
不過在被記者進一步問及日本政fu內部是否對給李燈灰赴日發放簽證一事有不同意見的時候，河野洋平坦率的承認，目前日本政fu內部仍有部分官員反對給李登輝發放簽證一事。因為這些人認為，儘管曾一度宣揚「」的李登輝自稱他此次前往日本完全是出於個人求醫的原因，沒有任何政治動機，可因為近期的貿易和教科書問題已經使中日關係出現緊張趨勢，這個時候給李登輝簽證勢必會影響兩國的正常關係。
這也算是日本政fu為將來自己改變態度埋下的一個伏筆：如果一旦中國人同意日本參與到中美關於臺灣問題的閉磋商當中來了，日本政fu就可以迅速改變自己的態度，以日本政fu內部未達成一致為理由，不給李燈灰髮放簽證。
這個訊息一出來，立刻引起了日本各大報社和媒體的爭相報道，日本共同社報道，說他們已經採訪了尚在臺灣的李燈灰本人，李燈灰先生本人表示，若日本政fu允許他前往日本，那麼按照計劃，他將於星期天晚抵達日本大阪的神西機場。屆時他將在大阪逗留一晚，然後再前往倉敷。
而據日本廣播協會nhk的報導中聲稱，據他們的瞭解，在與李登輝的代理人達成了相關的協議後，日本政fu做出了同意李燈灰赴日看病的決定。不過在報導中日本廣播協會也說明了，日本政fu和李燈灰先生雙方答應李燈灰先生赴日看病是有限制協議的，在協議中限定李登輝到日本後只能前往日本西部的倉敷市，並且只能在倉敷的醫院接受心臟治療……倉敷市位於日本的西部，距東京550公里，以這個距離來看，李燈灰卻是算是遠離日本的「政治中心」東京了。
日本人還是為自己將來有可能的反悔留了足夠的餘地。
而日本共同社的報導則就更加離譜，他們「援引」了一位日本外務省的高階官員的話，這位日本外務省的高階官員表示，如果一切順利的話，李燈灰先生的簽證將於週五、行業就是20日晚正式發放給李登輝先生。