孔有德等人開始建立偽政權，這時稱王稱帝他們還不太敢，而是建立了一個軍政府，他們首先推舉最年長的李九成為都元帥坐頭把交椅，孔有德居第二、耿仲明居第三，他們竟然還以繳獲的登萊巡撫印來號令登萊各州縣。正當明朝廷將戰撫皆不得力的山東巡撫餘大成和登萊巡撫孫元化下獄治罪，而主撫和主剿兩派爭執不下時，叛軍們已經開始實施軍事行動，向登萊各州縣進兵。叛軍憑藉先進的火炮形成的強大攻堅能力，攻克黃縣。為了挽救危局，明廷新任命了徐從治為山東巡撫、謝璉為登萊巡撫，按照分工，謝璉在萊州城指揮作戰，徐從治坐鎮青州負責增援、後勤，但為了安撫民心，徐從治依然也進駐萊州，進入了最前沿。很快叛軍就將萊州圍了個水洩不通，這樣在這個包圍圈中，有徐從治、謝璉兩位巡撫、萊州知府朱萬年、還有從通州來援的總兵楊御蕃，明朝的四位省、地、師級的高階幹部。
為了攻克萊州，叛軍調來了幾乎所有的紅夷大炮，從四面向萊州城轟擊，這些叛軍的炮兵叛亂前都曾經過葡萄牙軍官的訓練，炮打的得特別精準，尤其對於靜止的目標，轟擊城牆的垛口，就如同打靶一般的輕鬆。反觀萊州城所處的地勢並不十分險要，但是萊州城是在萬曆二十六年才重建的新城，萊州縣誌上說城牆「周九里，高三丈五尺，基厚兩丈四，門四座，東曰澄清，南曰景陽，西曰武定，北曰定海，城下為池，深兩丈，闊倍之。」而且還參照了西洋築城法，築有炮臺，作為遼東的另一個後勤基地，城中的糧草、兵器充足，但不足的是重型火器較少，大多是國產的輕型火炮，而且懂得操作火炮計程車兵也不多，但是萊州城在知府朱萬年的嚴密部署下，井然有序戒備森嚴，萊州軍民正是依託於此，展開了保衛戰。
四位朝廷大員分兵把口，各守一座城門。叛軍久攻不下，分兵一部攻克平度後再回師攻打萊州。這次他們集中了炮火主攻城的東北角，在炮火的掩護下，叛軍不斷的挖地道，想以此攻入城中，而城中則埋設了數口大缸，讓盲人從中聽出地道的方向後，守軍向地道里灌水，淹死了敵兵，叛軍再次派兵在城邊挖地道，挖成大洞後，用棺材裝滿火藥置入其中，擊發引火，爆炸後城牆被炸塌了數丈，叛軍從城牆缺口處蜂擁而入，守軍向湧入的叛軍潑下沸油，再扔下火把，沖天烈焰下叛軍死者枕籍，徐從治等再命人投下早已準備好的沙袋，堵塞缺口。守軍打得也極為機動靈活，夜裡，徐從治等又派出敢死隊悄悄出城，從幾個方向出擊，擊毀叛軍的多座火炮，並頗有斬獲。不久，神機營參將彭有謨進入萊州城後，則又加強改進了火炮的技術，提升了守軍的操炮水平。在叛軍的一次趁夜偷襲中，他率兵連續打退了叛軍的三次進攻，萊州軍民稱作有「再造之功」。
這時朝廷派出遼籍文官中官銜最高的張國臣前往招撫，而張國臣受到了叛軍詐降的蠱惑，命令城中的軍民和各路援軍不許擅自出戰，以免破壞撫局。徐從治派人趁夜潛出城，將一封奏章送到了北京，闡明瞭戰況，並請求皇帝不要再招撫，要全力以赴的圍剿叛軍，他在奏章中動情地說：：「萊城被圍五十日，危如累卵。日夜望援兵，卒不至，知必為撫議誤矣。國臣致書臣，內抄詔旨並兵部諭帖，乃知部臣已據國臣報，達聖聽。夫國臣桑梓情重，忍欺聖明而陷封疆。……臣死當為厲鬼以殺賊，斷不敢以撫謾至尊，淆國是，誤封疆，而戕生命也。」但這麼重要的一封奏章，崇禎帝竟然沒有看到。
同時，全國各地的援軍彙集青州，但由於山東巡撫被圍萊州，無人統一協調指揮援軍，援軍停頓不前，朝廷再次任命兵部右侍郎劉宇烈為總督，全權指揮各路援軍，與他一起來的還有京城神機營和五門紅夷大炮，用以和叛軍對抗。但這個劉宇烈也是個主撫的文官，不積極組織進剿，卻被叛軍的再次詐降迷惑，還釋放了被俘的叛軍兵將，叛軍借談判之機，繞到明援軍後路焚燒了輜重，劉宇烈大驚率部拔營撤退時，被叛軍在沙河掩殺的大敗，神機營的火炮也落入了叛軍手中。而明軍東路駐守寧海的總兵吳安邦，按計劃從東面夾擊叛軍於登州，卻也聽信了叛軍的詐降，也被擊敗，只得退守寧海，雖然在登州的東面，有寧海、文登、海陽等海防衛所，駐有大量計程車兵，但他們畏敵如虎卻不敢向叛軍出擊，只能自保。而叛軍此時也無暇東顧，他們根本就沒把這些衛所軍放在眼裡，認為的這些州縣遲早是他們的囊中之物。而萊州的軍民在援軍不至的情況下，依然頑強堅守，可是四月十六日，山東巡撫徐從治在戰鬥中，中炮犧牲，萊州全城軍民無不痛哭。
不明戰況的崇禎帝還在準備招撫，他又任命了遼將前往招降叛軍，遼將孫應龍因為與耿仲明舊交甚好，寫書信一封勸降耿仲明，耿仲明將計就計，隨便找了一個人頭送了過去，說他已經斬了孔有德，讓孫應龍迅速來受降，孫應龍高興的率領海軍艦隊從天津直奔登州，剛一上岸就被耿仲明斬殺，大量的戰船也成了叛軍的戰利品，憑藉繳獲的戰船，叛軍打退了皮島總兵黃龍從海路的進剿。在陸地的進攻中，叛軍攻克招遠，雖然攻萊陽不克，而萊州還在圍困中，但叛軍的氣焰還是在日益囂張。
為了攻克萊州，叛軍故伎重演再次向總督劉宇烈請求投降，而且提出了只要萊州城內的幾位文武大員親自出城宣詔，他們就投降，對招撫心存一線希望的登萊巡撫謝璉決定出城招降，他與萊州知府朱萬年一齣城，孔有德就痛哭流涕跪倒在地說自己死罪，孔有德逼真的表演真應該獲得奧斯卡最佳男演員獎，他還說第二天受降儀式時請總兵楊御蕃一同出席，謝璉回到城中，出身軍人世家的總兵楊御蕃深知叛軍反覆無常的秉性，堅拒不出城，果然第二天，也是這一年的七夕節，謝璉、朱萬成二人再次出城就被叛軍逮捕，叛軍挾二人為人質，令楊御蕃獻城投降，朱萬成大呼：我們死了，你們一定要堅守住！圍在我身邊的是叛軍的精銳部隊，快向我這開炮！！楊御蕃也果斷下令向叛軍密集處開炮，叛軍死傷累累，但朱萬成也同樣死在了自己人的炮火下。讀史至此，海納如同親眼所見朱萬成的忠勇，不勝唏噓。
明朝廷中，撫戰兩派還在爭論不休，萊州人、戶部侍郎、大書法家劉耳枝一頭撞死在朝堂的柱子上，他的死諫終於使崇禎帝下決心派出一支勁旅圍剿叛軍。
年輕的總兵楊御蕃獨自率領萊州軍民繼續堅守萊州城，他秉承了徐從治的不走、不降、不撫、死戰的信念，抗擊叛軍。這時孔有德得知，朝廷派出文官朱大典接任山東巡撫，太監高起潛監軍率兩萬人馬馳援萊州的訊息時，竟然輕蔑地說：我視殺山東兵如同斬瓜切豆一樣容易，他們就是來了數十萬人又能怎麼樣？也的確，孔有德造反的八個月間，不斷的招降納叛，在遼東的毛文龍舊部不斷有人渡海投奔他，他還收羅了縱橫於黃渤海的很多海盜、海匪，使得他的叛軍兵力由反叛之初的不足兩千人，發展到兩萬人。
而當明援軍與叛軍交戰於沙河時，叛軍卻驚訝地發現，這次來援的明軍中，有令他們懼怕的、與他們同樣出身的遼東兵。雖然參戰的遼東兵馬只有不到五千人，但他們是這支援軍的主力，統帥他們的是遼東的總兵金國奇、靳國臣，祖氏家族的綽號「祖二瘋子」的祖大弼、祖寬，還有少壯派軍官吳三桂等悍將，叛軍迅速敗北，八月十九日，叛軍從萊州城撤圍而去，鼠竄退守登州。可是援軍當來到萊州城下，城中守軍竟然還是不敢開啟城門，他們已經被叛軍的多次詐降的詭計所矇蔽，不敢再輕易相信了，直到監軍高起潛派出了隨行的太監，前往宣詔，楊御蕃才下令四門洞開，迎接援軍---什麼都能作假，這太監可是做不了假的，不知道楊總兵在聽詔之前，是否讓太監先脫下褲子驗明正身過，呵呵。----自此，堅守了七個月二百多天的萊州城終於解圍，萊州保衛戰勝利結束，萊州城在歷史上也獲得了「鐵打的萊州」的美譽。
朱大典的援軍，馬不停蹄一面追剿叛軍於登州，一面派兵連續收復平度、黃縣、招遠等縣城……
7、仙境中的炮聲---沒有勝者的戰爭
在收復黃縣的戰鬥中，叛軍被殲滅一萬三千餘人，之後，九月一日，明軍進逼叛軍佔據的最後一座城池—登州，登州城這座從明初洪武年間開始修建，耗費數代人的心血建成的堅固城防、軍港，這個八仙過海傳說的發生地，秦始皇求仙之所在，這個有著海市蜃樓勝景奇觀，被大詩人蘇東坡所讚頌過的美妙仙境之地，此時已淪為了叛軍最後的巢穴。固若金湯的登州城，不僅使明軍官兵倍感棘手，同樣使憑險固守的叛軍氣焰仍然囂張，但是當叛軍大頭目、叛亂的煽動者都元帥李九成上陣搦戰，被祖寬一箭射死後，孔有德、耿仲明等人就開始考慮放棄登州突圍。
登州城被明軍圍困了三個月，戰鬥進入了膠著狀態，叛軍憑藉著城防利炮，讓官兵進展緩慢，叛軍的幾次突圍同樣未果，同時城中糧草不濟，士氣低落，最後糧食匱乏時，叛軍竟然捉來女人吃她們的肉，暴行令人髮指。收復登州城的戰鬥，從交戰雙方的武器上看，可以說是當時世界上技術含量最高的戰鬥，他們都掌握著當時較為先進的火槍火炮，現在常從電影上看到的，西方十七八世紀的那種硝煙瀰漫的戰場，此時的登州也同樣上演著。
孔有德開始實施他的大規模突圍計劃，二月十二日，他計劃集中3千匹戰馬，組成騎兵隊為先導衝擊，五千步兵跟進，兵分三路，他和耿仲明、李應元各帶一路，從西門強行突出重圍。他的戰略設想是，突圍後作一支衝州撞府流寇。但叛軍中的一名下級軍官趁夜越城反正，報告了這一重大軍情，朱大典等明軍將領，積極部署三路伏擊，當叛軍進入埋伏圈，官兵四起衝殺，力圖一舉攻克登州，但是叛軍中埋伏後，迅速撤退，登州城的留守叛軍也發炮策應，使明軍官兵無法靠近城牆，與此同時，明軍在登州東門也加緊了進攻，祖寬部已經攻佔了水城的外圍護城城牆，孔有德明白，如不盡快做出決斷，水城被明軍佔領，他們就成了甕中之鱉，只能束手就擒。他也看出了，這支明軍的不足，他們沒有海軍配合封鎖海面。當夜他下令，登州城中除了留下千餘人掩護，其餘一萬二千多叛軍及其家屬（其中戰鬥部隊三千六百人），乘坐百餘艘大船，連同軍器、槍炮等一應物件從水城北門，冒著明軍攔截的炮火，由海路突圍而去，登州港內原有明朝海軍的主力艦隊，加上被詐降矇蔽被斬的孫應龍帶來的戰船，足以使這支龐大的隊伍逃脫。
明軍很快就攻入了登州城，叛軍的留守部隊仍在憑藉水城負隅頑抗，明軍游擊劉良佐暗中率人潛入靠近水城城牆的永福寺（現在蓬萊閣景區的一個景點），從中挖地道至城下，填入炸藥，轟塌了一段城牆，攻克水城---叛軍攻萊州城時的伎倆終於報應了他們自己。但仍有一部分叛軍退守登州城海邊的丹崖山，準備做困獸之鬥，（丹崖山上有宋代修建的蓬萊閣、蘇公祠等名勝古蹟），朱大典對最後這支叛軍隊伍沒有斬盡殺絕，對他們進行勸降，叛軍大部下山投降，一部分人投海自殺。
而孔有德此時還十分茫然，他不知道最後的出路何在，他的初步設想是在遼東沿海佔據一個島嶼或一塊三不管的地方，武裝割據一方。但是，駐守在皮島、旅順的明軍總兵黃龍率領海軍對他們進行了截殺，李九成的兒子李應元被斬殺，毛承祿、陳光福被俘，將他的夢想徹底打碎。他與耿仲明帶領剩下的艦船、人員在海上漂流了數月，也在海上過了年。走投無路的孔有德，做出了最後的決定，投降明朝的敵國—後金，在與後金聯絡接洽後，他們在指定的地點登陸，皇太極派出了漢八旗將領打退了明軍的追剿，接應孔有德叛軍進入後金的領土。皇太極開始還以為是明朝做出的苦肉計，在證實是真實的投降行動後，皇太極大喜過望，親自在瀋陽城外迎接孔有德、耿仲明。
自此，歷時十八個月孔有德叛亂結束，但這場平叛戰爭，交戰雙方都沒有勝利，雖然明朝平息了叛亂，並在太廟舉行了盛大的獻俘儀式，將李應元、毛承祿兩個匪酋凌遲處死，算是給連戰連敗的帝國打了一針強心劑。但明朝的登萊兩州，這個遼東前線的後勤練兵基地，被叛軍搗了個稀巴爛，也給近在京畿的山東地區帶來殺人十餘萬、殘破三百里的惡果，而且數位朝廷封疆大吏和大批地方官員被殺。同時，叛亂的兩個首犯都沒有落網。而孔有德雖然一度攻佔了登州多座州縣，但也沒有實現他的自立為王武裝割據，與明朝分庭抗禮的構想，他最終淪為了漢奸，成為滿清人的一條狗。
但交戰雙方之外，卻有一個最大的贏家，這就是清朝的前身後金，他們的天聰汗皇太極終於得到了夢寐以求的精良的西洋火炮---孔有德帶來了至少二十門葡萄牙澳門造炮局原裝的紅夷大炮，而且還得到了孔有德等，由葡萄牙軍事顧問所直接傳授，彈藥製造技術以及瞄準知識與儀器操作的軍事技術人才，不僅如此，海戰是後金最欠缺的地方，而孔有德帶來了大量的戰船，使後金也建立了自己的海軍，憑船運炮使他們可以繞過山海關，在明朝沿海任何一個地方登陸，至此，後金與明朝的軍事實力立刻就出現了消長……
8、都不得善終---事件相關人物的結局
孔有德
孔有德投降後，他的部隊被改編為漢八旗，但番號卻不是「尼堪超哈」（漢兵）而是「烏珍超哈」（火器兵），足以看出皇太極對這支部隊的另眼相看。投降三個月後，孔有德就迫不及待的要求在後金軍進攻皮島、旅順的戰役中，充當馬前卒，旅順失陷總兵黃龍自殺，孔有德即算是報了被海上追殺的一箭之仇，也算是交上了自己的入夥投名狀。同時在此役中，他還策反了山東三礦徒的第三個人尚可喜。這樣山東三礦徒—孔有德、耿仲明、尚可喜全部投降後金。至此，皇太極通過連續的招降納叛，他的的漢兵部隊已經有了相當大的規模，可以說，此時與明朝對抗的已經不僅是滿族（女真），而是整個東北地區以滿族為首的各民族的武人集團。西元1636年，明崇禎十年，皇太極稱帝登基，改國號為清，孔有德作為臣服的漢人代表，向皇太極獻上了表章，並被封為恭順王，這也是為了表彰他指揮炮兵、海軍跟隨皇太極、多爾袞東征朝鮮、西征蒙古，和與明軍作戰為滿清立下的「大功」。在明朝滅亡的前一年，他帶領清軍從海上突襲寧海（牟平、煙臺），登陸後在寧海地區大肆屠殺數日，後人只知道嘉定三屠、揚州十日，卻不知道滿清入關前在煙臺地區就有同樣的暴行。
西元1644年，清軍入關，孔有德部配屬多鐸南下進攻南明政權和剿滅農民軍餘部，以及鎮壓江南的抗清鬥爭，他也被抗清鬥士們罵做「吳橋賊」。順治三年（1646年）授平南大將軍，進攻南明永曆政權。五年，改封定南王，出征廣西。這時孔有德達到了他人生的頂峰。但在廣西他遭遇了原李自成的部將、南明政權的軍事統帥李定國，在連續的兵敗之下，他的王府所在地桂林被包圍，城破前他這個投機分子又想「反正」，終未成功自殺身死，他的兒子夫人一同被殺或被俘，只有一個女兒孔四貞逃脫，被封為清朝的唯一的一個漢人格格，去過北京的朋友都知道，北京有個地名—公主墳，這個公主就是孔有德的女兒孔四貞，據說當代作家瓊瑤就是根據這一人物，無限發揮，又寫出了後來家喻戶曉的愛情小說《還珠格格》。
耿仲明吳三桂
西元1636年，耿仲明被封為懷順王，隨清兵入關後，也參加鎮壓農民起義軍。順治六年(1649)，改封他為靖南王，與尚可喜進軍廣東，與鄭成功部作戰，後死於途中。他的結果還算是壽終正寢，他的兒子耿繼茂世襲了靖南王的爵位，駐守廣州，又移福建。康熙十年(1671)，耿繼茂死，其子也就是耿仲明的孫子耿精忠襲爵位，耿精忠成為了清初著名的「三藩」之一，後隨吳三桂叛清，兵敗身死，耿家也被滿門抄斬。
吳三桂在平息兵變中並無突出的作為，但就是在這次平叛中，他拜監軍太監為義父，受到推薦進入了崇禎帝的視野，而平步青雲，他的故事和結局眾所周知，在此不贅述。
徐光啟孫元化
這師生二人苦心謀劃的軍事改革，不僅一切成空，而且竟是幫助了敵人，孫元化被逮至京師的鎮撫司，追究其各項罪名，孫元化在獄中遭到嚴刑，首輔周延儒和其師徐光啟一直設法對他營救，但終究無法挽回。崇禎五年，萊州攻防戰正酣時，七月二十三日，孫元化在京城被斬首棄市，他死前著名的西方傳教士湯若望化裝成送炭工人，潛入獄中為他這位中國最早的天主教徒做了赦罪禮的祈禱。孫元化的老師徐光啟從此對軍事、朝政心灰意冷，一心作他的歷法修訂，第二年就憤憤而死。明朝兩位精通西學、西式兵法的人死後，從此，明朝的軍事力量更是每況愈下，直至它的滅亡，而中國剛剛開始的學習西方文化科學乃至宗教的步伐，也就此嘎然而止。
孫承宗楊御蕃
孫承宗被罷官後，一直閒居在高陽老家，崇禎十一年，清軍深入內地，孫承宗率家人拒守家鄉高陽，城破自殺。
楊御蕃後來官至鳳陽總兵，坐鎮鳳陽指揮數萬人馬與農民軍作戰，但海納在史書中沒有找到他的結局。
登州、萊州
鐵打的萊州城牆，在上世紀五六十年代被拆除了，它已經失去了軍事意義，登州水城被保留了下來，這得益於它的特色，這是世界上目前儲存最為完好的古代軍港，此篇文章殺青時，報紙上傳來了水城申請世界文化遺產的訊息……
崇禎帝和他的明王朝中國
崇禎帝不合時宜、過猶不及的勤政，疑心易怒的性格，還有倒霉的運氣，終於使他的帝國倒塌了，想秘密和清朝講和卻不慎瀉露天機，使明朝失去了一次結束兩線作戰的時機。李自成一度被剿滅，卻又東山再起死灰復燃，而他在李自成兵臨城下之時向他提出的，請求招安而且開赴山海關前線，這樣極具民族大義的要求竟然也都沒有答應，他不僅沒有逃走，而且上吊自殺。不知道李自成這時會不會嗤之以鼻的用陝西話說：「這個皇帝真基巴坎」（這個皇帝真傻）。而最後還是組織最嚴密。而且掌握著最先進武器的滿清入主了中原。
明王朝政權的覆滅，說其覆滅於農民起義或者說覆滅於滿清，甚至說覆滅於罕見的連續七十年的自然災害還有鼠疫疫情，倒不如說是毀滅於它自身的腐朽，皇帝的頑劣、群臣的黨爭，太監的干政，官員的腐敗，軍隊的低劣，一切積重難返都最終使這個政權崩潰，讀晚明歷史可以看一個現象，清軍南下遭到的抵抗並不明顯，老百姓似乎都在坦然接受改朝換代的事實，很多抵抗實際上發生在多爾袞的剃髮令下達後，剃髮易服讓漢人感到了被奴役的恥辱而起來奮起抗爭，而並不是對明朝有什麼留戀。
明王朝政權所代表的中國、漢文明，終被落後於自己的滿清所征服，漢人成為了在野民族，但這一次民族征服太不是時候了，世界再有百年就將進入一個新的時代，科學技術、社會制度都將有質的飛躍，這對於一個剛剛脫離於奴隸社會的滿族來說太超前了，他們對剛剛學到的漢文明尚且來不及消化，更別說更加陌生的西方文明，滿清夜郎自大心理和征服了中原後的洋洋自得，使他們不會再重視其他文明，（宣告，海納完全沒有蔑視少數民族意思，這些感慨只是在針對當時的歷史背景）這時候只有漢文明才能相容幷蓄的學習好其他文明的成果。
此時的中國，商品經濟的發展和海外貿易的出現（雖然可能不合法），使社會出現了資產階級萌芽，儒學出現了的王陽明、顧炎武、黃宗羲新的流派，新儒學甚至有了些西方式啟蒙思想的影子，徐霞客和李時珍的探索，開始了中國人對自然科學的研究，徐光啟對西方科學的學習研究，明朝廷對西方技術的拿來主義，而皇帝的惰於朝政，甚至也能為君主立憲制創造條件。都將昭示著中國人也能沿著正常途徑進行社會、科學的發展，但清軍的入關使這一切都化作了泡影……
是文明的氣數還是天意？