太尉負責全國軍官的考核，每歲末，評定等次，上奏皇帝，作為軍官升遷、降調的依據。領太常、衛尉、光祿勳三卿。太尉府屬吏有：長史一人，秩千石，總管各曹事務。各曹掾、史、屬共二十四人。
在諸曹中，西曹負責太尉府官吏的任免；東曹負責二千石的遷調；戶曹負責戶籍、祭祀、農桑；奏曹負責奏議；辭曹負責審理案件，接受上訴；法曹負責驛站事務；尉曹負責士卒和囚犯的徵調、運輸事務；賊曹負責緝拿盜賊；決曹負責裁決刑法；兵曹負責軍事事務；金曹負責貨幣與鹽鐵事務；倉曹負責國家倉庫事務。
此外，還有黃閣，主簿，是閣下諸吏的長官。另有令史及御屬二十三人，閣下令史負責太尉的儀仗執事；記室令史負責太尉府的奏章等各種文書的管理；門令史負責太尉府門衛。其他令史分隸諸曹，辦理文書事務。
太尉府諸曹的設定以及職掌來看，太尉的管轄範圍似乎非常廣，但那都是名義上的東西，太尉諸曹所領事務，或受制於尚書檯，或僅僅為文牘往來，本身並沒有可否之權，而且太尉對本府諸曹事務並沒有實際節制的權力。
司徒，負責人民教化，掌禮儀諸事。領太僕、鴻臚、廷尉三卿。屬吏有長史一人，秩千石。掾屬三十一人。
司空，負責水利工程、城防建築、宮室營建等事務。領宗正、少府、司農三卿。司空屬吏有長史一人、掾屬二十九人、令史及御屬四十二人。
東漢末年，三公已成為虛職，在三公之外另設大司馬，大司馬和大將軍均位在三公之上，如劉虞、權臣李傕。
東漢沿西漢制度，以太常、光祿勳、衛尉、太僕、廷尉、大鴻臚、宗正、大司農、少府為九卿。與西漢不同的是，東漢九卿分隸屬三公。東漢九卿均於官稱上加「卿」字，如太常卿等，秩中二千石。
除此之外，東漢九卿與西漢不同者還有：一、光祿勳除西漢的五官中郎將、左中郎將、右中郎將、虎賁中郎將、羽林中郎將之外，增置東中郎將、北中郎將、西中郎將、南中郎將。二、少府尚書改稱尚書檯，由西漢的常侍曹、二千石曹、民曹、主客曹改為六曹：改常侍曹為吏曹，增三公曹，將主客曹分為南主客曹與北主客曹。尚書檯增設左右丞二人，諸曹侍郎各六人，令史諸曹各三人，事務繁劇的曹增令史各三人。尚書檯組織較西漢尚書要重要、龐大的多。
軍事方面，東漢的將軍也是中央政府的重要組成部分，有大將軍、驃騎將軍、車騎將軍、衛將軍、前將軍、後將軍、左將軍、右將軍。大將軍位在三公上，驃騎將軍、車騎將軍、衛將軍位次列於九卿，位在三公下。前、後、左、右將軍，位次列於九卿，不常置。東漢中期以後，太后臨朝稱制，外戚以大將軍執政，與太傅、三公合稱為五府。
以上將軍均開府，府屬有長史、司馬各一人，從事中郎二人，掾屬二十九人，令史御屬三十一人。將軍以本號領軍的，各有部曲、校尉。
漢末大亂，有軍功者比比皆是，授予官職的難度加大。因此常在「將軍」前冠以某個名號以作為他的官職，這種名號並無一定，名號之間也無上下級關係，因此稱為雜號將軍。臨事設定，事畢即撤。如驍騎、樓船、材官、伏波、貳師、度遼、龍驤等，或以所領部隊，或因奉行的任務。
以後，開始出現四徵、四鎮、四平、四安等重號將軍。
這是一個龐大的工程。
不是劉琦想封誰就封誰的，這牽涉甚廣，不光是劉琦身邊的老兄弟，還有許多名士大賢，甚至還要顧及一下曾經從長安追隨劉協東逃的官員。
劉琦想不參與也不行，官要給，權力卻不能外放，這是劉琦交待荀彧的中心思想。