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駐蒙軍司令部的陰謀馬錚並不知道，此時他手頭上一大攤子事情需要他處理。地盤一下子增加了這麼多，而且還多出幾座縣城，怎樣管理卻成了擺在馬錚眼前最現實的一個問題。
察南地區地廣人稀，各個鮮橙汁間的距離都很遠，要是分兵駐守的話很容易被人各個擊破的。但如果不駐兵的話也不行，那樣的話日偽軍隨時可以奪城。
另外就是轄區內選在還有很多日軍的據點沒有拔除，主要是這一仗打得太急，馬錚所部都在搶著佔縣城，下面的鄉鎮還未來得及處理。甚至於很多鬼子據點都不知道縣城已經丟了，還躲在他們的據點裡作威作福。
還有就是部隊整編的問題，這一仗所部一下子收編了八千多偽軍，該怎麼整合這些人還是一個問題。由於這部分人都是騎兵，而馬錚所部的騎兵只有區區三四百人，打亂編制重新整編也不合適。
不過這些問題雲鑑倒是比馬錚有經驗，尤其是駐軍的問題。馬錚不想分兵的意思雲鑑看出來了，於是建議馬錚在這些地方只派駐一支小部隊，規模可以控制在營或者是連一級。然後再在各地組建民兵組織，讓他們配合當地駐軍平時維持治安。
至於部隊的主力可以分駐到一到兩個重要城市，一旦其他地方遭到攻擊，隨時可以出兵增援。這樣一來便可以最大限度的集中力量，而不會因為地盤擴大而顯得兵力分散。
馬錚一聽這建議，覺得很不錯，當即和雲鑑商討一下這個方案的可行性，隨後拿出了一個詳細的方案，並報備八路軍總部。
很快八路軍總部的回覆就來了，同意按照他們的想法實施，同時發來的還有總部關於建立綏察根據地的批示。總部原則上同意建立綏察抗日敵後根據地，但是卻特別告誡馬錚和雲鑑，要求他們在對日作戰中一定要特別的謹慎，儘量的儲存自身力量，尤其是在部隊不具備進行大規模的攻堅戰的時候對日軍進行攻堅作戰。
關於新成立的綏察抗日敵後根據地的領導人選總部也做出了指示，馬錚擔任司令員，雲鑑擔任政治委員，黃思成擔任參謀長，王漢森擔任後勤部長，各部隊的軍政主官暫時沒有調整。
有了總部的批示和支援，很快綏察抗日敵後根據地的架子就搭起來了，根據地的防區涉及察哈爾、綏遠、山西、河北四省，完全受控制的有五座縣城，其中化德縣由於位置太過於偏遠，如果在那裡駐軍的話等於給日軍嘴裡送肥肉，所以經過商量之後，馬錚等人決定暫時放棄在化德縣城駐紮軍隊。
隨後，馬錚和雲鑑的大力支援下，興和、集寧以及商都三地的人民政府率先成立。雖然縣長的人選還沒有確定，但是牌子卻是掛了出來。與此同時，一部分戰鬥骨幹被抽調出來開始組建縣大隊合區小隊以及民兵自衛隊。
在成立綏察抗日根據地的同時，鹿鳴指揮他的補充一團對察右前旗土貴烏拉鎮的日偽軍發動了進攻，經過三個小時的激戰全殲守軍，收復察右前旗。
隨後，補充一團二團兵分數十路，開始對集寧、察右前旗、豐鎮以及興和境內的日偽軍據點展開了拉網式清除。
由於察南地區已經沒有成建制的日軍了，各地據點裡的日軍多則三二十人，少的地方只有七八人，所以打起來很輕鬆，到4月20日，根據地境內三十多個日軍據點全部被清除掉了，至此察南六旗縣全部被馬錚所部控制了。
與此同時，馬錚對麾下的部隊進行了一次大規模的混編，一部分懂得騎馬的步兵被劃為了騎兵，而一部分騎兵則是被劃為了步兵。混編之後，部隊依然保留四個步兵團合計10350人，而騎兵則是被保留了三個團合計4200人，除了步兵和騎兵之外，馬錚還將警衛營、工兵營、炮兵營都擴編為團。
至此，綏察抗日敵後根據地的部隊終於整合完畢，轄有步兵團4個，騎兵團三個，警衛團、炮兵團、工兵團各一個，此外還有特戰大隊、汽車運輸隊、野戰醫院各一個，總兵力合計為17494人，隨後馬錚將整編後各部隊的番號以及軍政主官的人選上報到八路軍總部，請求總部稽核。