而且，在相持了幾天後倭國人漸漸適應了蒙古人的戰術，於是就開始反擊，主要由武士組成的日本重騎兵隊尤為英勇，他們在弓箭手的支援下冒著箭雨列陣衝擊蒙元軍隊的陣營，與蒙元軍隊計程車兵貼身近戰，導致蒙古人的弓箭優勢失效，最終敗退。
值得一提的是，在返回高麗的路上元軍的艦隊遭受了風暴襲擊，遭受了一些損失，但大部分船隻安全回國。
蒙元的第一次東征被倭國稱為「文永之役」，縱橫天下的蒙古人第一次在東亞遇到了戰鬥力和勇氣都不遜於他們的對手。
由於高麗人在戰鬥中主要負責近戰，因此遭受倭國人的正面衝擊而損失慘重，故而高麗人對倭軍的戰鬥力，尤其倭刀印象深刻。
據傳，元軍普通士兵的刀劍與倭刀一碰即斷，由此可見倭刀的厲害。
相對而言，使用弓箭的蒙古人損失小一些，倭國的弓箭雖威力強大但射程很短，不能跟蒙古角弓相比，因此蒙古人佔了不少便宜。
如果蒙古鐵騎能參戰的話，那麼倭國絕對無法與之抗衡，可惜倭國四島偏安海上，使得蒙古鐵騎無法越過大洋前去參戰，這也是倭國人最大的依仗。
蒙元第一次東征結束後，忽必烈認為倭國人已領教了蒙古人的威力，於是再次派使者去倭國要求臣服，但打了勝仗的倭國人竟然將蒙古使者斬首，這激怒了忽必烈。
忽必烈身為蒙古帝國大汗自然不容倭國挑戰他的權威，因此在統一中國後便著手準備第二次東征，士兵們被招集至沿海地區接受登陸作戰訓練，遠征軍的糧秣補給也源源不斷從全國各地徵集。
同時，高麗和中國東南沿海的造船廠也晝夜趕工，製造大小戰艦和運兵船。
如此大規模的遠征準備自然無法保密，倭國人嚴密監視著元帝國的動向，對即將到來的第二次戰爭做了充足的戰爭準備。
此時日本政局穩定，北條時宗對鎌倉幕府和日本各藩的控制遠勝以往時期，因此倭國人能夠動用更多的人力物力抗擊蒙元的遠征。
為了未雨綢繆，幕府在九州徵用民夫於博多灣一帶蒙元軍隊最有可能登陸的地區沿海灘構築了一道石牆，用以對付蒙古馳名天下的騎兵。
而且，在蒙元遠征軍進攻日期臨近時，北條宗盛和北條宗政分別率精銳武士軍開往本州和九州沿海地區佈防，北條宗政的鎮西軍後來成為戰鬥的主力。
不僅如此，九州各藩開始動員鄉民參戰，倭國其他地區的武士也響應號召趕來參戰，與第一次戰爭相比可謂準備充分。
蒙元的第二次東征是在西元一二八一年，龐大的遠征軍從江浙和高麗同時出發。
此次出征的陣仗頗為壯觀，共有大小船舶近五千艘，軍隊約二十萬，其中蒙古人四萬五千，高麗人五萬多，漢人約十大半為新附軍（收編的南宋軍）。
遠征軍中的蒙古人自然是作戰的中堅力量，六月上旬元軍開始登陸作戰，登陸地點九龍山距上次戰爭主力部隊登陸的地點不遠。
由於倭國人早有準備，故而這次遠征軍遇到了更頑強的抵抗，高麗軍統帥洪茶丘被俘殺，幾名蒙古高階指揮官也相繼陣亡。
激烈的戰鬥持續了一個多月，遠征軍的損失已超過三分之一，因為倭國人沿海灘構築了一道堅固的石牆，這使得元軍屢屢進攻始終無法突破。
到七月下旬，元軍的糧草和箭已基本告罄，因此以元軍的撤退收場。
通過對史料的分析，李雲天認為蒙元之所以兩次進攻都未能征服倭國，主要受到六大因素的制約：
一，第一次東征倭國時兵力不足，南宋尚未滅亡蒙古僅控制了北方中國、當時蒙古帝國正集結重兵準備南下攻打南宋，用以進攻倭國的兵力只有五萬，勞師遠征而且是蒙古人不擅長的跨海作戰，再加上日本民族強悍，所以這些兵力顯然不夠。
當然了，兵力不足的原因除了蒙古帝國多線作戰的因素外，更主要的是忽必烈輕視了倭國的軍事實力。
二，蒙古在戰術上沒有絲毫的優勢，按照倭國人事後的說法，蒙古人的戰鬥力並不像想象的那樣強大。
戰爭開始後倭國人採取了與蒙古人貼身近戰的戰術，這使蒙古人的弓箭和回回炮優勢失效。
雖然蒙古兵能吃苦耐勞，必要時他們可以靠吃生馬肉、喝馬血維持生命，且作戰機動性很強，一般只帶很少的糧草，士兵的吃穿問題主要通過掠奪戰爭地區來解決。
可這兩次東征中蒙古人無法發揮自己的特長，一直未能突入內地居民區，因此不可能有掠奪之地。
三，蒙古在武器裝備上沒有明顯的優勢，遠征倭國使得蒙古第一次遇到了武器裝備不遜於自己的對手。
倭國人裝備的優勢不僅在於戰刀也在於武士的鐵甲，據傳元軍普通士兵的刀劍與倭刀一碰即斷，當時倭國的冶煉和刀具製作技術世界一流，倭刀的效能只有北印度和西亞出產的大馬士革鋼刀可以媲美。
因此只要距離稍遠，蒙古弓箭就無力穿透日本武士的盔甲，失去了賴以自豪的弓箭的威力。
四，倭國的武士自小開始接受嚴格的軍事訓練，戰技遠勝蒙古人，根據蒙古人的記載，倭國人擅長單打獨鬥，擁有強悍的戰鬥力。
五，跨海作戰保密不嚴，兩次東征忽必烈都不是突然襲擊，攻其不備，倭國事先都得到了情報並做出了相應的迎戰準備。
尤其是第二次東征，倭國人嚴密偵視了蒙元的動向，對蒙軍來襲做了充分的戰爭準備。
六，天公不作美，颶風幫了倭國的忙，故而後來被倭國人尊為神風。
蒙元兩次東征倭國都遭到猛烈的颶風襲擊，可謂損失慘重，第二次遠征時的八月一日，海上突然颳起了猛烈的颶風，風暴持續四天使得元軍南方艦隊的艦船基本被毀，而北方艦隊的艦船也損失大半。
北方艦隊剩餘的艦船搭載指揮官以及部分蒙古軍和高麗軍逃離戰場駛返高麗，而南方軍的指揮官和部分高階官員眼看回天無術也只得丟下大部隊，乘南方艦隊殘存的幾艘船逃離。
值得一提的是，此時九龍山的海灘上尚留有近十萬與倭國人交戰的元軍，這些人失去了補給和退路又無力突破日軍的防線，最終陷入絕望境地。
三天後，倭國人開始大舉反攻，將殘存的元軍驅趕至一處名為八角島的狹窄地區然後縱兵攻擊，這使得元軍大部被殺，剩餘的兩萬多人作了俘虜，蒙元的第二次東征也宣告失敗。
每當李雲天想到九龍山海灘上那十萬無助的元軍時心中都頗為感慨，萬萬想不到蒙元軍隊的統帥竟然把那些士兵丟在了空曠的海灘上，使得十萬大軍糧草耗盡後被殲，實在是令人痛惜。
因此，為了日後能夠順利地征討倭國，李雲天很早就開始準備相關的事宜，可以說明軍水師的成立就是為了對付倭國，在他看來倭國才是大明的終極敵人，務必要將其剷除，以免後患。高麗，而南方軍的指揮官和部分高階官員眼看回天無術也只得丟下大部隊，乘南方艦隊殘存的幾艘船逃離。
值得一提的是，此時九龍山的海灘上尚留有近十萬與倭國人交戰的元軍，這些人失去了補給和退路又無力突破日軍的防線，最終陷入絕望境地。
三天後，倭國人開始大舉反攻，將殘存的元軍驅趕至一處名為八角島的狹窄地區然後縱兵攻擊，這使得元軍大部被殺，剩餘的兩萬多人作了俘虜，蒙元的第二次東征也宣告失敗。
每當李雲天想到九龍山海灘上那十萬無助的元軍時心中都頗為感慨，萬萬想不到蒙元軍隊的統帥竟然把那些士兵丟在了空曠的海灘上，使得十萬大軍糧草耗盡後被殲，實在是令人痛惜。
因此，為了日後能夠順利地征討倭國，李雲天很早就開始準備相關的事宜，可以說明軍水師的成立就是為了對付倭國，在他看來倭國才是大明的終極敵人，務必要將其剷除，以免後患。