自從來到桂林城後，李雲天就一直待在了府衙裡，有條不紊地處理著手頭交趾和廣西的公務，他這樣做一是為了使得黎利放心，二來也是為了整頓廣西的吏治。
作為百越之地，廣西山高林密、民族眾多，生活著大量當地的百姓，明廷統稱其為「番人」，故而從唐宋時起就難以管理，大明的官員更是誰都不想去這個荒蕪之地前去做官。
自從大明立國後，廣西地界就不太平，時常發生番人的暴亂，使得大明疲於清剿。
在李雲天看來那些番人之所以暴亂，雖然原因各種各樣，但是有一點無法忽視，那就是大明對兩廣和雲貴這種歷來被人們視為尚未開化的蠻夷之地並沒有足夠的重視，進而導致了吏治散漫。
李雲天既然有幸成為了廣西的總兵和巡撫，自然不會對廣西紛繁複雜的事務視若無睹，因此首先拿廣西的吏治來開刀，只有吏治清明瞭當地的局勢才會穩定，農業和經濟才能得以發展。
不過，李雲天並沒有大張旗鼓地在廣西整頓吏治，而是採用了文火慢燉的方式，先拿梧州府開刀，以此來震懾其他州府的官吏。
很顯然，冰凍三尺非一日之寒，李雲天要是想翻那些地方官員的舊賬，恐怕廣西各府縣的衙門都要停止運作，在這山高皇帝遠的地方又有幾個人能獨善其身保持清白？
李雲天這次來廣西並不是想要給那些地方官員算後賬，而是想要發展廣西的農業和經濟，緩解番人對官府的敵對情緒。
因此，懲罰那些地方官員並不是他的目的，只是威懾那些官員的一種手段而已，如果他能徹底清查梧州府各個衙門的事務，那麼自然也能查清其他州府中的齷齪事，這對當地的官員將是一個巨大的震懾。
宣德三年七月初，李雲天派往梧州府的講武堂官員利用兩個多月的時間，終於查明瞭梧州府自知府以下眾多官員暗中貪腐的事實，
尤為令李雲天感到震驚的是，有些官員的可以用膽大包天來形容，竟然將主意打到了給驍武軍所籌集的錢糧上。
根據在梧州府各府縣的實地調查，為了給驍武軍籌集在交趾平叛時所需要的軍資，梧州府從民間一共收受了近十萬兩銀子的錢糧。
不過，這些錢糧在上繳時被層層剋扣，最後到了李雲天手裡的時候只有區區的五千多兩銀子的錢糧。
也就是說，梧州府知府給廣西布政使司上報的籌集錢糧的數額只有總額的二十分之一，其他的錢糧都進了大大小小官吏的口袋。
得知此事後，李雲天當著廣西三司主官的面是大發雷霆，當即下令處死了十餘名貪墨嚴重者，數十名官員因此獲刑被流配到西北充軍，數百名官吏和相關人員受到了牽連，罷官的罷官，被判徒刑的被判徒刑。
這使得整個廣西官場為之震動，官員們對此是人心惶惶，誰也沒有想到李雲天竟然能將梧州府的事情查得如此清楚，更懼怕他雷厲風行的行事手段，將梧州府的官場可謂連根拔起。
然而，出乎那些官員意料的是，李雲天自從收拾了梧州府的那些官員後並沒有再進行下一步的舉動，而是向各州府下發了一道公文，以廣西被匪患所擾為由，夏糧和秋糧只徵收一半，不得增收新的田賦，並且免除廣西一年的丁稅
李雲天在公文中著重指出，對於以往欠繳的農戶實行「掛賬」，允許其在五年內將所拖欠的田賦補齊，各地衙門不等催逼。
而且，李雲天的這道減免田賦丁稅的公文不僅適用於官府，而且也適用於當地的地主們，讓他們不得向佃戶們收受今年的田租，佃戶們可以在五年內還上今年的田租。
此道公文一下，廣西各州府的官員們是一片譁然，如此一來他們不僅今年的田賦只能收取一半，而且還失去了丁稅，地方衙門裡的收入將只有往年的三分之一。
雖說各地州府的官員私下裡對李雲天的這道公文不滿，但是無人敢提出來，只能自認倒霉，老老實實地想辦法來彌補因此而造成的損失，以維護各地衙門的正常運轉。
李雲天早就料到那些官員只會暗地裡發牢騷，一來他的這道公文乃是與民休息之舉，符合大明的國策，同時也是他身為廣西巡撫的職責，二來梧州府那些官吏的下場歷歷在目，誰吃飽了撐得去招惹李雲天，萬一李雲天下令嚴查，恐怕他們就要吃不了兜著走了。