舟山，五月初甘輝、餘新、萬禮就從臺灣逃到了這裡，他們離開後鄭襲向鄭經投降，被鄭經遷移到了廈門居住。
雖然甘輝等人本想隻身出逃，但追隨者還是不少，本部共計有船隻二十艘，兵將五百餘人，全都是甘輝等人的心腹，因為忠於主將或是害怕受到牽連而跟著逃來。南京之敗導致這三個人的勢力大減，不然跟著他們一起逃跑的人或許還會更多。除了這些延平藩的兵馬外，還有一萬多廣東漁民，都是周玉的手下，他們先是被甘輝解救到臺灣，甘輝出逃的時候，他們中的大部分人自願再次出海，跟著甘輝來到舟山。
逃來的鄭軍嫡系只有五百人，算上家屬也不過千餘人，張煌言倒是安心不少。人數不是太多，舟山收留了他們也不算太大的事，鄭經多半也會賣舟山一個面子，不至於窮追不捨，一定要張煌言把人交還，畢竟現在雙方還是並肩作戰的抗清盟友；如果甘輝他們帶來上百艘艦船，兩、三千精兵，鄭經說不定就會擔心留下後患，堅持要舟山盡到同盟的義務，向金廈移交叛逆了。
得知鄭成功去世後，張煌言傷心不已，在鄧名的前世，張煌言就為此喪失了鬥志，解散了軍隊，決心以死殉國。不過現在張煌言雖然悲傷，但並沒有絕望，不但沒有解散軍隊，反倒積極籌劃如何把鄭成功先前的那副擔子也承擔起來。
鄭成功生前最主要作用就是牽制住了清廷部署在廣東、福建的重兵，現在金、廈既然還在明軍手中，鄭經還在兩地駐紮著數萬人的軍隊、近千艘戰艦，那張煌言覺得閩粵的清軍重兵和耿、尚兩藩還不能東進或是北移——這個戰略負擔張煌言覺得暫時還不需要自己去接替承擔。
在暗暗鬆了口氣的時候，張煌言又想到了鄭成功的第二個作用，那就是控制海貿，為明軍尋找軍費來源。在本月初，暫住在舟山的日本人尋找各種藉口回國，這無疑是個不詳的徵兆；而本來客客氣氣想尋求合作的荷蘭人，也先後揚帆離港。他們當然不敢明說，但荷蘭人認為鄭成功去世後，巴達維亞議會多半會再次改變東亞的政策，重新傾向於與明軍開戰——他們猜得不錯，在鄧名的前世，在瞭解了最新的進展後，巴達維亞就決定和滿清合作，拒絕嚮明軍繳納海峽通行稅，並動用武力保衛通航權、爭奪對日貿易權。隨著金、廈易手，明軍也確實失去了對海峽的控制，臺灣的收入轉而依賴屯墾收入。
張煌言雖然嗅到了危險的氣味，不過危險還沒有立刻變成現實，而且東南的形勢讓張煌言特別擔憂，因此也沒有時間仔細考慮海貿的問題。張煌言對控制航線和開展貿易的重視程度遠遠比不上鄭成功和鄧名，在張煌言看來，貿易只是在失去陸地根據地後不得已而為之的備用籌款方法罷了——就比如瓷器吧，如果不能把江西景德鎮控制在明軍手中，張煌言就感覺睡覺都不踏實。
雖然鄧名幾次率領川軍打到江南，但清廷在東南的官吏都覺得鄧名來一趟不容易，光是看看地圖就能知道四川是多麼遙遠，而且還有周培公這樣的年輕將星成長起來——雖然大家都清楚周培公在面對鄧名時多半隻能自保，但有這麼一個宿敵在，鄧名總不能一點顧忌都沒有吧，說不定下一次他就被周培公成功伏擊了。對東南各省具有強大威懾力的人還是鄭成功，現在延平郡王去世了，張煌言覺得自己必要肩負起震懾江南清軍的任務了。
「保國公已經進入江南了。」張煌言對甘輝說起他剛得到的這個情報時，滿臉都是興奮之色。
舟山的實力明顯不能和鄭成功相比，從三月底、四月初開始，東南清軍官府的態度變得越來越惡劣，對舟山、崇明的走私船隻查抄變得越來越頻繁和肆無忌憚。孤掌難鳴的張煌言根本沒有報復的實力，只能被動地提高精惕，在舟山進行戒嚴的時候通知崇明的馬逢知多加小心。
見到舟山無力反擊後，東南官府的氣焰就更加囂張，無論是蔣國柱還是林啟龍，他們對手握數萬精兵和十幾萬大軍的鄧名和鄭成功畏之如虎，但面對舟山和崇明時，欺軟怕硬的面目就暴露無餘。在南京多次蠻橫無理地撕毀條約，搜查搶奪舟山的貨船後，張煌言還給周培公去過信，提醒周培公休要欺人太甚。
不過周培公對舟山也是態度曖昧。後來淮安來了一個林啟龍的使者，帶來了漕運總督的口信，表示可以維持鄧名臨走時替崇明爭取到的河道通行權，不過舟山方面必須提高稅費，而且有很多貨物都不可以走私，必須出售給漕運衙門，因為林啟龍打算進行壟斷。以後河道方面還會發布更多的專賣貨物名單，舟山必須嚴格遵守，否則林啟龍不能保證進入運河的崇明走私船的人員安全。蔣國柱雖然還沒有提出明確的要求，不過估計也會和林啟龍一樣對崇明敲詐勒索。張煌言若是不答應他們的條件，鄧名託付給他的航運貿易恐怕立刻就要出大問題；而如果答應的話，他又擔心東南清廷官府得寸進尺，甚至要明軍交還崇明——無論蔣國柱還是林啟龍，都不是什麼信守諾言的君子。
四月底，鄧名東征至湖廣的訊息傳遍江南後，林啟龍和蔣國柱就再沒提出過新的要求；五月初，先是崇明送來報告，馬逢知稱河道官兵和兩江官兵都停止了搜捕走私船的活動，還交還了早先被搶走的船隻和人員；然後張煌言就聽說鄧名於上個月六日離開武昌，上個月底已經兵臨九江的訊息。
就在幾天前，林啟龍送來了幾顆人頭，其中一顆就是屬於上次趾高氣揚來舟山的那個漕運總督衙門的使者的。這次來送信的河道官兵對張煌言卑躬屈膝，稱被殺的這個傢伙根本不是林總督的心腹，上次來舟山是假冒林啟龍的使者，意圖離間舟山、淮安之間的傳統友誼——火眼金睛的漕運總督已經查明，這個傢伙其實是清廷的細作，將其誅殺後，特意把首級送來舟山，就是為了打消張煌言的疑慮。漕運總督再次重申，他絕不會擅自修改與鄧名、張煌言達成的協議中的任何一條。看到那顆人頭時，張煌言就懷疑鄧名更加靠近南京了，果然今日就收到了關於川軍的新訊息。
「保國公已經兵臨太平府，不日就可以再次進抵南京城下，是不是佔領揚州、切斷漕運也只是在保國公一念之間。」張煌言又對甘輝等人說道。
甘輝等人都拍手稱快，他們來舟山一個多月，目睹了東南清軍氣焰如同過山車一樣的變化。現在三人只恨手中的兵馬太少，完全幫不上張煌言的忙。
正在幾個人興高采烈之時，突然有傳令兵急匆匆地趕來，報告海面上發現了龐大的艦隊，這支艦隊從西南開來，十有仈jiu是鄭家的水師。這個訊息讓張煌言等人的笑容都僵在了臉上。片刻後張煌言和甘輝等人都趕到了岸邊瞭望，果然見到密密麻麻的風帆正向舟山這邊開來。
「看上去有一百條戰艦以上，加上小船恐怕有四、五百條。」張煌言知道這麼龐大的海上艦隊只可能屬於鄭家所有，忍不住憂形於色。
「一人做事一人當。」甘輝想不到鄭經真的會大舉出動，為了幾個逃難之人威脅盟友——寫信要人是一回事，而出兵討要就是另外一回事了。不過事到如今，他也不希望明軍之間兵戎相見：「張尚書把末將交出去吧，只要能保得我的手下平安就好。」
說完甘輝就要拔劍自刎，卻被張煌言的衛兵急忙抱住。此時大明兵部尚書的臉色已經很難看了，他在甘輝逃來後就立刻派遣使者去金、廈，希望鄭經寬大處理，不再追究這些人的叛逆之罪：反正也沒有幾個人，對鄭經不構成威脅，他們更沒有對抗鄭經的打算。
「來了區區一、兩萬人，就想讓我拱手交人嗎？」張煌言冷冷地說了一聲。他估計鄭軍的人馬在三萬以上，既然對方是來興師問罪，那他們隨行的那麼多小船和貨船，裡面裝的肯定不會是家屬和貨物，而是頂盔貫甲計程車兵。不過張煌言故意少說一些，以免舟山駐軍惶恐，即使一半人數也在舟山的實力之上：「世子有什麼權利讓我交人？他還沒經過朝廷同意繼承招討大將軍和王位呢。」
張煌言不顧甘輝等人的要求，下令舟山全軍備戰。舟山方面不會主動挑起戰鬥，但如果閩軍想搶人，那舟山軍也不會袖手旁觀。
包括逃難來的廣東周玉等人，也都緊張地拿起武器，全神貫注地盯著靠近舟山的延平藩艦隊。
很快，就有一艘戰艦離開縱隊，全速向沈家門港口駛來。沈家門港是和廈門港一樣可以允許大船直接靠岸的避風良港，張煌言的指揮部也設在此處。
看到只有一條戰艦靠攏過來，彎弓搭箭的舟山軍面面相覷，不知對方葫蘆裡賣的什麼藥。不過張煌言倒是心裡明白，估計這是對方的談判使者來了，所謂先禮後兵，如果談不妥條件，那就只有兵戎相見了。張煌言命令手下都把兵器先放下，他帶著幾個衛兵走上去迎向岸邊，而甘輝等三人也跟在張煌言的背後。
不過從船上跳下來的並不是想象中的使者，而是清一色的鄭家子弟，而且他們也沒有像張煌言一樣全身披掛。第一個跳下船的人還朝著甘輝他們大叫道：「甘提督，餘將軍，萬將軍，你們果然在這裡，我也來找你們了！」
大喊大叫的人名叫鄭瓚緒，甘輝見狀急忙迎上前去，行禮問好：「少侯爺。」