美國，數碼vt公司。
托馬憤怒地給了彩羽尼奧一拳：「你這樣做會殺死多少數碼獸，你知道嗎？」
「我不知道，這也不是我做的」彩羽尼奧揉著臉上的拳印針鋒相對：「這是山木滿雄做的，是日本的政府行為，與我何干？」
「你以為我會信嗎？」托馬臉色冷然，「你報復不了暴君天使獸x，所以就要報復整個數碼世界是嗎！」
「隨你怎麼想」彩羽尼奧轉身推開門：「我不在乎！」
可惡！托馬一拳砸在桌子上。
「托馬……」伽奧伽獸閃身出現在托馬身後。
「伽奧伽獸，我們離開吧……」
托馬與彩羽尼奧的合作是建立在讓人類的生活與生存變得更加美好的基礎之上，是為了讓人類與數碼獸在未來能夠和諧相處。所以他接受了數碼獸雜合技術，開發數碼獸培育機，舉辦陽極馴獸師大賽，制訂人類防禦計劃……
但現在，事情開始偏離他的初衷，彩羽尼奧也變得偏激獨斷。會造成這種誤解，完全是因為托馬並不知道彩羽尼奧最大的秘密——穿越平行空間！因為無法登上最巔峰而產生毀滅一切的報復心理，這是一個被打落塵埃的天之驕子的歇斯底里！
托馬和伽奧伽獸離開了，失去阿卡迪獸的彩羽尼奧不承認自己的失敗，最後的自尊讓他沒有對托馬出手。公司裡，藤本秀人看著托馬離開，心中彷徨不定，他感覺這間公司越來越不能給他以溫暖的感覺了。
「麗，我該怎麼辦？」藤本秀人喃喃自語，他覺得自己或許應該去歐洲尋找彩羽麗。
人類防禦計劃第二階段，其實質是在地球外圍的數字空間構造名為「網路世界」的防禦圈。深入數碼世界的十三臺網路大炮不間斷地對數碼世界進行掃蕩。其戰略意義在於：進攻就是最好的防禦！
解除網路進化的暴君天使獸x·混沌形態失去了幾乎所有的活動能力，這種情況下，保留數碼獸形態只剩下威懾作用。
網路大炮擊穿虛擬層天空帶來了一個彩羽尼奧意想不到的問題——極少數數碼獸會通過網路大炮被捲入網路世界，繼而獲得進入人類世界的機會！為了修復網路大炮給數碼世界造成的創傷，奈奈美強迫美樹原諾倫與黑日女神進行組合，成為暴君國度的主機級人工智慧。這樣她就有能力對虛擬層的天空進行修復。用伊芙限制美樹原諾倫，也能防止她獲得力量後背叛暴君國度。
即便如此，單純的天空仍然防不住網路大炮，紫色光柱依然在數碼世界的大地上橫行，但其威力已經削弱到了極點。起碼，被外圍掃中不再會有致命的危險。究竟是網路大炮的威力更強，還是天空的防禦力更高，就是雙方不斷升級的過程。
最終在多爾芬與卡羅等一批科學家的研究下，在頑固獸的指導下，他們找到了一種將陸峰的精神從暴君天使獸x·混沌形態中剝離出來的方法。這就像當初瀕臨死亡的木村輝一一樣，是純粹的精神化身，但其進步之處在於，這個精神化身即使進入人類世界，也能借助物質離子化形成特異蛋白來構建身體。也就是所陸峰進入人類世界後所使用的身體本質上與數碼獸所只用的身體是一樣，是人形數碼獸，而非完全的人類。
之所以要這麼做，是因為陸峰判斷數碼寶貝第三部的劇情很可能要開始了——掛在天上的那個綠色球體和紫色光柱實在是太顯眼了！陸峰不能確定第三部的故事被扭曲到了什麼程度，但大致上肯定是符合動畫劇情的。他不願借其他人之手去關注松田啟人的成長，穿越的事情更是秘密中的秘密。更何況，陸峰記得很清楚，之後的網路管理局會有一個「殲滅計劃」，其與這次的網路大炮會有什麼關係也很難說——山木滿雄所獲得技術與對數碼獸的瞭解遠遠超過動畫中，區區朱雀獸能否阻止他真的很難說……
平野小學，是大阪教育大學的附屬小學，松田啟人就在這裡就讀五年級。因為東京變成第三東京市，原先的澱橋小學自然不存在了。不過班主任淺沼奈美仍然是松田啟人的老師，原來的校長黑澤清二成了平野小學的副校長。鹽田博和、北川健太、加藤樹莉也都一一就位，這就是所謂的劇情慣性吧。
對了，還有李建良和牧野留姬。因為牧野留美子的名氣，找到牧野留姬的住址很簡單。倒是李鎮宇一家遲遲沒有訊息，讓陸峰糾結了好一會兒。
咚咚咚咚·
放學的鐘聲響起。
陸峰和武之內素娜找到松田啟人的時候，基爾獸已經孵化出來。松田啟人在中心公園裡找了一個僻靜的橋洞作為基爾獸的棲身之所。自從有了基爾獸，松田啟人放學後都是最快一個出學校，再也不和鹽田博和他們玩數碼寶貝卡牌了。
話說這種數碼寶貝鬥牌遊戲還是陸峰參與設計的。初中的時候，一個高富不帥的同學曾話費一個小時來教陸峰玩數碼寶貝卡牌，可惜他實在是朽木不可雕，寧願去玩遊戲王，不過基本規則還是記得的。