心神不寧的妖精獸找到玄內，兩人同樣不得其解，於是求見神聖天女獸。
「是進化，進化的力量從數碼世界徹底消失了……」神聖天女獸平靜地給出了答案。
「怎麼會這樣？！」妖精獸、玄內、尼菲迪獸、權天使獸俱是大驚。
神聖天女獸站起身來：「在這動盪中，我們需要做的是，儲存好自己，為那些流離失所的數碼獸們建造一個安全的避難所。」
「是的，神聖天女獸大人！」眾人俯首。
那位大人，暴君陛下，會解決所有厄難的吧……尼菲迪獸心底想到。
隨著龍族數碼獸在數碼世界各地的活躍，帝魔多次與其產生衝突，雙方在各個大陸和獨立空間進行爭奪。龍之領域暫時還沒有將所有頂尖力量放出，全部為完全體的十二帝魔得以維持平衡局面。龍之領域的蓄勢已經接近尾聲，新的大戰很快就會掀起。
值此之時，殘存的皇家騎士團成員，艾薩克獸開始在一些衝突地點出現。它非常擔憂龍之領域的舉動，卻沒有立場去阻止神龍獸x的決定。只能希望調和雙方的矛盾。這也是對帝魔的一種保護，雖然對方一點也不領情，它們完全繼承了朱雀獸粗暴的性格。
同為四大龍之一，破滅魔龍獸卻沒有讓手下的鋼之帝國與龍之領域配合行動，它很清楚，神龍獸x絕不願意它來摻上一手，但這絕不意味它什麼也不做。建立已超數個紀元的鋼之帝國，早已有了碾壓一切的實力，卻一直隱身地下，這不是破滅魔龍獸甘願折服，而是一件最關鍵的事情制約著它。就如同樣擁有超人一等實力的利維坦獸。現在，它就要來解開這個最後的限制了……
日本，大阪都。
一個新開業沒多久的小型麵包店，店主松田剛弘也剛從普通上班族專職麵包師沒多久。原本在東京生活的松田剛弘在東京大戰後之前與妻子松田美枝到琉球鄉下的岳丈浦添度避難。直到最近才來到日本新首都大阪。同時將兒子松田啟人帶了過來，轉入新的小學。
松田啟人是一個充滿好奇心，滿腦子幻想的小學生。最近更是迷上了《數碼寶貝》，最喜歡就是攻擊力強大的亞古獸。而然他並不滿足於此，他想設計出更強大的數碼寶貝。
今晚，在夢中，他靈光一閃，誕生了一個想法——一隻紅色的，充滿力量的爬蟲型病毒種數碼獸……
之後在某一天的早晨，將能夠改造弧光機的特殊卡片送到人類世界——藍卡！
也是在這段時間，日本暗流洶湧的地下世界裡，多了一個名為「梅克斯真理教」的組織……
中國，香港。
一個身穿風衣的魁梧男子站在街旁的樓頂，注視著下面川流不息的人群。
「為什麼不去日本呢？那裡才是數碼獸的聚居地。」男子向身旁一片朦朧的幻影詢問。
「那裡就像一個漩渦，不斷吸引著禍事，避開那裡，我們才能慢慢發展起來。」幻影從容不迫道，「況且，這裡也並非沒有數碼獸活動，若我記得不錯，那家（沒有名字）的公司就在香港，有時間去看看也好。」
「少主說的很有道理！」男子表示信服。
幻影沒有說話，目光死死鎖在前方的一家武館。一個上班族模樣的青年男子換好了武道服，與人切磋。令人驚訝的是，此人武藝極高，竟能與武館館主不相上下。
「我想，需要的人選能夠確定了，毀滅龍獸。」原來這名中年男子，赫然正是毀滅龍獸幻化而來！
「就是他嗎？」毀滅龍獸看向那個俊朗青年，他有著與香港功夫明星一樣的名字——李連杰！