數碼世界，隱之谷。這裡是妖精獸和玄內建立的臨時居所，它們在這裡默默積蓄著力量，與削除部隊抗爭。它們相信總有一天，能夠重建光之城。現在，龍野劍和北島亞美正是被帶到了這裡。
可惜秘密基地不可能永遠是秘密，在削除部隊幾乎地毯式的搜查之下，只要妖精獸和玄內等人不能坐視村子裡的幼年期、成長期數碼獸被削除部隊欺辱殘殺，它們就不得不暴露自己。
龍野劍也由此真實感受到了數碼世介面臨的動亂，有了拯救數碼世界的想法。在爆發數碼之魂救下妖精獸後，他和北島亞美告別玄內，踏上了拯救數碼世界之路。
「這樣就能拯救數碼世界嗎？」玄內目送龍野劍離開的背影，其實發展到現在，數碼世界許多地方自有主宰，暴君國度、天使國度、東方大世界雄踞一方，早已不是那個勇者殺魔王的單調世界。巴爾巴獸雖然篡奪了伊古德拉希爾的權柄，卻小心翼翼到連自己的真身都不敢暴露，生怕須佐之男獸和暴君天使獸x會來請它喝茶。
「數碼世界最深切的災難即將降臨，《數碼獸啟示錄》的預言每一條都已應驗。我們只能選擇相信劍，集齊八枚數碼記憶體與主電腦，數碼世界才能擁有未來！」妖精獸沉重道。
龍野劍搭乘機車獸，根據「乘客的意志」鋪設鐵軌，向著玄內推薦的另一個擁有數碼記憶體的數碼獸——超比多獸所在的北方森林而去。而與此同時穿過大草原的加門健太郎和奧加獸為了返回暴君國度也在向著北方森林趕去……
美國，沃利斯和八神嘉兒通過一系列攔車行為，經過一天一夜的行程終於趕到了沃利斯小時候居住的小鎮。在小鎮外的湖邊找到了記憶中的花田。期間他們數次遭到雲迪獸的攻擊，每次都是在灰色的氣流中忽然出現，在經過激烈的戰鬥後又忽然消失。而在戰鬥的過程中，大耳獸為了保護沃利斯成功進化為了加魯哥獸。
另一方面，本宮大輔聽說了八神嘉兒的情況後急吼吼地要過來，最終與湯島浩一起乘飛機趕往美國。
當這所有人陸續趕到花田，雲迪獸出現了。它靜靜地站在沃利斯面前與他對視。七年過去，兩人的外貌都已改變，但他們都似乎從對方的眼睛裡看到了熟悉的東西。
然而云迪獸卻拒絕承認現在的沃利斯，它無法認出現在的沃利斯就是當年那個金髮的小男孩。於是它狂躁地攻擊了，四米多的魁梧身材一拳揮下來重逾千斤。但它的攻擊非常雜亂，甚至連一個固定的目標都沒有，它子還是陷入了一種歇斯底里的瘋狂狀態。
迪路獸、烈焰獸、沙悟淨獸、加魯哥獸四人聯手，用巧妙的配合很快擊退了雲迪獸。這是沃利斯再次衝了出來：「stop，巧克力獸！我回來了，我是沃利斯！」
雲迪獸醜陋的大嘴咧開，彷彿在笑，冷冽的風吹來，讓綁在雲迪獸左臂上的繃帶結微微搖擺。那是七年前巧克力獸受傷後年幼的沃利斯替它包紮上的。
「沃利斯！沃利斯！沃利斯！沃利斯……」
雲迪獸的不停唸叨讓沃利斯心頭沉重，他懷著巨大的勇氣繼續勸說：「我回來了，但是一切已經回不到從前了，讓我們重新開始好嗎？一切都重新開始！」
然而回應沃利斯的並非巧克力獸的迴歸，而是雲迪獸的怒吼——破壞音波！
強橫的破壞衝擊波讓迪路獸等人抬不起頭來，就在這一刻，世界發生了變化！隨著音波掃過，世界失去了顏色，一切都是灰白的，黑色的陰雲籠罩天空，氣溫驟然下降。
黑色的圓珠在空中飄蕩，好似雪花。伸出手去，黑色圓珠籠罩的的範圍會呈現出染黑的狀態。
「我有種很不好的感覺！」年紀最大的湯島浩道。
本宮大輔卻絲毫不在意周圍環境的變化：「只要打倒它就好了吧！」
雲迪獸低頭，大嘴再次裂開，露出一排尖利的巨齒。只是這次的笑容怎麼看都顯得無比嗜血——它進化成了玉兔獸！
與雲迪獸完全不同，玉兔獸不言不語，鎮靜冷漠得可怕。它極善跳躍，雙臂修長有力，以優雅的姿態自如地應對四隻成熟期的攻擊。玉兔獸發出的精神衝擊甚至直接使沙悟淨獸的腦神經破壞退化成了烏龜獸。原本利用湖泊的有利地形，沙悟淨獸的降妖杖·滝之陣和降妖杖·渦紋之陣都能有效地攻擊玉兔獸。然而現在，迪路獸三人只能是一敗塗地。
就在玉兔獸大佔上風之時，它卻奇怪地沉入了湖水中。然後湯島浩的感覺應驗了——龐大的基路比獸從湖面緩緩升起。當它靜靜懸浮在湖面之上時，一左一右出現的身影立時讓八神嘉兒四人感受到了什麼叫做「絕望」。