「你就是這麼歡迎老朋友的嗎？」許久未曾現身的新種惡魔獸帶著嗜血的笑容說道。
倒掉在鐵桿上的一排蝙蝠中忽然有一隻蝙蝠睜開了眼，放出血紅血紅的光。「朋友？你是在羞辱我嗎？你以為你已經可以無所畏懼的站在我面前了嗎？」
對方冷漠的話語無法讓新種惡魔獸產生絲毫動搖。「噢不用那麼生氣，貝利亞吸血魔獸！我只是充當一個傳話人罷了，你需要積蓄力量，不是嗎？損耗在我身上可不值得！」
「是什麼給了你底氣？」貝利亞吸血魔獸藉著這隻小蝙蝠的身體問道。
「阿戈斯獸！」新種惡魔獸優雅道，「它是一個很特別的傢伙，我覺得你和它合作之後可以非常有效的控制所有人類！獲得……無與倫比的力量！」
「哦？！」貝利亞吸血魔獸在思考權衡，「詳細說說」
……
第二天，陽光照常遍灑大地。也就是在這一天，一個叫做龍野劍的少年第一次接觸了數碼獸對戰終端。他被好友透拉到街邊的遊藝廳裡參加網路對戰，恰好被華原翔看到。
他們本是小時候的朋友，但此時的華原翔正因為第一次任務即被加門健太郎擊敗而生著悶氣，於是誤以為龍野劍是在用網路對戰來泡女生，急需發洩的華原翔於是冷笑著走入了另一家遊藝廳……
在網路遊戲的世界裡，龍野劍帶著他培育的暴龍獸在長著兔子耳朵實際上卻是個顯示屏的嚮導獸帶領下進入魔神城逛了起來，隨後遇到了一同進入遊戲的北島亞美，也發現了北島亞美的搭檔比滋獸胸前的mu端子。
北島亞美認為這可能是新手標誌之類的東西。這時旁邊出現了一個神秘人告訴他們，這個mu端子表示這隻比滋獸是「變異種」、「特異體」。被嚇一跳的龍野劍以為這是遊戲安排好的增強氣氛的環節就沒有在意。然後進入對戰擂臺。
所有的對戰擂臺都漂浮在空中，有上有下，相距數千米的距離。擂臺由一個圓盤形的戰鬥場地和兩塊觀眾席構成。龍野劍是一個學校足球隊的主力，也是一名非常優秀的馴獸師，暴龍獸在他的指揮下連連取得勝利。但就在此時，傳說中的駭客馴獸師出現了！網路bbs上盛傳的駭客馴獸師黑騎士knight，突然闖入競技場進行無視規則的對戰，敗者的數碼獸將變成資料垃圾！
來者正是華原翔，他的啄木鳥獸亦具有mu端子，暴龍獸完全不是強大的變異種的對手，被打得奄奄一息。若不是龍野劍絞盡腦汁想出了各種戰術，恐怕連稍稍抵擋都辦不到。儘管如此，在啄木鳥獸那帶出殘像的高速千重喙（thousandbeak）面前，暴龍獸也毫無反抗之力。最終被啄木鳥獸的螺旋爪（spiralclaw）貫穿……
披著斗篷的神秘人眼見如此，終於認可了龍野劍的潛力，於關鍵時刻拋來一枚六邊形的標記——mu端子，龍族數碼記憶體！
數碼記憶體的力量救下了暴龍獸的命，卻也暴露了神秘人的身份。它正是從光之城逃出來的妖精獸！一直被削除部隊追捕，為了重建光之城，也為了對抗覬覦數碼記憶體的魔王巴爾巴獸，它進入網路遊戲的世界尋找新的被選召的孩子！
「是你！？妖精獸！」一身金色鎧甲遮住面容的黑騎士knight驚呼，隨即命令啄木鳥獸發動攻擊——苦無雨！
這些苦無不僅有攻擊的作用，更能將華原翔編寫的病毒程式佈置在擂臺各處，一經發動，便能將整個擂臺分解成資料垃圾！
妖精獸無意與knight僵持，它發動強制傳送transfer將龍野劍和北島亞美帶入了數碼世界。
兩人的失蹤讓透嚇壞了，警察經過調查後，這件案子很快被轉到了網路管理局山木滿雄手中。
「可惡！這些數碼獸又在活動了嗎？」山木滿雄皺眉，心下陣陣憤然，「我的希波絲系統已經成熟，可是面對這些能夠在網路世界自由來去的傢伙還是不行，必須建立強有力的防禦體系……」
在山木滿雄的苦思冥想下，他還真的找到了辦法，一年後，他聯合歐洲dats與美國51區，將網路世界的根基——13臺根伺服器，改造成了強大的
這13臺根伺服器中1臺為主根伺服器，12輔根伺服器。其中9臺在美國，2臺在歐洲，1臺在日本。它們控制著全球網際網路域名體系和ip地址的管理，因此可對網路世界進行全覆蓋式的防護，甚至網路管理局以此為跳板可對數碼世界進行一定程度的攻擊。
然而煩心的事情並沒有結束，山木滿雄很快又收到訊息，那些受到嚴密監視的被選召的孩子又消失了！
呃～我為什麼要說「又」呢？