千年獸的事情暫告一段落，陸峰開始考慮要不要把基地的重心轉到鋼鐵之島來，因為很明顯，數碼世界belldandy層就要遭遇一次人類與數碼獸的大規模衝突，而且今後還會被基路比獸和六翅獸拆一遍，實在太危險了。urd層或許更加安全。但權衡再三後，陸峰放棄了這個想法。他的朋友、聲名、地位都在belldandy層，這就已經決定了他的主要精力將放在這裡。而urd層只能是作為狡兔三窟的後備。
和上次一樣，urd層的異變並沒有引起人類世界的注意。日本政府的兩派則在激烈鬥爭當中。解散dats後，羽柴長官已經任命倉田明宏負責數碼獸相關事件的負責人。儘管薩摩廉太郎想機密省申訴，據理力爭，也無濟於事。因為他們本來就是個民間科學家組織，還是個不太聽話的組織。而對於機密省來說，像警察一樣收拾殘局哪裡比得上入侵新世界來得功勞大，有所偏向性，理所當然。
而藤枝淑乃的迴歸帶來了人類在屠殺數碼獸的訊息，大門大他們這才明白為什麼墨丘利獸那些數碼獸會對人類的態度那麼惡劣，對墨丘利獸帶走比丘獸的怨恨減輕了許多。
但是緊隨著藤枝淑乃的就是神志不清正在茫然找尋大門知香的亞古拉獸，把大門大打蒙了，也是這一次引出了亞古獸s進化為完全體的契機。
在此之後，數碼特搜隊的隊員們意見發生了分歧，薩摩廉太郎、大門大都對人類屠殺數碼獸表示了質疑，而藤枝淑乃則堅信。
「這其中會不會有什麼誤會？也不然我們兩邊都求證一下。」白川惠的提議緩和了氣氛。托馬也認為這是個不錯的主意。
「我去暗中調查那個羽柴！」藤枝淑乃首先道。
「那我就去問一問那個墨丘利獸！」大門大捏了捏拳頭。
「那麼就由大、托馬前往數碼世界向墨丘利獸求證；淑乃和小惠、美樹去向機密省詢問！」薩摩廉太郎做出了最後決定。
「是！」眾人一聽就要各自開始行動。
「等等！」薩摩廉太郎叫住了藤枝淑乃：「注意方式方法……還有，要小心！」
「嗯！」得到隊長的特別關照，藤枝淑乃幹勁更足了。
而咋聽到dats解散的武之內素娜這時也回到了dats基地，然後被藤枝淑乃拉進了隊伍。
而當所有人都離開基地後，薩摩廉太郎才露出了憂慮的表情。掏出口袋裡的電話，撥出一個號碼：「是湯島嗎……」
成功避過世界樹的耳目逃回人類世界的管狐獸扭頭道：「這次的事件恐怕很難善了，如果托馬他們在數碼世界的行動不順，就讓他們去鋼鐵蒼穹吧。」
薩摩廉太郎疑惑道：「鋼鐵蒼穹？」儘管他和管狐獸是搭檔，但卻並沒有得到多少數碼世界的的內幕訊息。
「啊，如果報上那個名字的話，或許會有幫助。」
第二天，做好了充分準備的大門大和托馬踏入傳送器進入了數碼世界belldandy層，而藤枝淑乃四女也站到了政府大樓下……
和動畫一樣，托馬和大門大直接出現在距離無限冰壁不遠的森林中，然後晚一步到達的食物、信標裝置、通訊工具、計時工具全都被野口鬱人一擊成灰。
「野口鬱人？自稱‘數碼獸’的人類小孩，有意思！」對大門大這個主角的行蹤，陸峰可謂是十分關切，因為這關係到劇情的走向，誰讓陸峰沒看過第五部呢。
而野口鬱人與大門大、托馬的戰鬥讓陸峰產生了一個想法……
「分子獸，做得很不錯！」陸峰對大螢幕下操作的部下讚賞道。也許是因為對那隻變異太陽獸的忌妒，也許是沒能被選上進入人類世界獨當一面，留在鋼鐵之島的一隻齒輪獸「知恥而後勇」地進化成了分子獸！於是，被帶到了鋼鐵蒼穹上擔任重建工作的總負責人。