一聲輕微的震響傳遍整個數碼世界，在無數數碼寶貝震驚的目光中，那座看似高不可攀，代表著黑暗四天王無上權勢的黑暗龍捲山中間忽然鼓出了一個大包，像是有著什麼東西就要膨脹衝出來。
慢慢的，黑暗龍捲山被脹成了一個畸形的球體。球體越來越大，越來越大，終於，黑暗龍捲山撐不住了，被「啪」得一聲漲破，彷彿爛西瓜一樣爆開。一時間，山搖地動，森林移位，城市毀滅，海嘯滔天……
黑暗龍捲山折斷了！
無數的地塊紛紛落下，每一塊至少有島嶼大笑，甚至有大陸就這麼雨點似的掉下來，比之黑暗龍捲山建立的時候還要危險，猶如世界末日，天崩地裂，場面異常可怖。
「這是怎麼了！？」躲在巨鯨獸那裡的孩子們也看到了這驚人的變化，在海中即是是巨大無匹的改造巨鯨獸也不過是一葉扁舟，在前所未有的大海嘯面前艱難掙扎。
「無論發生了什麼，數碼世界有大麻煩了！」巨鯨獸驚呼。
「哈哈哈哈哈啊哈…………」熄滅的火牆後面，分子獸還在笑著，多年的夙願達成。它期待地看著從火牆另一邊緩慢現身的存在——由大量進化中消失的數碼寶貝的怨念和人消極的思考所產生的怪物——啟示錄獸！！
分子獸討厭秩序，追求著世界混亂。本來是猩猩獸的手下，曾被黑暗四天王騙去創造了黑暗龍捲山。所以實際上，現在這座黑暗龍捲山也可以算作是分子獸的手筆，但他對黑暗四天王卻非常不滿。
因為黑暗四天王雖然可以是邪惡方，但他們建立黑暗龍捲山，劃分勢力範圍其實是為了更好的統治，實際上還是透過支配讓世界秩序化了，只不過這秩序不是如神聖天使獸、天女獸它們認可的黑暗秩序。這讓追求世界混亂的分子獸十分不滿，甚至對黑暗龍捲山的建立而感到屈辱！
所以它欺騙八神太一他們幫他修復自己，然後假意臣服於巴古拉獸，暗中入侵火之壁。並且在陸鋒打過來的時候抓住機會進行最後的發動，終於成功地接解除了火牆！
於是，啟示錄獸降臨了！
與八神太一等人，與陸鋒相比，其實這個世上最不想啟示錄獸降臨的就要屬黑暗四天王了，這其中大有緣由。
自人類世界出現了能與數碼寶貝產生特殊聯絡的特質，比如勇氣、愛心、知識等等之後，曾有數批被選召的孩子前來拯救數碼世界於危難，啟示錄獸早就是這危機的源頭之一，只不過當時的孩子們與搭檔的數碼寶貝數量不足，無法完全將其封印，因此選召孩子的搭檔數碼獸進化成了四聖獸，自願擔任起保護數碼世界的責任。
（這裡的四聖獸與第四部裡的四聖獸概念略有區別。第四部裡的四聖獸是天生地養的神明一流，但是已經被光明獸封印，而這裡的四聖獸雖然是數碼寶貝進化而來，卻也取得了與最初四聖獸幾乎相同的地位，也算得上是數碼世界的神了。）
四聖獸創造了《數碼獸啟示錄》，這樣的預言書遺留警喻後世那之後的現在。啟示錄獸的名字就來源於此。以支配世界為目標的黑暗四天王看到了《數碼啟示錄》（當然，玄內老人也看到了），於是利用分子獸設計了黑暗龍捲山。（所以實際上黑暗龍捲山除了將黑暗播撒全世界外，最重要的功能其實是輔助火牆，抵擋啟示錄獸）並與四聖獸戰鬥。
後來最終千年獸在時間長河中來回衝殺，它的力量超越時空影響了火牆，啟示錄獸趁虛而入，意念跨過火之壁，讓黑暗四天王在無意識間被植入了對「進化」否定的想法。黑暗四天王在直到最後也沒察覺到的狀況下，建設了黑暗螺旋山，破壞了開始之街的機能，將數碼世界的「進化」給奪走了。
因此黑暗四天王不但不是啟示錄獸的部下，反而雙方的立場完全相反！黑暗四天王只是想要建立黑暗的新秩序，啟示錄獸卻想把悲傷灑遍全世界，讓整個世界化為一片黑暗。這也是為什麼動畫裡，黑暗龍捲山一垮，大片黑暗就席捲整個數碼世界，讓一切都消失的緣故。黑暗龍捲山才是阻擋啟示錄獸的核心啊！
因此當黑暗四天王此時看到黑暗龍捲山崩塌，無盡黑暗噴湧而出的時候，鋼鐵海龍獸連被選召的孩子都顧不上了。四位黑暗掌門人齊聚黑暗龍捲山山頂，面色鐵青。
天空消失了，大地消失了，光明消失了。天地間一片黑暗，只有暗淡的背景發出一點微光，彷彿死寂的宇宙。
宇宙之內，唯有黑黝黝的半截黑暗龍捲山還在屹立，雖然中間開出大洞，卻始終不倒，足可見分子獸的強悍之處。這也是為何它會感到羞辱的原因，明明期盼著世界混亂，卻被誆騙來設計了這種阻擋它夢想的東西，它當然感覺羞辱！
空寂的宇宙中，一個莫名的黑色六方體悄悄出現。分子獸狂熱地看著這一幕，那六方體緩緩開啟，表面凸起，伸出數條鋼爪，那鏈條不是一般金屬，而是如同人類的dna一般是雙螺旋的結構，表明其蘊含有不一般的資訊。
六方體的正上方，一個渾身裹在黑袍中的人影出現，甫一齣現，便展現了強大的氣息。
「等待了多久了，終於又能……又能踏足這個世界了……」啟示錄獸張開細長的雙臂感嘆道。
「太好了，太好了！你就是能夠給這個世界帶來無盡混亂的啟示錄獸嗎？」分子獸拖著殘軀走上了這片宇宙。
「是你開啟了火牆？」啟示錄獸終於主意到了分子獸，「你要死了。」
分子獸狂熱地朝著啟示錄獸走去。
「和我融為一體吧。」啟示錄獸張開雙手，形成一片恐怖的黑洞，強大的吸力瞬間將分子獸吸了進去。分子獸卻彷彿毫無所覺，甚至最後它還稱呼了啟示錄獸一聲「同志」！