帶土本來因他以佐助為目標而想拒絕他。但兜在黑絕的幫助下找到了宇智波斑的屍體並穢土轉生，最後帶土被迫同意。
交換條件是戰爭結果出爐前不能與佐助碰面，以及必須接受帶土的監視。由於兜對轉生者的束縛力不夠，於是綁架前來偵查御手洗紅豆，並吸收她身上咒印的大蛇丸查克拉以強化控制力。
其後，藥師兜與宇智波佐助及用別天神擺脫穢土轉生的宇智波鼬交戰，兜在交戰後被伊邪那美擊敗後，被宇智波鼬用幻術控制解除穢土轉生，除了宇智波斑之外，所有被穢土轉生的靈魂都已解除穢土轉生。
但是宇智波斑知道如何脫離穢土轉生的控制，在穢土轉生即將解除之際，終止了與轉生者之間的通靈契約，才得以繼續留在戰場，隨後以解邪法印重生的大蛇丸解除了兜的仙人模式，取回自己的查克拉後與鷹小隊同行。
兜最終重拾自我，終於脫離了鼬的伊邪那美，以仙人模式出現在戰場，在二代火影的幫助下，用醫療忍術搶救瀕死的佐助，讓佐助能夠再戰宇智波斑。
斑開啟無限月讀以後，兜連同其他人一起中了此術並被神樹纏繞。
最終木葉原第七班結束了第四次忍界大戰，無限月讀被解除，包括兜在內的所有人終於重獲自由。
由於兜已醒悟，並且曾在第四次忍界大戰中搶救佐助，間接帶來忍界大戰的勝利，所以不用再被列入叛忍名單中。
兜與兒時的夥伴烏魯西一同在木葉開設了孤兒院，並擔任院長，重興當年養母的舊業。
鳴人等人返回木葉後，將帶回的一眾克隆人「宇智波信」託付給了兜。
但是，如今卻完全不同。
原本發動第四次忍界大戰的藥師兜，卻成了木葉的一員，堅定了保持著「火之意志」！
而且在千葉、大蛇丸、藥師野乃宇的培養下，實力突飛猛進。實力達到準影，甚至半隻腳踏入準影的境界。
比之旗木卡卡西還要強悍三分。
大蛇丸曾言，藥師兜可是比卡卡西還要天才三分的忍者。這句話從任何的忍者說出來，都不一定可信，但是在天才的大蛇丸嘴裡說出來完全不一樣。
不過，低調的藥師兜，卻沒有到處張揚，繼承了他母親藥師野乃宇善良和低調的性格。
如今的藥師兜不禁學會了龍地洞的仙人模式，藥師野乃宇的醫療忍術，甚至千葉和綱手的部分忍術都是學了過去。當然穢土轉生之術，千葉也是毫不保留的教給了藥師兜。
藥師兜對於千葉的信任，十分的激動，在他心目中，除了母親藥師野乃宇之外，最為重要的人就是宇智波千葉，甚至比他的科研大蛇丸的地位還要高。
千葉對於藥師兜的忠心也是十分的滿意，把迪達拉、山椒魚半藏、團藏的轉生的機會交給了他。
至於山椒魚半藏還是團藏的轉生者，千葉讓藥師兜轉生了團藏，然後再讓團藏解除山椒魚半藏的穢土轉生之術，極其簡單的就完成了這件事。