蕭何輔助呂后，誅殺韓信，很符合漢帝「固根基」的方略，是為劉邦除去了一塊心病。劉邦對蕭何更加恩寵，加封五千戶。這就是後來人們常說的「成也蕭何，敗也蕭何」一語的由來。
自汙名節以釋君疑
蕭何計誅韓信後，劉邦對他更加恩寵，除對蕭何加封外，還派了一名都尉率500名兵士作相國的護衛，真是封邑進爵，聖眷日隆。眾賓客紛紛道賀，喜氣盈庭。蕭何也非常高興。這天，蕭何在府中擺酒席慶賀，喜氣洋洋。突然有一個名叫召平的門客，卻身著素衣白履，昂然進來弔喪。蕭何見狀大怒道：「你喝醉了嗎？」
這位名叫召平的人，原是秦朝的東陵侯。秦亡後隱居郭外家中種瓜，味極甘美，時人故號東陵瓜。蕭何入關，聞知賢名，招至幕下，每有行事，便找他計議，獲益匪淺。今天，他見蕭何仍未領會他的意思，便說：「公勿喜樂，從此後患無窮矣！」蕭何不解，問道：「我進位丞相，寵眷逾分，且我遇事小心謹慎，未敢稍有疏虞，君何出此言？」召平說道：「主上南征北伐，親冒矢石。而公安居都中，不與戰陣，反得加封食邑，我揣度主上之意，恐在疑公。公不見淮陰侯韓信的下場嗎？」蕭何一聽，恍然大悟，猛然驚出一身冷汗。第二天早晨，蕭何便急匆匆入朝面聖，力辭封邑，並拿出許多家財，撥入國庫，移作軍需。漢帝劉邦十分高興，獎勵有加。
劉邦親自率兵征討。他身在前方，每次蕭何派人輸送軍糧到前方時，劉邦都要問：「蕭相國在長安做什麼？」使者回答，蕭相國愛民如子，除辦軍需以外，無非是做些安撫、體恤百姓的事。劉邦聽後，總是默不作聲。來使回報蕭何，蕭何亦未識漢帝何意。一日，蕭何偶爾問及門客，一門客說：「公不久要滿門抄斬了。」蕭何大駭，忙問其故。那門客接著說：「公位到百官之首，還有什麼職位可以再封給你呢？況且您一入關就深得百姓的愛戴，到現在已經十多年了，百姓都擁護您，您還再想盡方法為民辦事，以此安撫百姓。現在皇上所以幾次問您的起居動向，就是害怕您藉助關中的民望有什麼不軌行動啊!試想，一旦您乘虛號召，閉關自守，豈非將皇上置於進不能戰，退無可歸的境地？如今您何不賤價強買民間田宅，故意讓百姓罵您、怨恨您，製造些壞名聲，這樣皇上一看您也不得民心了，才會對您放心。」蕭何長嘆一聲，說：「我怎麼能去剝削百姓，做貪官汙吏呢！」門客說：「您真是對別人明白，對自己糊塗啊!」
蕭何何嘗不明白，對於一般的小官吏，漢帝並不怕他們有野心。所以一有貪贓枉法行為，必遭嚴懲。對於自己這樣的大臣，漢帝主要是防止他們有野心，對於貪贓枉法那些小事，反不足輕重了。為了釋去主上的疑忌，保全自己，蕭何不得已違心地做些侵奪民間財物的壞事來自汙名節。不久，蕭何的所作所為就被人密報給了劉邦。果然，劉邦聽後，像沒有發生什麼事一樣，並不查問。當劉邦從前線凱旋歸來時，百姓攔路上書，控告蕭相國強奪、賤買民間田宅，價值數千萬。
劉邦回到長安後，蕭何去見他時，劉邦笑著把百姓的上書交給蕭何，意味深長地說：「你身為相國，竟然也和百姓爭利！你就是這樣「利民」啊？你自己向百姓謝罪去吧!」劉邦表面上讓蕭何向百姓認錯，補償田價，可內心裡卻暗自高興，對蕭何的懷疑也逐漸消失。鎮國家、撫百姓的蕭何，違心地幹了侵害百姓利益的事情，心中很不安，總想找機會補償百姓。不久，蕭何看到長安一帶耕地狹小，百姓缺衣少食，可是天子的上林苑中卻有許多閒著的荒地用來放養禽獸。蕭何覺得太浪費了，便上奏請皇上把這些荒地分給百姓去耕種，收了莊稼留下禾杆照樣可以供養禽獸。漢帝劉邦當時正在病中，見此奏章，又恨蕭何取悅於民，一怒之下，下令將蕭何逮捕入獄。滿朝文武以為蕭何必犯了大逆不道之罪，怕連累自己，都不敢替他申辯。幸虧有一個名叫王衛尉的人，平日素敬蕭何的為人，在侍衛劉邦時順便向劉邦探問：「蕭相國犯了什麼大罪？」劉邦餘怒未消，道：「休要提他？提起他朕就生氣。當年李斯為秦相時，做了好事都歸君主，出了差錯就攬在自己身上。現在蕭何受了商人的許多賄賂，竟要求我開放上林苑給百姓耕種，這分明是想取悅於民，自己得個好名聲嗎？不知道把我看成是什麼樣的君主了！」王衛尉聞言奏道：「陛下未免錯疑丞相了。臣聞百姓足，君孰與不足，相國為民興利，化無益為有益，正是丞相調和鼎鼐應做的職務。民間百姓感激，斷不會感激丞相一人，因為有這樣的良相，必是賢明之君主選用的。還有一層，丞相如有野心，當年陛下在外征戰數年，他那時候不費吹灰之力便可坐據關中，何至反以區區御苑，示好百姓，而去收買人心呢？」王衛尉見漢帝認真在聽，頓了一下，繼續說道：「前秦滅亡，正因君臣猜忌，才給了陛下機會。陛下若疑忌蕭丞相，不但淺視了蕭何，也看輕了陛下自己呀。」劉邦聽了，心裡雖然不大高興，但想想王衛尉的話畢竟有些道理，於是揮揮手，當天就命人放了蕭何。
開恩釋放謹慎恭敬
蕭何當時已是60多歲的老人了，見劉邦開恩釋放了他，更是誠惶誠恐，謹慎恭敬。雖然因為全身帶上刑具，害得他手足麻木，連路都快走不動了，而且蓬頭赤足，汙穢不堪，但又不敢回府沐浴再朝拜天子，只得這樣上殿謝恩。劉邦見蕭何如此狼狽，也覺得有些過意不去，便安撫蕭何道：「相國不必多禮!這次的事，原是相國為民請願，我不允許。我不過是夏桀、商紂那樣的無道天子罷了，而你卻是個賢德的丞相。我之所以關押相國，就是要讓百姓知道你的賢能和我的過失啊！」劉邦的這段話雖然言不由衷，但對蕭何的廉政為民，終於還是預設了。從此以後，蕭何對劉邦更是誠惶誠恐，恭謹有加了。劉邦也照例以禮相待，但蕭何從此對國事就只能保持沉默了。
鞠躬盡瘁死而後已
漢十二年（西元前195年）四月二十五日，漢高祖劉邦病逝於長樂宮，享年62歲。同年，太子劉盈即位，是為惠帝。蕭何繼任丞相。不過這時，蕭何年事已高。這期間，蕭何在「約法三章」的基礎上，參照秦法，摘取其中合乎當時社會情況的內容，制定了律法共九章。這是漢朝製作律令的開端。蕭何制定的漢律九章，刪除了秦法的苛繁、嚴酷，使法令更為明簡。西元前193年，年邁的相國蕭何，由於常年為漢室操勞，終於臥病不起。病危之際，漢惠帝親自前往探望，並趁機詢問：「丞相百年之後，誰可代之？」接著惠帝又問：「曹參如何？」蕭何聽了，竟掙扎起病體，向惠帝叩頭，道：「陛下能得到曹參為相，我蕭何即使死了，也沒有什麼遺恨了!」諡文終侯。娶妻同氏，封一品夫人，生子二，長子蕭祿，次子蕭延。
蕭何死後，曹參繼任丞相，一切公務悉照舊章，照例而行，清靜治民，樂在其中。長此以往，一些朝臣便在惠帝面前參奏他，惠帝也疑心他倚老賣老，便召見曹參問其緣故。曹參反問惠帝道：「陛下自思聖叨英武，能及先帝嗎？」惠帝被問得漲紅了臉，答道：「朕年未成冠，且無閱歷，如何及得先帝！」曹參又問：「陛下視臣及得蕭丞相嗎？」「朕看來似乎也不能及。」惠帝答道。「陛下說的正是!伏思先帝以布衣起家，南征北討，方有天下。若非大智慧，大勇毅，焉能至此。蕭丞相明訂法令，中具規模，行之已久，萬民稱頌。今陛下用臣為相，只要能夠奉公守法，遵照舊章，能繼舊業，已屬幸事。若自作聰明；推翻成法，必致上下紊亂，恐欲再求今日之太平，已無可得矣！」惠帝恍然大悟。這就是成語「蕭規曹隨」的來歷。就這樣，曹參位相3年，極力主張清靜無為不擾民，遵照．蕭何制定好的法規治理國家，使西漢政治穩定、經濟發展，人民生活日漸提高。
漢王五年，已經殺死了項羽，平定了天下，論功行賞，群臣爭功，過了一年多也評定不下來。高祖因為蕭何功勞最大，把他封為酇侯，得到的領地最多。功臣們都說：「我們親自身披鎧甲，手執兵器，多的打過一百多次仗，少的也經歷了幾十次戰鬥，攻城野戰，奪取地盤，功勞有大有小。現在蕭何沒有汗馬之勞，只是靠文字寫作，提點建議，不參加作戰，反而比我們得的封地多，這是為什麼？」高祖說：「各位知道打獵嗎？」大家說：「知道。」高祖說：「知道獵狗的作用嗎？」大家說：「知道。」高祖說：「打獵的時候，追趕捕殺野獸兔子靠的是狗，但發現野獸蹤跡，向狗指示野獸所在之處的卻是人。現在你們各位只能捉到奔跑著的野獸，功勞的性質和獵狗相當，至於蕭何，他能發現蹤跡，指示方向，功勞的性質和獵人相當。況且你們只是自己跟隨著我，多的一家有兩三個人。現在蕭何全家族幾十個人都跟著我，他的功績是不能忘掉的。」大家都沒有人敢說話了。
列侯們全都接受了封賞，在排列他們地位的先後時，大家都說：「平陽侯曹參身上負過七十處傷，攻城野戰，奪取地盤，功勞最多，應當排第一。」高祖已經對功臣們力排眾議，多封給了蕭何領地，到排列地位先後時，沒有理由再駁倒他們，但心裡還是想排蕭何為第一。關內侯鄂千秋上前說：「大家的意見都不對。曹參雖然有攻城野戰奪取地盤的功勞，這只是暫時得利的事情。皇上和楚國對抗五年，經常損失軍隊，幾次隻身逃走，但蕭何經常從關中派軍隊前往皇上所在的地方補充，沒有皇上的命令徵調，卻多次有幾萬軍隊在皇上兵力匱乏時到來。楚、漢雙方在滎陽對峙了好幾年，軍隊沒有現成的糧食，蕭何在關中通過水路和陸路運送，供給糧食，不使前線缺糧。皇上雖然多次失去了崤山以東地區，蕭何經常保全關中等候著皇上，這是千秋萬代的功業。現在即使少了曹參這樣的人幾百個，對漢朝來講有什麼損失？漢朝有了他們，也不一定就非靠他們才能成功。怎麼能讓一時的功績凌駕於千秋萬代的功績之上呢？蕭何應當排第一，曹參排第二。」高祖說：「對。」於是便讓蕭何排第一，容許他帶著劍穿著鞋上殿，拜見皇帝時可以不快步行走。
高祖說：「我聽說推舉賢人應該受重賞。蕭何功勞雖然高，由於有了鄂君的評說，大家才更加認識清楚。」於是就在鄂千秋原來享有的關內侯封地的基礎上封他為安平侯。這天，高祖對蕭何的父子兄弟十幾個人都予以封賞，每人都有封地。又給蕭何加封了兩千戶領地，因為高祖以前到咸陽服徭役時，只有蕭何送自己的禮錢比別人多了兩枚。
漢高祖十一年，陳豨造反，高祖親自率兵到邯鄲鎮壓，叛亂還沒有平息，淮陰侯韓信在關中謀反，呂后採納了蕭何的計謀，誅殺了韓信，詳細情況記載在《淮陰侯列傳》中。高祖聽到韓信被誅殺的訊息後，派使者任命丞相蕭何為相國，加封給他五千戶領地，命令一名都尉率領五百士兵作為相國的衛隊。人們都向蕭何慶賀，只有召平來向他表示哀弔。召平是原來秦國的東陵侯，秦朝滅亡後，他成為平民，家裡貧窮，在長安城東種瓜，他的瓜很甜美，所以民間稱為「東陵瓜」，是根據召平而得名的。召平對蕭何說：「災禍從此要降臨了。皇上在外風餐露露宿，你在朝廷留守，沒有冒著矢石去作戰，卻加封給你領地，又為你設立衛隊，這是因為淮陰侯剛在京城謀反，皇上對你也不放心了。他設立衛隊保護你，並不是要用這種方式來給你增加榮耀。希望你讓出封地不要接受，把全部私有財產都拿出來贊助軍費，皇上心裡就高興了。」蕭何聽從了他的建議，高祖這才非常高興了。
高祖十二年秋天，黥布造反，高祖親自率兵去鎮壓，多次派使者回來問相國在做些什麼。蕭何因為高祖在軍隊中，便像平息陳豨叛亂時一樣，安撫勉勵百姓，拿出所有的財物供應軍需。有個客人對他說：「你被滅族的時間不會很長了。你的地位是相國，功勞第一，還能再給你加官晉級嗎？而你從剛入關中起就得到百姓的擁護，十多年了，百姓都歸附你，你卻還在努力地得百姓的好感。皇上多次派人來問你的情況，是怕你顛覆關中。你現在為什麼不多買田地，用低的價錢強行向人賒借，用這些方法毀壞自己的名譽，皇上才能對你放心。」蕭何便聽從了他的主意，高祖這才十分高興起來。
高祖結束了討伐黥布的戰事回來，百姓們攔路上書告狀，說相國用低價強行購買百姓的土地房屋，價值幾千萬錢。高祖到達長安，蕭何前去拜見，高祖笑著說：「堂堂的相國居然向百姓漁利。」他把百姓的揭發信全都給了蕭何，對他說：「你自己去向百姓認錯吧。」蕭何便為百姓請求說：「長安地方狹小，上林苑中有很多空地，希望能允許百姓進去耕種，不要讓他們收走秸杆，留下來作為禽獸的飼料。」高祖非常生氣地說：「相國接受了商人的很多財物，倒來為他們向我要上林苑！」便把蕭何交給廷尉關押起來，給他戴上了鐐銬。過了幾天，有個姓王的衛尉陪著高祖，他上前問高祖說：「蕭相國犯了什麼大罪？皇上怎麼突然把他關起來了？」高祖說：「我聽說李斯輔佐秦始皇時，有好事便歸功於皇帝，有過失就自己承擔責任。現在相國拿了商販們的錢，卻為百姓向我要上林苑，用這個辦法討好百姓，所以我把他關起來治罪。」王衛尉說：「在職責範圍內的事，如果對百姓有利，相國向皇上請求，這真是宰相應該辦的事，皇上怎麼能懷疑相國是因為接受了商人的錢呢？況且皇上抗擊楚國好幾年，陳豨和黥布造反，皇上親自率兵去平息，在當時，蕭相國留守關中，只要動一下手腳，函谷關以西就不屬於皇上所有了。蕭相國不在這時候給自己謀利，現在反而會貪圖商人的錢嗎？並且秦朝皇帝因為聽不到人們議論自己的過失而失去了江山，李斯為皇帝分擔過錯的責任，又哪值得效法呢？皇上懷疑宰相的見識為什麼這樣短淺呢？」高祖聽了，心中不高興，這天，他派使者拿著符節放出了蕭何。蕭況年老，一向恭敬謹慎，光著腳向高祖陪罪。高祖說：「相國不必這樣，您為百姓請求上林苑，我不答應，我不過是像桀、紂一樣的君主，而相國是賢明的宰相。我故意將您關起來，是為了讓百姓知道我的過錯。」
蕭何一向和曹參不好，在他病重時，孝惠帝親自去探望他的病情，順便問他：「您如果百歲以後，誰可以接替您的職位呢？」他回答說：「沒有人比君主更瞭解大臣的。」孝惠帝說：「您看曹參怎麼樣？」蕭何叩著頭說：「皇上找到合適的人選了。我死了也不遺憾了。」
蕭何購置土地房屋總是選在偏僻的地方，建造住宅不修圍牆等，對人說：「後代人如果好，就效法我的簡樸，如果不成器，這種房屋也不會被有權勢的人家奪去。」孝惠帝二年，相國蕭何去世，諡號為文終侯。
蕭何有四代後人由於有罪而失去過世襲的爵位，每當斷線時，天子總是再尋找蕭何的其他後人，再封為酇侯，功臣中沒有人能比得上。
太史公說：「蕭何相國在秦朝時擔任文筆小官，庸庸碌碌，沒有突出的作為。在漢朝興起時，他依傍了天子的光輝。蕭何為漢朝謹守關中這一家底，利用百姓痛恨秦朝法令的情況，順應潮流，和他們一起革新政治。韓信、黥布等人都已經被誅殺，蕭何的功勳就顯得十分顯耀了。他位置處於群臣之首，聲望流傳後世，他的功業可以和周文王時的閎夭、散宜生等人比高低了。」