當時天下動亂，推舉孝廉的事停了下來。
不久，郡中有謀反的人。王脩聽說孔融有危難，連夜奔往孔融那裡。
賊寇剛剛起事時，孔融對左右的人說：「能冒著危難前來幫我的，只有王脩了。」話剛說完，王脩就到了。
後來王脩又任功曹。當時膠東多有賊寇，孔融又命王脩為膠東縣令。
膠東人公沙盧宗族強盛，自己設定營寨壕塹，不肯聽從官府的發派調遣。
王脩獨自帶領幾個人騎馬徑直闖進公沙盧家中，斬殺了公沙盧兄弟幾人，公沙氏族人震動驚愕，沒有人敢有舉動。
王脩安撫了其餘的人，自此賊寇逐漸止息。
孔融每次有了危難，王脩即使是在家裡休息歸養，沒有不馬上到的。孔融往往倚仗王脩得以免於禍患。
袁譚在青州時，徵召王脩為治中從事，別駕劉獻幾次誹謗誣陷王脩。
後來劉獻因事當判死罪，王脩審理這件案子，劉獻得以免於一死。當時人因此更加稱讚王脩。袁紹又徵召王脩任即墨縣令，後又任袁譚手下的別駕。
建安七年（202年），袁紹病死，因審配等偽立袁紹遺令，擁立袁尚為主，袁譚與袁尚漸生嫌隙。
到了建安八年（203年），袁譚和袁尚開始刀兵相向，雙方在黎陽外城城門交戰，袁譚戰敗，就率領部隊退回南皮。
王脩率領吏役百姓前往營救袁譚。袁譚高興地說：「成全我的部隊的人，就是王別駕啊！」
袁譚戰敗時，劉詢在漯陰起兵，各個城池都起來響應。
袁譚嘆息說：「現在全州都背叛了我，難道是因為我不講德行嗎？」
王脩說：「東萊太守管統雖遠在海外，但這人不會反叛，他一定會來。」
十幾天後，管統果然拋妻棄子來到袁譚這裡，妻兒被叛賊殺害。袁譚讓管統改任樂安太守。
袁譚又想進攻袁尚，王脩勸他說：「兄弟之間往復攻擊，這是走向失敗滅亡的道路啊！」袁譚不高興，但理解他的志向節操。
過後袁譚又問王脩：「有什麼計策可以使用？」
王脩說：「兄弟就像一個人的左右手。比如一個人將要與別人角鬥，卻砍斷了他的右手，反而說‘我一定能勝’，像這樣行嗎？拋棄了兄弟，不相親近，天下人還有誰能親近！
您的部下有進讒言的人，本來就在你們兄弟之間參與爭鬥，以求取有朝一日的利益，我願意明白地告訴使君：堵上耳朵不要聽他們的。
如能斬殺幾個奸佞的臣下，兄弟重新親近和睦，以抗禦四面八方的敵人，可以憑這個橫行天下。」袁譚沒有聽從。
袁尚又親自率兵攻打袁譚，袁譚迎戰大敗，環城堅守。
袁尚死命圍攻，袁譚逃往平原，並派辛毗去向曹操求救。
曹操攻破了冀州以後，袁譚又背叛了曹操。
曹操於是帶領軍隊在南皮進攻袁譚。王脩這時運送糧食正在樂安，聽說袁譚危急，率領他帶去計程車兵和屬下的從事一共幾十人，向袁譚那裡趕赴。
到了高密縣時，聽到袁譚已死的訊息，王脩下馬放聲大哭，說：「沒有您，我回到哪裡去啊？」
於是去了曹操那裡，請求讓他收葬袁譚的屍體。
曹操想要觀察王脩的誠意，沉默著一聲不吭。
王脩又說：「我曾受過袁氏的厚恩，如果讓我得以收殮袁譚屍體，然後讓我就死，我也不會後悔。」
曹操稱讚他的義氣，聽從了他。曹操讓王脩擔任督軍糧，返回樂安。
袁譚被擊破後，全州各個城池都服從了曹操，惟獨管統據守樂安，不願服從。
曹操命令王脩去取管統首級，王脩因為管統是亡國的忠臣，於是解開他的捆綁，讓他去見曹操。
曹操高興並且赦免了他。袁氏政令寬縱，在職的有權勢的人大多都積聚財物。
曹操攻破鄴城，查抄沒收審配等人的家財數以萬計。
待到攻破南皮縣，察看王脩家，糧谷不滿十斛，僅有書籍幾百卷。
曹操感嘆著說：「王脩作為士人真是名符其實。」於是禮聘王脩為司空掾，代理司金中郎將，遷為魏郡太守。