華佗經過數十年的醫療實踐，熟練地掌握了養生、方藥、針灸和手術等治療手段，精通內、外、婦、兒各科，臨證施治，診斷精確，方法簡捷，療效神速，被譽為「神醫」。
對此，《三國志》、《後漢書》中都有一段內容相仿的評述。
說他善於養生（「曉養性之術，時人以為年且百歲而貌有壯容」），用藥精當（「又精方藥，其療疾，合湯不過數種，心解分劑，不復稱量，煮熟便飲，語其節度，捨去輒愈」）。
針灸簡捷（「若當針，亦不過一、兩處，下針言，‘當引某許，若至，語人’，病者言‘已到’，‘應便拔針，病亦行差’」），手術神奇（「刳剖腹背，抽割積聚」、「斷腸滴洗」）。
所留醫案，《三國志》中有十六則，《華佗別傳》中五則，其他文獻中五則，共二十六則，在先秦和兩漢醫家中是較多的。
從其治療範圍看，內科病有熱性病、內臟病、精神病、肥胖病、寄生蟲病，屬於外、兒、婦科的疾病有外傷、腸癰、腫瘤、骨折、針誤、忌乳、死胎、小兒瀉痢等等。
他發明了麻沸散，開創了世界麻醉藥物的先例。歐美全身麻醉外科手術的記錄始於十八世紀初，比華佗晚一千六百餘年。《世界藥學史》指出阿拉伯人使用麻藥可能是由中國傳去，因為「中國名醫華佗最精此術」。
《隋書·經籍志》記有「華佗枕中灸刺經」一卷，已佚。《醫心方》所引《華佗針灸經》可能是該書的佚文，《太平聖惠方》引有「華佗明堂」之文。從現存佚文看，《華佗針灸經》所載腧穴名稱及定位均與《黃帝明堂經》有較大不同。
華佗首創用全身麻醉法施行外科手術，被後世尊之為「外科鼻祖」。他不但精通方藥，而且在針術和灸法上的造詣也十分令人欽佩。
華佗到處走訪了許多醫生，收集了一些有麻醉作用的藥物，經過多次不同配方的炮製，終於把麻醉藥試製成功，他又把麻醉藥和熱酒配製，使患者服下、失去知覺，再剖開腹腔、割除潰瘍，洗滌腐穢，用桑皮線縫合，塗上神膏，四五日除痛，一月間康復。
因此，華佗給它起了個名字——麻沸。
如果需要灸療，也不過一兩個穴位，病痛也就應手消除。
如果病患集結鬱積在體內，扎針吃藥的療效都不能奏效，應須剖開割除的，就飲服他配製的「麻沸散」，一會兒病人就如醉死一樣，毫無知覺，於是就開刀切除患處，取出結積物。
病患如果在腸中，就割除腸子病變部分，洗淨傷口和易感染部分，然後縫好腹部刀口，用藥膏敷上，四五天後，病就好了，不再疼痛。開刀時，病人自己並不感到疼痛，一個月之內，傷口便癒合復原了。[
他所使用的「麻沸散」是世界史最早的麻醉劑。華佗採用酒服「麻沸散」施行腹部手術，開創了全身麻醉手術的先例。這種全身麻醉手術，在中國醫學史上是空前的，在世界醫學史上也是罕見的創舉。
華佗在醫療體育方面也有著重要貢獻，華佗創編了一種鍛鍊方法，叫做「五禽戲」，一叫虎戲，二叫鹿戲，三叫熊戲，四叫猿戲，五叫鳥戲。
可以用來防治疾病，同時可使腿腳輕便利索，用來當作「氣功」。
身體不舒服時，就起來做其中一戲，流汗浸溼衣服後，接著在上面搽上爽身粉，身體便覺得輕鬆便捷，腹中想吃東西了。
他的學生吳普施行這種方法鍛鍊，活到九十多歲時，聽力和視力都很好，牙齒也完整牢固。
五禽戲是一套使全身肌肉和關節都能得到舒展的醫療體操。華佗認為「人體欲得勞動，……血脈流通，病不得生，譬如戶樞，終不朽也」。