在佔領據點的行動穩步推進的時候，李牧同時又做了另一件事。即，推翻倭國天皇之說，重塑倭國的政治體系。
其實在唐初，倭國的天皇之說，也就是剛剛出現不久。第一個提出天皇之說的人，正是山背大兄王的父親聖德太子，在他攝政倭國的時候，寫了一封國書給隋煬帝，國書中寫道「東天皇敬白西皇帝」，曾引起過隋煬帝的怒火。
同時，這位聖德太子還做了一件事情，堪稱是開啟了倭國弄虛作假之源頭。他為了讓後人接受天皇，創造皇權天授的法理性。借道教辛酉年之說，編排了「皇紀」。推古九年，辛酉年，聖德太子在斑鳩宮推行改革。因辛酉年每六十年出現一次，亦稱一輪。按道教的說法，每一輪辛酉年是發生變革之年。而第二十一輪的辛酉年則是發生徹底的大變革之年。於是，聖德太子以推古九年為as再往上推第二十一輪的辛酉年為倭國建國之年。規定該年的陰曆一月一日為神武天皇登極之日。按照這種推演算法，把皇統向前多推算了大約一千年。
在這一千年的空白中，倭國沒有任何的文字記載，為了填補這段空白，他又人為地安插了十餘位虛構的天皇。並且為每一位天皇，都編了年表故事，堪稱是老槍手了。聖德太子按照這種邏輯編修了倭國史。並且，燒燬了幾乎他能找到的所有民間史料，讓他編寫的歷史，成為後人唯一能找到的歷史依據。
但其實，倭國哪有那麼長的歷史真正有據可查的天皇，從第十五代應神天皇開始，才有實物。
應神天皇，有陵寢現存，史料也記載得相對完整。他有過開發池溝，興修過水利，大力發展農業。應神十六年，百濟人王仁攜帶論語10卷，千字文1捲來到倭國，漢字始傳入倭國。倭國開始使用漢字正式文書用漢字，且用漢字為日語注音。應神時代，對應中原的三國時期，大批的沿海百姓因戰亂沒有出路，這些人給倭國帶來先進的文化和生產技術，極大地促進了倭國的發展，也是在這個時候，倭國開始有意識地派遣人員來中原交流。
從三國末年到唐初，最多也不超過三百年的歷史。與泱泱華夏相比，可謂不值一提。
天皇之說，才出現不到一百年。即便在倭國，也沒有根深蒂固。大部分的倭國人，還是隻當自己是大和子民，而對天皇一說，並沒有十分在乎。
這也是李牧決心，推翻天皇之說的底氣。畢竟如果百姓已經認同了天皇之說，還是不好強行更改的，他想要殖民倭國，不能激起民憤是很重要的一點。
經過這麼多天的調查和研究，李牧總結出了不少的經驗。一個最明顯的表現就是，倭國人對天朝上國，還是非常買賬的。他們對中原有著無限的嚮往，任何跟中原沾邊的事兒，他們都心嚮往之。
有一些幾代之前遷居倭國的人，還會以祖上有中原血統而沾沾自喜。甚至不少投到山背大兄王陣營的人，他們根本就不是為了山背大兄王，而是為了站在他這邊的大唐。他們根本就不相信，憑藉蘇我氏父子，能夠跟天朝上國開戰。巨大的萬石船，帶來的視覺衝擊力，讓他們堅定不移地相信，天朝上國的實力是無限的。
在這一點上，後世的倭國也是沒什麼區別。
李牧便利用這一點，恩威並施。他給予親唐的倭國人上升的渠道，同時加深這種差距，保持兩國之間的代差。他給予倭國的技術和任何形式上的幫助，都是大唐的淘汰品。讓倭國人永遠保持對大唐的嚮往，固化這種概念，讓其根深蒂固。
另一邊，他也在法理上面開始動腦筋了。
他糾集倭國的學者，重新修訂倭國曆史。雖然民間的史料已經很難找到了，但是人還是找得到。其中不少人，甚至參與了當年聖德太子編纂倭國曆史的工作。畢竟聖德太子才死了沒有幾年，這些人活著也十分正常。
李牧對這些學者，給予了相當的尊重。他沒有像聖德太子一樣，強迫這些學者篡改史料，而是希望他們用嚴謹地態度，重新修訂倭國史。因為李牧心裡清楚，如果排除聖德太子造假的這些，倭國的歷史沒什麼稱道的地方，而且與中原王朝密切相關。
他找的這些學者，都是當年對聖德太子篡改歷史心存不滿的人。他們當年敢怒不敢言，現在有了李牧，有了大唐撐腰，一個個都憋著把被篡改的體無完膚的歷史修正過來的念頭，不用任何人督促，絲毫沒有半點怠慢。
很快，他們便把聖德太子嘔心瀝血創作出來的十幾個天皇都一一駁斥了，跟李牧記憶中一樣，把現在這一系天皇的歷史，縮短到了第十五代天皇，並且，對第十五代天皇的年齡重新修訂了。x
聖德太子編纂出來的歷史中，應神天皇活了一百一十歲，這在古代幾乎是不可能的歲數。訂正之後，這個年齡變成了六十九，雖然年紀也不小，但相對來說靠譜得多。
同時，他們深挖歷史。把應神天皇之前的倭國，稱之為古倭國。在他們的定義裡，古倭國是一個由大大小小數百個國家組成的聯合體。這也是有證據可尋的，有人見過，聖德太子有一枚印章，上面刻著五個字，漢委奴國王。而在李牧隨船攜帶的書籍中，找到了印證。
漢書地理志中記載：「樂浪海中有倭人，分為百餘國，以歲時來獻」。
後漢書東夷列傳「建武中元二年倭奴國奉貢朝賀，使人自稱大夫，光武賜以印綬。」