研人站在焚化爐前，迎接已被燒成白骨的父親。乳白色的骸骨散落在爐臺上，簡單而淒涼，向大家陳述著一個鐵一般的事實：此人已經離開這個世界。祖父母、伯父和母親小聲啜泣。這也是父親死後，研人第二次流下眼淚。
接下來舉行了頭七法事，送別父親的儀式全部結束。
次日早晨，研人被鬧鐘叫醒。他飛速吃過早餐，離開了厚木的老家。他必須返回研究生生活——居住在六疊大小的出租屋裡，整日按照副教授的指示重複枯燥的實驗。
在冰冷的空氣中，研人離開了三居室的住宅，不禁擔憂起孤身一人的母親。雖然當前外祖父母還住在家中，但他們走後那裡就只剩母親一人。身為兒子的研人，難以想象五十四歲就成寡婦的母親會有何種感受。
分別時，母親請求他「偶爾回來看看」，但他只是敷衍說「嗯，會的」，便匆匆前往厚木車站。
研人讀的東京文理大學位於靠近千葉縣的錦糸町，從神奈川縣看，那裡剛好在東京的另一頭。東京文理大學是一座擁有一萬五千名學生的綜合大學。步行十五分鐘就能到達最近的錦糸町車站，從車站朝東北方向走，便可看到一條名為「橫十間川」的運河。大學校園橫跨運河兩端，左側是理科院系，右側是文科院系。唯獨醫學院及大學附屬醫院孤零零地矗立在車站附近。學校已有九十年曆史，一直在修建新校舍。當年農學院的廣闊農田上，如今已密密麻麻地排列著學院的校舍。校園中的水泥路，以及水泥路兩側外觀不起眼的建築，都同東京的其他綜合大學一樣，給人以冷酷之感。
從老家出發，他要連續坐兩個小時電車才能到學校，有充足的時間考慮自己的未來。他開始憂慮家裡的經濟狀況。研人正在讀研二，已經決定繼續攻讀博士，所以沒去求職。因此，未來三年裡，他的學費和生活費都必須依靠母親。
學文科的一個朋友曾嘲笑他「啃老」，敦促他「自己去掙學費」，但這只是可以丟棄學業、耽於遊樂的文科生的幼稚想法。藥學院的所有課程幾乎都是必修科目，缺一個學分就無法畢業。通過藥劑師國家考試和畢業考試之後，學生還得天天泡在研究生院做實驗。其間的忙碌程度，已不能用「過分」形容，而是達到「超乎想象」的程度。平常從上午十點到深夜，研人都在藥物化學實驗室裡度過。理論上只有星期天和節假日可以休息，但實際上，他有半數節假日都要留在實驗室做實驗。他從未休過長假，即使是盂蘭盆節和元旦也頂多休息上五天。考上大學後，他必須過九年這樣的生活，才能獲得博士學位，完全沒精力打工掙學費。
要是放在一個月前，自己還趕得上求職活動的末班車，研人不禁抱怨起來。自己到底該何去何從？他之所以打算攻讀博士，並不是因為熱愛研究工作，只是沒有下定決心踏入社會。相反，入學之後，研人一直心裡犯嘀咕：自己是不是選錯了人生道路？他從未覺得藥學和有機合成有趣，只是因為別的也幹不了，只好繼續沿原路走下去。可以預見，倘若自己再這樣過上二十年，註定會像他父親那樣，研究冷門的學科，淪為不入流的研究者。
到達大學，從理工學院後門進入藥學院研究大樓，研人的腳步越來越沉重。他意識到，自己走得越慢，就越覺得自己沒用，於是索性加快了步伐。
登上鋪著亞麻油毯的狹窄樓梯，研人來到三樓的「園田實驗室」。在走廊上開啟門，門後是一段較短的走廊。走廊兩側是放儲物櫃的小房間和會議室，走廊盡頭是教授室，盡頭的左側便是實驗室。
研人將羽絨服放入儲物櫃，換上平日的打扮——牛仔褲配運動服——朝教授室望去。敞開的大門內，繫著領帶的園田教授正在工作。
園田從桌面的檔案上抬起頭，看到研人，立刻露出擔憂的表情。教授即將年屆六十，平常總是以與其年齡不相稱的活力鞭策研究生們，但此刻卻一臉沉痛。
「節哀順變。你的心情好些了嗎？」園田問。
「嗯。」研人點頭，向教授為父親葬禮送花致謝。
「雖然沒見過你父親，但畢竟是同行，我是真心感到哀痛。」
研人對導師的弔唁深為感動。園田本來在大型製藥公司工作，是成功開發出多款新藥的超一流研究者。他利用工作間隙撰寫了大量論文，被這所大學的研究生院聘為教授。除了作研究，他在其他事務上也精明強悍，從製藥公司手上拿到了許多共同研究專案，保證了充沛的研究經費。研人不禁做起比較，要是自己的父親也像導師這樣優秀就好了。
也許園田覺得自己的哀悼之詞令研人悲傷，便話鋒一轉：「古賀，已經可以回來研究了？」
研人剛想回答「是」，話到嘴邊卻收了回來，他心中盤算，除了安放骨灰，自己還要做什麼。「或許會再請幾天假。」
「嗯，沒關係，要請假隨時告訴我。」
「謝謝。」
最後教授鼓勵道：「好吧，工作，工作。」說著就將研人領進了隔壁實驗室。
實驗室比一般的房間大，面積相當於四間教室。研人將大半時光都耗在了這裡。實驗室中央是被一分為四的巨大實驗臺，上面擺滿了實驗器具和化學試劑。房間的三面牆壁都排列著研究者用的桌子、試劑架，以及裝有強排風的通風櫃，混亂之中透露出實用主義的機械美。
園田實驗室專門研發治療自體免疫性疾病的藥物，成員包括教授、副教授，以及二十名研究人員，但一月份，實驗室裡卻格外清靜。藥學院的學生正在準備藥劑師國家考試，碩士畢業的學生則忙於求職，房間裡分外空蕩。
「古賀，你累壞了吧？」負責指導研人的學長、博士二年級的西岡主動慰問道。
他兩眼通紅，好像剛剛痛哭過，但他不是因為同情研人而掉眼淚，只是通宵做實驗熬紅了眼。
研人想起西岡曾發來的哀悼簡訊，便說：「謝謝你的簡訊。」
「哪裡。沒能去守夜，實在抱歉。」
「你們這麼忙，我怎麼好意思請你們都來。我才應該道歉，請了五天的假……」
「別見外。」西岡眨著充血的眼睛說。
實驗室裡陸續有人進出，都向研人暖語慰藉。平常幹練刻板的女研究員們，也都一反常態地親切有加。正是有這些人的存在，研人才能勉強將研究生活堅持下去。
研人站到分配給自己的實驗臺位置上，投入工作。有機合成工作的目標是生成以碳為主要成分的化合物。打個比方，碳原子是四價，氧原子是二價，於是一個碳原子可以同兩個氧原子結合，形成二氧化碳。聽上去簡單，但實際操作就不同了。讓結構更復雜的分子發生反應，形成想得到的化合物，可不是那麼簡單的事。劑量、溫度、催化劑等條件若有細微的變化，結果就會不同。園田實驗室就是要找到可以作為藥物使用的分子結構，對其加以改良，提高其活性，最後造出新藥。
現在，分配給研人從事的課題，是在主要由碳、氧、氮構成的「母核」的基本結構上，新增「側鏈」原子團。實驗臺上貼著副教授給出的「選單」，指示研人該依照什麼順序進行什麼反應。不知為何，藥學系的實驗同做菜有相通之處，所以藥學院以女生佔多數，大學本科階段可佔九成，研究生階段也有近一半，這在理科院系中可謂特例。
將試劑和器具準備齊全，花費了研人一上午的時間。他利用等待實驗結果的間隙，來到窗邊自己的桌子前，啟動電腦。不出所料，郵箱裡有很多弔唁郵件。他很感激朋友們的關心，逐一回了信。但處理到最後一封信時，他卻突然僵住了。收件箱的郵件列表中，出現了一個不可思議的寄件人地址：
多摩理科大學古賀誠治
研人將這行字審視了好幾遍，不禁汗毛倒豎。
這是已過世的父親發來的郵件。
研人險些叫出聲，他連忙閉上嘴，環顧四周。實驗室的同事正埋頭於各自的工作，沒人注意到他。
研人推了推眼鏡，將視線重新移向顯示屏。收件時間是今天凌晨零點整。也就是說，這封信是父親過世五天多後發出的。郵件名是：研人收，父親。
病毒郵件或騷擾郵件不會冒用父親的名字，難道這是誰的惡作劇？
確認防毒軟體處於執行狀態後，研人點開了郵件。液晶螢幕上，浮現出九磅小字寫成的正文。
研人：
你收到這封信，意味著我已在五天前從你和你母親面前消失了。但你們不用擔心，也許幾天後，我就會回來。
真是莫名其妙。「回來」難道是指從冥界歸來嗎？研人繼續往下讀。
不過，考慮到我不能立即回來，所以我想拜託你一件事：
開啟被冰棒弄髒的書。
還有，不要對任何人提到這封信，包括你母親。
信到這兒就結束了。
文字雖少，卻充滿謎團。看似遺書，卻沒有提到死亡。這究竟是誰發的信？是不是利用軟體定時發出已寫好的郵件？如果父親用了這種軟體，那他一定預料到自己將要「消失」。但這明顯不可能啊。
研人的目光停在了信末的一句話上：
開啟被冰棒弄髒的書。
研人思忖再三，終於領悟了這句話的含義。這封信千真萬確是父親發出來的。研人念小學時的一個暑假，父親對他實施精英教育，曾開啟化學參考書，教他元素週期表。研人當時正吃著冰棒，冰水從冰棒上滴下來，將「鋅」旁邊染上了粉紅色。知道這件事的，只有父親一個人。
那本弄髒的書應該在老家父親書房的書架上。本想打電話讓母親代為檢視，但那樣做就違背了父親「不要對任何人提到這封信」的指示。不過，如果遵從父親的遺願，就得坐兩個小時的車回家一趟。
研人靠在椅背上想，「被冰棒弄髒的書」裡，到底隱藏了什麼秘密？
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