吉姆·雷諾感到被聯邦所背叛，於是他加入了「克哈之子，」並與莎拉·凱瑞甘相識。一名聯邦電視新聞網的記者——邁克爾·利伯蒂伴隨著反抗力量，一路報道反擊聯邦的新聞宣傳。

一名聯邦政客湯姆森·考利派遣「好戰者」——這是一支專為聯邦處理各種骯髒工作的秘密部隊——刺殺阿克圖爾斯·蒙斯克。不過刺殺行動失敗。

十一月。「諾娃」特拉——一名塔桑尼斯行星聯邦精英的女兒，在她感應到父母兄弟被殺後，領悟了自己潛在的靈能。在得知其恐怖能力之後，聯邦政府將其抓獲，並試圖利用她的天賦能力。

阿克圖爾斯·蒙斯克在聯邦首都塔桑尼斯行星部署了毀滅性武器——靈能發射源。這個裝置可以將靈能放大發射，引來大批異蟲。首都塔桑尼斯行星就此淪陷，這給了聯邦政府致命的打擊。

阿克圖爾斯·蒙斯克背叛了莎拉·凱瑞甘，將其遺棄在塔桑尼斯的蟲群之中。憤怒的吉姆·雷諾退出「克哈之子，」並組織了自己的反抗部隊——「雷諾的遊騎兵」。很快他發現了凱瑞甘的下落：凱瑞甘並未被異蟲所殺，而是被異蟲主宰變異成為一個新的強大存在——刀鋒女王。

阿克圖爾斯·蒙斯克宣佈登基為皇帝，控制眾多泰倫行星的帝國在科普盧星區成立。

帝國參議員科爾賓·弗爾斯，發現他的幼子科林擁有能夠吸引異蟲軍隊的靈能，帝國認為這是一件可以利用的武器。

在邊緣之地貝卡·魯行星，泰倫、星靈和異蟲三個勢力因薩爾納加遺蹟的歸屬，而展開戰鬥。薩爾納加被認為是一個古老的種族，可能影響過異蟲和星靈的進化過程。

異蟲最高統治者「主宰，」發現了星靈母星，艾爾行星的位置，異蟲大批入侵。但英勇的高階聖堂武士塔薩達爾與主宰同歸於盡。然而艾爾行星的大部分已遭毀滅，剩餘的星靈艦隊通過薩爾納加傳送門來到了黑暗聖堂武士所在的的薩古拉斯行星。這是黑暗聖堂武士從艾爾行星被流放後，雙方的第一次接觸。兩個星靈社會重新統一。

異蟲通過傳送門尾隨星靈難民來到薩古拉斯。吉姆·雷諾同塔薩達和黑暗聖堂澤拉圖結盟，留在艾爾行星負責關閉傳送門。與此同時澤拉圖和星靈執政官——阿塔尼斯，利用遠古的遺蹟——薩爾納加神廟的力量，淨化了被異蟲完全侵襲的行星。

ued（地球聯合理事會）觀察到了三族間的戰鬥，他們從地球來到科普盧星區，意圖接管統治。為了達到此目標，ued在異蟲佔領的查爾行星捕獲了新生的主宰幼蟲。刀鋒女王、蒙斯克、雷諾以及星靈此時拋開了彼此的紛爭，試圖合作擊敗ued和新生的主宰。這個不可能的聯盟殺死了第二主宰，刀鋒女王目標實現，接管了科普盧所有的異蟲。

在查爾的一顆未知衛星上，澤拉圖遭遇了薩米爾·杜蘭，刀鋒女王的前盟友。他發現杜蘭已經成功將異蟲和星靈的dna混合，創造了一個新物種。杜蘭預言這個新種族將會永遠改變這個宇宙。

阿克圖爾斯·蒙斯克消滅了半數的幽靈，為確保他們對自己忠心不二，他接管了前聯邦政府的幽靈計劃，並將其融入帝國的幽靈專案。此外，他在行星克哈iv的一個衛星馬上建立一個新的幽靈軍校。

科爾賓·弗爾斯派他的兒子科林潛藏在帝國內部，而帝國此時正在搜捕科林，意圖開發他的靈能。科林逃到了尤摩揚——獨立於帝國的一個泰倫政府。

年輕的科林被帝國捕獲，並被送到了幽靈軍校，與此同時，他的父親科爾賓在尤摩揚發表了反對帝國的言論。作為回應，科爾賓成為了帝國的暗殺物件。

星際紀元2501年

「諾娃」特拉從被毀滅的家園塔桑尼斯逃了出來，在幽靈軍校受到另一個靈能擁有者的訓練，以鍛鍊自己的靈能。

星際紀元2502年

阿克圖爾斯召回他的兒子瓦倫裡安，打算讓其成為皇帝，而瓦倫裡安則對此十分冷漠。

聯邦電視新聞網的記者凱特·洛克維爾進入帝國部隊，負責進行愛國宣傳。在這段服役期，她遇見了前聯邦電視新聞網記者邁克爾·利伯蒂，並發現了隱藏於帝國表面之下的黑暗真相。

湯姆森·考利為了掩蓋其刺殺阿克圖爾斯·蒙斯克的行動，計劃消滅「好戰者」成員——該部隊已經解散。在行動前，他先召集了「好戰者」的成員去殺死吉姆·雷諾，他認為這次行動可以贏得蒙斯克的歡心。而負責這次行動的成員則是前聯邦士兵科爾·希克森，他在凱莫瑞安聯合體的莫里安監獄裡拯救了雷諾。

泰倫、異蟲、星靈三方在科普盧星區的軍隊為了控制行星阿提卡上的薩爾納加神廟而陷入混戰。其間，一些好戰分子為了某些個人目的也參與了這場混戰。

凱莫瑞安聯合體的工作人員來到了一個荒涼的行星，希望能發掘一些有價值的遺蹟。在發掘過程中，他們發現了該行星居民失蹤的可怕真相。

一個神經質的維京飛行員喬恩·迪勒上尉在一次武裝練習中攻擊了烏薩的無辜殖民者。而他的學生，韋斯·卡特則阻止了他瘋狂的殺戮行為。

桑丁·福斯特，一位熟練的雷神駕駛員，同他的兩名忠實隊友一起勇敢的進入了瑪·莎拉的一處泰倫廢墟，在取得任務物品後，福斯特發現了一個以前從未被發現的秘密。

星際紀元2503年

帝國科學家捕獲了星靈執政官穆瓦丹，並對其進行實驗，以此來獲取星靈靈能完全形態的資訊——卡拉。由瘋狂的斯坦利·鉑金斯博士率領，研究人員使用了各種違反倫理道德的手段來研究靈能。

考古學家傑克·拉姆西對一座薩爾納加神廟進行了研究，但情況很快失去了控制，傑克受到了一個神秘的星靈守護者影響，他的思維與之融合，無數星靈的歷史記憶從他腦海裡湧現出來。

傑克·拉姆西繼續來到艾爾行星進行探險，在腦海中的星靈守護者指令下，他發現了行星地下的暗影迷宮，發現了一個或許可以拯救宇宙的神聖水晶。

一些受過神秘訓練的帝國幽靈開始失蹤。諾娃·特拉從幽靈軍校畢業，開始調查失蹤事件，並發現了一個恐怖的秘密。

傑克·拉姆西在穿越艾爾行星的薩爾納加傳送門時，同保鏢羅斯瑪麗·達爾分開，羅斯瑪麗被薩古拉斯部分星靈流亡者殺死。但傑克仍然不知去向。傑克在時間耗盡之前將星靈保護者從自己的思維裡分離了出去，否則兩者都將死亡。

莫比斯基金會的一個調查隊，調查了一座科普盧星區的薩爾納加建築。在研究中，這些科學家發現了一股潛伏在古代遺蹟中的黑暗力量。

科林從帝國的收割者部隊退役後打算開始自己的新生活，但是他難以擺脫過去的麻煩，因為一名前隊友不期而至……

一名夜總會歌手斯塔裡·蕾絲髮現自己正處於帝國和凱莫瑞安聯合體外交紛爭的中心

星際紀元2504年

心灰意冷的吉姆·雷諾回到了瑪·薩拉，日復一日地與內心的挫敗感鬥爭。

艾薩克·懷特是帝國軍重武裝劫掠者部隊中的一員，奉命去救援一隊被海盜攻擊的凱莫瑞安聯合體礦工。但隨著局勢的發展，懷特救援任務的真相漸漸地顯露出來：那是一次機會，讓他消除記憶深處的恐懼的機會，那恐怖的記憶從他在凱聯之戰中當炸彈專家以來就一直折磨著他。

在接近四年的沉寂之後，刀鋒女王和她的蟲群再一次在科普盧星區肆虐。在紛飛的戰火中，吉姆·雷諾不屈不撓地對抗著壓榨人民的帝國……以及陰魂不散的昨日記憶。