回營一看清兵突然衝過來了，急忙開槍射擊，沒想到儲藏炸藥的地方著火，把自己的營帳給燒著了，這時候救火都來不及，哪還有心思掐架。清兵趁勢殺過來，射死了回族的頭目，又搶奪了回族的旗鼓。回民繼續跑路，一連被追了幾十裡，被抓了上萬人。
清兵又回到了阿瓦巴特，看到有幾百個騎馬的偵查人員。那些人遇到清兵，急忙逃跑。長齡害怕中埋伏，禁止士兵去追。晚上，長齡派吉林的精兵，從左右小路繞到敵人後面。第二天一起前進，用槍炮兵作為前列，藤牌兵作為後隊，沿途果然遇到埋伏，兩下一頓猛掐，槍炮都用上了，回民也拼命抵擋。清軍派出了自己的藤牌兵，一個個穿著虎衣，衝進了敵陣。回民仍然拼命抵擋，但回民的馬都害怕，不停地倒退，頓時隊伍亂了。吉林的精兵趁機從後面殺過來。回民大敗而逃，安集延二帥也被清兵殺死了。
清兵再次趕到渾河北岸，張格爾親自率領著十萬多人在河的對面列陣，橫亙二十多里，又建造堡壘，弄好炮架，鼓聲震天。長齡本來挺有謀略，但看到敵人這麼浩大，也開始有些膽怯，就跟楊遇春商量。
楊遇春說：「敵勢確實浩大，但也不是一點法子沒有。只要我們堅守不出，晚上再派人去擾亂敵營，不是去偷襲，只是擾亂賊心，等他們暈頭轉向以後，咱們再趁機攻打。」長齡於是將計策安排下去，派了幾百士兵，晚上乘木筏渡河，一晚上叫喊不停。張格爾多次出來檢視，一晚上沒休息。
第二天晚上，長齡打算仍然用疑兵，突然從西南方向起了大風，頓時天昏地暗，不辨南北，長齡急忙下令退營。
楊遇春進來問：「大帥為什麼退營啊？」
長齡說：「敵人跟我們近在咫尺，他們人多，我們人少，如果他們趁著天黑渡河過來，四面包圍我們，我們不是要全軍覆沒嗎？所以我打算先退後十幾裡，等天氣好了，再過來也不遲。」
楊遇春說：「大帥考慮得確實不錯，不過根據我的想法，這次正是老天幫忙的時候，要抓住張格爾，就在今天晚上了。」
長齡忍不住站起來問：「參贊有什麼妙計？」
楊遇春說：「敵人雖然眾多，但只是聚集到一塊兒，這說明他們不懂兵法。我們的部隊遠來，最好是速戰，如果和他們這麼相持下去。等到糧食用光了，那時不能進，不能退，反而中了深溝高壘的賊計。現在天昏地暗，敵人一定想不到我們會攻打他們，出其不意，攻其不備，還怕張格爾不敗嗎？看我楊某人為大帥殺敵！」
長齡說：「參贊說得確實有道理，但是如果我們的部隊剛走到河中間，他們就過來攻打，怎麼辦？」
楊遇春說：「這個也不難，大帥可以派一千名索倫兵，繞到下游，去牽制住敵人，我親自率兵去佔領上游，兩處都得手以後，大帥自然可以從容過河了。」
長齡仍然猶豫不決。楊遇春說：「機會難得，失不再來，請大帥迅速下命令吧！」於是長齡就把退營的軍令改作進兵的軍令，按照楊遇春的計劃，先從上下游潛渡，乘風破浪，到達彼岸。
楊遇春又讓前隊扛著巨炮，漸漸逼近敵營。張格爾還在夢裡，被炮聲給震醒了，急忙忙起床督戰。這時候，炮聲與風沙聲相雜，就像幾十萬大兵一起攻過來，弄得人人心驚膽戰。
到了天明，索倫兵從下游趕過來，長齡也親自率領大兵渡河過來。這時，風停了，天氣也晴朗了，就趁勢衝進敵人的堡壘，張格爾急忙帶兵逃跑。回族都穿高筒鞋，鞋後面還沒有鞋跟，行走很不方便。而且如果再揹著糧食之類的東西，負擔很重。這時候為了逃命，什麼都不要了。
清軍趁機漸漸逼近喀什噶爾城下，一舉登城，抓住了張格爾的外甥和安集延兩偽帥，以及一起造反的一些伯克等人，殺死敵人不計其數，俘虜了四千多人。
長齡就把收復喀城的情形，火速報告了清政府，滿心指望著能給點獎賞。沒想到朝廷的回覆是：「我讓你帶兵出擊，是讓剿滅敵人的首領，現在你竟然讓敵人溜走了，這個責任可要承擔。長齡奪去紫韁，楊遇春奪去太子太保銜，武隆阿奪去太子少保銜，仍然命令你們限期捕獲！」這道命令一下，還真有點出乎意料。長齡心裡有些不高興，楊遇春倒不在意，仍然率領部隊收復了英吉沙爾和葉爾羌，又派楊芳收復了和闐。西四城也都已經收復了，就又出塞去搜捕張格爾。二楊各自率兵四千，分道西進，楊遇春駐紮在色勒庫，楊芳駐紮在阿賴，南北相距十幾站。阿賴是蔥嶺的山脊，是回疆通浩罕的要道，浩罕留兵駐守，聽說清兵突然趕來了，急忙帶兵佔據險要來阻截。楊芳率先突擊，浩罕的兵且戰且退。清兵才走了一二里，山路越來越難走，突然伏兵四起。整整打了一晝夜，清兵損失慘重，幸虧楊芳素有節制，步步為營，嚴陣出險，這才得以生還。長齡只好再次按照實際情況報告了，得到的回覆是：「各位將軍孤軍深入，浪費軍餉，還是別打了。只留下官兵八千來防守喀城，剩下的九千跟隨楊遇春出關，楊芳代為參贊，跟長齡武隆阿籌劃善後的事宜，收到後報告給我！」這道命令下去以後，楊遇春只好按照命令往東回。長齡與兩參贊商議了一番，武隆阿建議把西四城仍然還給回族人民，長齡的意見也一樣，楊芳因為剛擔任參贊，不方便提出反對意見。於是，就由長齡、武隆阿分別寫了份報告，讓人交給了清政府。道光帝看到兩份報告，也不看是誰發過來的，就先看後面是怎麼善後的：
我覺得回族人民崇信和卓，已經是改不了的風氣。即使張格爾被抓到，他的弟弟仍然在浩罕，還是會留下後患。用八千多士兵制住這百萬之眾，那是千難萬難。如果可以分封伯克，讓他們自己守衛，就像伊薩克、玉素普等人，雖然幫助官兵，但回族人民都不信服。不如放了回族首領那布敦的兒子阿布都裡，他是乾隆帝時被留在京城的，現在放他回來管轄西四城，或許可以讓回人信服，不發生叛亂。
道光帝看完以後，大怒說：「長齡這老小子是老糊塗了。高宗純皇帝花費了多少心血才把回族首領那布敦給滅掉的，他的後裔阿布都裡被押解到京城，給功臣家為奴。我剛即位的時候，照例大赦天下，讓他們擺脫了奴籍。現在張格爾造反，按照親緣關係，也應該治他們的罪，長齡反而勸我把阿布都裡放回去，這不是老糊塗了是什麼？不知道武隆阿是怎麼個主意，大概會說長齡的荒謬吧。」接著開啟了武隆阿的奏摺，接著看：
善後的策略，我覺得留下計程車兵太少，就不足以應付敵人，留下的太多，運送糧食就困難。反賊襲擊烏什，從和闐直接攻打阿克蘇，幸虧我們迅速出兵，反賊的奸計才沒得逞。我認為西四城各塞，敵人環逼，處處都有危險，地也不容易守，人也不願意臣服，與其浪費糧食，還不如直接把東四城也還給他們。
道光帝沒等看完，就把奏摺都給扔了。把軍機大臣叫進去說：「長齡老糊塗，想把反賊後裔阿布都裡放回去，讓他再統領舊部，武隆阿巴結長齡，也這麼說。你去草擬一道命令，把他們二人革職，暫時留任，另任命直隸總督那彥成為欽差大臣，迅速趕赴回疆，代替他處理善後工作，這才不誤事。」軍機大臣立即當面寫了一份命令，給道光帝看過以後，這才發下去。道光帝又說：「阿布都裡鬚髮配到邊省監禁，你通知刑部，立即發配。」軍機大臣唯唯而退。
長齡接到被革職訊息，大吃一驚，忍不住坐立不安，急忙找去楊參贊商議。楊參贊想了一會兒，說出一個反間計，長齡這才喜形於色。原來回徒向來分兩派，一派叫白山黨，一派叫黑山黨。張格爾是白山黨首領，佔據喀城時，曾經濫用威權，虐殺黑山黨。黑山黨非常憤怒，很多人曾暗地裡串通清營，長齡奏摺中所說的伊薩克、玉素普等人都是黑山黨徒，他們和白山黨互有嫌隙。楊芳就以此謀劃計策，秘密派黑山黨出去造謠，揚言官兵全撤走了，喀城空虛，各個部落都盼望和卓回來。這訊息傳到了張格爾的耳朵裡，他頓時喜出望外，接著就集合自己的殘餘部隊，再次窺視邊疆。他先派手下出去打探，果然沒有官兵的蹤跡，於是就潛入了阿爾古回城。這時已經到年關了，張格爾就打算在除夕這天去襲擊喀什噶爾，晝夜整備軍械，忙個不停。這天晚上，張格爾親自出去巡城，遠遠看見東北角上隱隱有人馬行動，不由得失聲說：「不好了！不好了！清兵來了！」急忙準備開城逃跑。後面已經報告清軍殺到了，為首大將正是楊芳。張格爾無心戀戰，拼命奔逃，楊芳也拼命追趕，到了喀爾鐵蓋山，回民也漸漸逃光了。只剩下張格爾的三十多人，棄馬登山。楊芳急忙命令副將胡超、都司段永福繞到山後堵住去路，然後親自率領士兵從前面登山，捉拿張格爾。張格爾爬過山頭，向山後亂跑，猛聽見有人喊：「張賊，快來受死吧！」張格爾心裡一急，腳下被絆了一下，一下子向後跌倒了。不知道張格爾有沒有被捉到，咱們下章再講。