自從桂王跑到南寧以後，湖南、廣東等省就已經都是清朝的了。孔有德被封為定南王，鎮守廣西；耿仲明被封為靖南王；尚可喜被封為平南王，鎮守廣東。不久，耿仲明死了，他的兒子耿繼茂繼承了官職，鎮守照舊。

桂王越來越窮困，只好向孫可望求救。孫可望是張獻忠的黨羽，認張獻忠當乾爹，本來也是個殺人不眨眼的魔頭，張獻忠被殺以後，他逃到了雲南。

雲南本是原明朝黔國公沐天波的封地，由於被地方官沙定洲逼迫，他的夫人焦氏自焚而死。孫可望就偽稱自己是焦夫人的兄弟，幫助沐天波復仇，打退了沙定洲，趁機佔領了這裡。他的同黨李定國、劉文秀、艾能奇、白文選、馮雙禮等人，共同選舉孫可望為部長。

孫可望派李定國去追殺沙定洲，沙定洲死了以後，雲南全省全部到了孫可望手裡，孫可望就藉機稱王，國號後明，以干支紀年。自己鑄造金錢，當起了皇上。

本來李定國和孫可望地位相同，孫可望忽然稱帝，李定國心裡很不高興，孫可望就藉著閱兵的名頭，專門找李定國的茬，把李定國打了五十軍棍，李定國憤怒不已。孫可望害怕人心渙散，就想其他的辦法服眾，他讓人帶了黃金三十兩，琥珀四塊，馬四匹，到桂王那裡求封。

桂王就封孫可望為景國公，封李定國、劉文秀等人為列侯。孫可望不接受，自稱是秦王，還派兵去偷襲川東，攻陷了川南，把以前明朝的守將，殺了個乾乾淨淨。桂王逃到南寧，朝不保夕，沒辦法，只好又派人去封孫可望為冀王，孫可望仍然不答應。只好加封他為真秦王，他這才派人到南寧去迎接桂王。一方面派李定國、馮雙禮等人帶領步兵、騎兵八萬，由全州攻桂林，一方面派劉文秀、王復臣、張光璧等人帶領步兵、騎兵六萬，分路出敘州、重慶，直接攻打成都。

李定國有勇有謀，帶兵有方，所到之處，沒人敢抵擋。沅靖、武崗、全州都被李定國攻破，孔有德趕忙派部將沈永忠出去抵擋，也很快被李定國打敗。

沈永忠退到了桂林，李定國緊接著追了過來。桂林兵少，幾個守城計程車兵看見李定國的兵到了，嚇得都悄悄溜走了。

孔有德不能抵擋，跑回家裡，摟著自己的老婆大哭了一場，然後一塊兒上吊自殺了。老百姓獻出城池，李定國派人把捷報火速報告了桂王，也就是永曆帝。送信的回來報告說永曆帝已經到了安隆，封他為西寧郡王，李定國心裡倒也很高興。

忽然，有人報告說，清親王尼堪帶兵到了湖南，經略洪承疇也從江寧趕到了長沙，湖南情況危急。李定國立刻帶領步兵騎兵前去支援，到了辰州，宰了清降將徐勇，也算替屈死的何騰蛟報了仇。

到了衡州，正好遇上尼堪的大部隊。兩支隊伍很快掐起了架，李定國假裝敗退，把清兵引到叢林裡，一聲炮響，弄出無數的大象，這群大象瘋了一樣向清兵隊伍裡跑。清兵嚇得魂飛魄散，什麼也不顧了。

尼堪正想打馬往回走，被一頭大象一下給撞翻了，這頭大象從尼堪的身上踩過去，尼堪當場死於非命。

李定國打了勝仗，暫時駐紮在武崗，正打算進攻衡州，忽然接到秦王的命令，說讓他到沅州去商議事情。李定國正打算去，手下的右軍都督王之邦出面勸阻。李定國連忙問他為什麼？

王之邦說：「我聽說最近秦王劫了永曆帝，居住在安隆，明著是尊奉，暗地裡是脅迫。每天做的飯也都很差，他早就有謀反作亂的心思，只是因為害怕您。您現在去沅州，又有什麼好事？要是去了，肯定遭毒手！」

李定國說：「我如果不去，孫可望肯定會追來，衡州又有清兵，假如兩面一夾攻，怎麼應付呢？」

王之邦說：「不如先退到廣西吧，然後再另作打算。」

李定國點了點頭，謝絕了信使，帶著自己的人退到了廣西。馮雙禮自己回去了。

孫可望接到回信，心中異常憤怒，親自率領人馬去追趕。沒想到半路上遇到劉文秀的敗軍。這時他才知道進川的各路部隊，都已經被吳三桂給殺退了，王復臣也中箭身亡。

孫可望在驚愕之餘，更加憤怒，只好帶著劉文秀向寶慶進攻。半路上遇到了馮雙禮，一塊兒繼續前進。

到了寶慶，正好和清兵遇上。這夥清兵就是尼堪的部隊，由貝勒屯齊接著率領，從南邊沿著衡州、永州而來。一眼看見了孫可望軍中的龍旗隨風飄舞，屯齊當下拔出一支箭在手，搭在弓上，颼的一箭，就把龍旗給射倒了，然後馬上帶領著精銳部隊衝進了敵陣。孫可望的部隊一看帥旗沒了，心裡有些發慌，又見清兵來勢洶洶，立刻簇擁著孫可望撤退。

劉文秀和馮雙禮本來就是迫不得已，也跟著大家一塊兒撤退。孫可望逃到貴州，搜獲原來明朝的後裔，全部殺害。然後率領內閣六部各官員，建立太廟，定製禮儀，一心想當皇帝。

永曆帝在安隆得到訊息，知道孫可望想當皇帝，趕緊和中官張福祿、閣老吳貞毓等人秘密商量，派林青陽到廣西通知李定國前來保駕。林青陽走了以後，說自己有親人去世，要回家安葬，結果久久沒有音信。

永曆帝等得不耐煩，又讓翰林院孔目周官前去催促，沒想到被馬吉翔得到了訊息。馬吉翔本來就是孫可望的心腹，自然暗地裡報告給了孫可望。孫可望立刻派部將鄭國到了安隆，逼迫永曆帝交出出主意的首謀。

永曆帝戰戰兢兢地不說話，幸虧中官張福祿自己出來承認。他跟吳貞毓同時被嚴刑審訊，一共查出同謀十八人。結果張福祿被凌遲處死，吳貞毓被施以絞刑，其他人則被砍頭了。

這時候，林青陽恰好回來覆命，也被鄭國給殺害了。鄭國回去報告孫可望，孫可望就派白文選去安隆劫駕。永曆帝聽說白文選來了，嚇得魂不附體，只是一個勁兒地哭。

白文選看到永曆帝神色慘淡，心裡也很悲痛，於是就跪下說：「孫可望派我來迎接你，本來確實不懷好意。我聽說西寧王就要來了，讓他來護駕，肯定沒有問題。」

永曆帝扶起白文選說：「能有你這樣的大忠臣，真是幸運。但孫可望勢力浩大，怎麼抵擋他？」

白文選說：「孫可望圖謀不軌，部下都說他的不是，劉文秀已通知了西寧王李定國。他失道寡助，我們得道多助，怕他什麼？」永曆帝聽了，這才放了心。

過了幾天，果然聽說李定國的兵到了，趕緊開城迎進去。李定國恭恭敬敬地行了臣子禮，永曆帝喜出望外，親自頒佈詔書，封李定國為晉王。李定國就請永曆帝去雲南，並說劉文秀也在雲南等著呢，保證不會有意外。

永曆帝恨不得立刻就脫險，趕緊讓李定國和白文選準備，儘快出發。大隊人馬安安穩穩地到了雲南。

劉文秀也沒有食言，帶人出來迎接。進了城，把孫可望的宅子改成了永曆帝的行宮。劉文秀被封為蜀王，白文選被封為鞏昌王。各種任命剛安排好，就有訊息傳來說，孫可望帶領大隊人馬來攻打，永曆帝就派白文選去孫可望那兒，說要跟他議和。孫可望把白文選給扣留了，寫了一封虛情假意的回信，請求先把他的妻子兒女還給他。

永曆帝趕緊派人把孫可望的妻子兒女還給了他。孫可望見妻子兒女好好回到了四川，立刻大舉進兵，入侵雲南。

孫可望的部將馬進忠等人都看不慣孫可望的做法，於是就和白文選暗地裡定了密謀，回去跟孫可望說：「白文選頗有威名，人人敬重，要想攻打雲南，非讓他當大將不可。」

孫可望說：「他和李定國相互勾結，怎麼能讓他當大將？」馬進忠說：「我聽說他現在已經真心悔過，願意給您效力了。」

孫可望就讓馬進忠把白文選找來，白文選裝出一副孫子樣兒，一再討好奉承孫可望，把孫可望給樂得手舞足蹈，立刻任命白文選為大元帥，馬進忠為先鋒，帶領十四萬部隊當先頭兵。他又讓馮雙禮留守貴州，自己則帶領精兵作為後應。

訊息很快傳到了雲南，永曆帝立刻下令免去了孫可望的職務，讓晉王李定國、蜀王劉文秀帶領部隊去討伐。

李定國和劉文秀帶領的部隊總共只有一萬來人，鎧甲兵器也都不夠，到了三岔河，看見孫可望的部隊已經在對岸紮了營，雙方實力懸殊，差了好幾倍。李定國就和劉文秀商量，劉文秀打算先退到交趾地界，作為戰敗後的退身之地。李定國嘆了口氣，說：「永曆帝生死安危，全靠你我兩個人了，我們協力抵抗敵人就是了。要是還沒有打就先洩了氣，那還怎麼打仗？現在只有誓死一戰，一決雌雄了。我認為孫可望的部下，大都和他貌合神離，所以也未必就打不過他。」李定國智謀膽略，可見一斑。

兩人商量完以後，就在第二天早上過河前進。對岸的敵軍，卻向後退了幾里，任由李定國的兵上岸。李定國一眼望過去，看見敵軍中掛著龍旗，猜到孫可望也已經到了，立刻率兵左衝右突，攻打中堅力量。剛打了幾個回合，李定國的部將李本高就身中兩箭，從馬上掉下來，死了。

李定國大驚失色，正想退兵呢，突然看見孫可望的部隊紛紛大亂。左邊有馬進忠，右邊有白文選，旗幟鮮明地從孫可望的隊伍裡殺出來，招呼李定國繼續上。這下，孫可望的思路確實有點亂了，不想別的，忙趕緊拍馬逃跑。李定國一直追殺了十幾里路，這才和白文選與馬進忠兩人一塊兒回去。

孫可望逃回貴州，遠遠地看見城門緊關著，城上豎著一面旗幟，上面寫著「明慶陽王馮」的字樣，忍不住大吃一驚，正想呼喊城上的人回話，忽然看見馮雙禮上了城，俯著身子對他說：「我已經歸順永曆帝了，永曆帝封我為慶陽王，讓我鎮守此城，這兒現在已經跟你沒有關係了。」

這話差點沒把孫可望氣死，再一看自己手下的殘兵敗將，已經所剩不多，不能再打了，而且自己的妻子兒女都在城裡，要是跟他爭吵起來，只怕都得丟了性命。只好忍氣吞聲地求馮雙禮歸還自己的妻子兒女。

馮雙禮半開城門，讓人從門縫裡放出幾個人。孫可望一看，正是自己的妻子兒女，人都沒事，財物卻都沒了，忍不住流下眼淚來。孫可望呆呆地看了一會兒，這才帶著自己的妻子兒女趕奔長沙，投降了經略洪承疇。

這些事先放到一邊，再說一位海外英雄。那就是鄭芝龍的兒子鄭成功。鄭芝龍投降了清朝，鄭成功獨自出海趕赴廈門，募集義兵，仍然尊奉隆武正朔；到隆武帝以身殉國，永曆帝登上皇位，鄭成功又派人尊奉永曆帝，被封為延平郡公。鄭成功大舉攻打福建，接連攻下了漳浦、海澄等縣，進而圍攻長泰。

清朝的閩浙總督陳錦從舟山派兵趕來支援，經過一場海戰，被鄭成功殺得大敗潰逃，不僅長泰被攻陷了，連平和、詔安、南靖等地也都被鄭成功奪了去。