那天，黃巢再次感到了一種被人遺忘的痛楚。所以，他一直試圖用目光向王仙芝傳達自己的困惑和憤怒。可是，王仙芝卻一時無法從極度的興奮和喜悅中自拔出來，所以根本沒有讀懂黃巢的目光。

最後，黃巢走了上去，對王仙芝說：「我們曾經在神明面前立下誓言，要除暴安良，橫行天下，如今你一個人去朝廷當官，讓這五千多號弟兄往哪裡投奔？」

還沒等王仙芝反應過來，黃巢已經狠狠一拳砸在了他的臉上。

鮮血順著王仙芝的臉龐流了下來。透過迷濛的血眼，王仙芝看見黃巢身後無數的弟兄們正在向他揮舞著拳頭。

看來，自己是永遠也洗不白了。

王仙芝在內心發出了一聲悲涼的長嘆——賊永遠是賊！

後來，王仙芝撕毀了朝廷給他的那一紙任命狀，在蘄州城內燒殺擄掠了一天，隨即帶著另一名副手尚君長和三千多人呼嘯而去。

而黃巢則與他分道揚鑣，帶著剩下的兩千多人走上了另一條路。

從乾符四年（西元877年）正月開始，王仙芝與黃巢時而各自為戰，時而又合兵一處，雖然四處攻城略地，可在朝廷諸道軍隊的圍追堵截之下，所佔領的城池都是旋得旋失，始終未能建立長期立足的根據地。農民軍和官軍一度陷入了相持和膠著的狀態。

這一年十一月，朝廷的招討副使、總監軍宦官楊復光再度向王仙芝傳達了招安的資訊，而一直對此仍然抱有希望的王仙芝正中下懷，當即派遣尚君長前去與楊復光接洽。不料，尚君長剛走到半路就被招討使宋威擒獲。宋威因與農民軍多次交戰失利而懷恨在心，一意要置尚君長於死地，所以當即上奏朝廷，謊稱在戰鬥中生擒了尚君長。楊復光連忙上奏，宣告尚君長是投誠，並非在戰場上被擒。朝廷派御史進行調查，但還沒等結果出來，宋威就一不做二不休地砍下了尚君長的腦袋。

兩次試圖被招安未果，又喪失了一個得力助手，此後的王仙芝信心大減，戰鬥力也大為削弱，因而在戰場上接連失利。乾符五年（西元878年）正月初六，朝廷的招討副使曾元裕又在申州（今河南信陽市）東面大破王仙芝，砍殺一萬多人，招降並遣散了一萬多人。曾元裕因功擢為招討使，宋威被免職。

王仙芝自此一蹶不振。

短短一個月後，王仙芝在黃梅（今屬湖北）與曾元裕進行決戰，招致慘敗：王仙芝戰死，首級被傳送長安；士眾被斬殺五萬多人，餘眾星流雲散。

王仙芝一死，僖宗朝廷解除了一個重大威脅。但是與此同時，新的威脅又接踵而至——時任沙陀副兵馬使的李克用在幾個副將的擁戴下，趁中原戰亂髮動兵變，誅殺了大同防禦使段文楚，佔領了雲州（今山西大同市）。

已被中原民變搞得焦頭爛額的僖宗朝廷再也無力討伐李克用，只好想了一個辦法，把李克用的父親、時任振武節度使的李國昌調任大同節度使，另行派人接任振武節度使，目的是把李國昌父子置於一鎮，以免他們分別據守振武和大同。

然而，朝廷的如意算盤很快就落空了。

李國昌接到調令後就把它撕得粉碎，同時也徹底撕破了尊奉朝廷的假面。他們父子不但要同時據有二鎮，而且要趁天下大亂搶佔更多的地盤，甚至逐鹿天下。

隨後，李國昌砍殺了振武的監軍宦官，並與李克用聯兵，攻破了大同周邊的遮虜軍、寧武軍、岢嵐軍等多處朝廷軍營，迅速成為帝國北方最大的割據勢力。

王仙芝敗亡後，尚君長的弟弟尚讓率領殘部投奔黃巢，推舉黃巢為主帥，號「沖天大將軍」，改元「王霸」，並委任百官。

隨後的日子，已被朝廷任命為鎮海節度使的高駢全力以赴對付黃巢，不斷調兵遣將，加強了對他的圍剿。黃巢在中原戰場屢屢失利，手下數十位將領被招降，不得不在乾符五年三月渡過長江，轉戰南方。七月，黃巢軍進入浙東，鑿開七百里山路，轉入福建戰場。十二月，黃巢攻陷福州，福建觀察使韋岫棄城而逃。

乾符六年（西元879年）春，黃巢揮師直趨嶺南。

帝國的財賦重鎮廣州，就此暴露在黃巢的面前。

進入嶺南之後，黃巢致信浙東道觀察使崔璆和嶺南東道節度使李迢，透露了歸順朝廷的意思，條件是授予他天平（治所鄆州，今山東東平縣）節度使之職。這裡是黃巢的老家，他顯然是希望能夠衣錦還鄉。

然而，朝廷卻斷然拒絕，粉碎了他衣錦還鄉的希望。黃巢退了一步，要求擔任廣州節度使。僖宗召集大臣商議，左僕射於琮說：「廣州是國際商船和各種珍寶貨物的重要集散地，怎麼能交到反賊手裡？」宰相建議給黃巢一個「率府率」（東宮侍衛隊長、正四品上）的職務，僖宗同意。

可是，這回輪到黃巢不幹了。

接到「率府率」的任命狀後，黃巢當場將它撕得粉碎，隨即對廣州發起猛攻。這一年九月，廣州陷落。黃巢逮捕了節度使李迢，命他起草奏疏說已經投降了黃巢。李迢說：「我世代荷國厚恩，親戚故舊遍佈朝廷，手可斷，疏不可草！」黃巢馬上就把他砍了。

由於黃巢計程車兵均是北方人，他們進入嶺南後水土不服，才一個多月便紛紛染上瘟疫，死了三四成，部下勸他回師中原。黃巢也意識到廣州非久留之地，便於十月末率部沿湘江而上，攻佔潭州（今湖南長沙市），次月又由江陵北上，直撲襄陽。

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