這時，小教堂裡傳來了一陣腳踏式風琴的聲音，這個腳踏式風琴是管風琴的替代品。演奏者是一位因當逃兵被關起來的老師。他在風琴上盡情地演奏著悲哀的聖歌曲調，這些曲調與牧師的打嗝聲混合在一起形成了新的多利安式音階。
「報告長官，我真的不知道我為什麼會被關在這裡，但我沒有一絲抱怨。都怪我太倒霉了，我的初衷都是好的，可到頭來我總是得不到好結果，就像那幅畫中的殉道者一樣。」
牧師望著那幅畫，笑著說道：
「是的，我真的已經喜歡上你了。我會去向軍法官打聽一下你的事情。我不能再跟你聊了，我得把這彌撒做完。轉身！解散！」
帥克回到了他那穿著短褲衩站在講壇下的隊伍當中。當他們問牧師把他叫到小禮拜室幹什麼去了的時候，他一本正經地簡短回答道：
「他已經爛醉如泥了。」
大家都聚精會神地看著牧師的新表演——聖彌撒，同時臉上流露出喜悅之情。講壇下的一個人甚至打賭說聖體匣會從牧師手中掉下來。他用自己的整份麵包作賭注，跟另一個人賭兩個耳光，並且贏了。
觸動了教堂裡這些觀看牧師做彌撒的人靈魂的，並不是他們所抱有的神秘主義，也不是真正的天主教徒擁有的虔誠，而是坐在電影院裡觀看事先並不知道的一部電影的感覺。當電影情節展開時，會屏氣凝神地等著故事將如何結束。牧師正在祭壇前一絲不苟地表演著，觀眾們則完全沉浸在這幕劇中。
牧師把法衣穿反了，他們歡快地審視著這一情景，以極大的熱情和同情之心望著祭壇上發生的一切。
紅頭髮的助祭、原教堂司事和二十八團的偷盜專家拼命地在腦海中回想著彌撒的整個程式、手法和彌撒經文。他除了把牧師助祭的本職工作做完外，還得給牧師提詞。因為他經常愚蠢地打亂經文句子，把本該念祈禱書上的普通彌撒，最終念成天主降臨時的彌撒。接著，他便對著教眾唱起來，使大家心滿意足。
他不僅唱不好而且也不會欣賞。教堂裡迴響著他的哀嚎聲。這是隻有在豬圈裡才會聽到的聲音。
「他今天喝得可真夠多的。」那些坐在祭壇前面的人興奮地說道，「他又開始得意了。他準是跟哪個妓女廝混去了。」
「彌撒到此結束！」祭壇那邊第三次傳出了這樣的喊聲，真像是印第安人作戰的口號，窗框都被震響了。
牧師再次向聖餐杯裡瞅了瞅，看看是不是殘留了幾滴酒，他做了一個不耐煩的動作後，向聽眾說道：
「好了，你們這些蠢貨現在可以回家了。一切都結束了。我覺得在這教堂裡，在這如此神聖的地方，你們這群無賴並沒有顯示出你們該有的虔誠。當你們再次面對全能的上帝時你們將會毫不羞愧地放聲大笑、咳嗽和傻笑。你們這些該死的白痴，就在我——代表聖母瑪利亞、耶穌基督和天父——的面前，也會拖著腳走。如果下次你們再敢這樣，就有你們好看的。我要讓你們知道，就像前不久講道時我告誡過你們的那樣，不僅有陰間地獄，還有人間地獄。如果你們能有幸從陰間地獄逃脫，肯定也逃不過人間地獄。解散！」
牧師精彩絕妙地執行了那一套為監獄犯人佈道的陳規舊俗之後，走進了小禮拜室換衣服。然後又從桶中向酒瓶裡倒了一些聖酒一飲而盡，在紅頭髮助祭的幫助下騎上了拴在院子裡的馬。然後，他想起了帥克，就又從馬背上下來，去了軍法官貝爾尼斯的辦公室。
軍法官貝爾尼斯是一個喜歡交際的人、一個一流的伴舞者和貪戀女色的行家。他感到這兒的差事很無聊，因此把時間都花在了給女孩寫德文詩上面。這樣一來，他便總有事情可做。在軍法審判中，他可是個重要的角色。由於他手裡有很多待完成的案件和雜亂的資料，城堡區整個軍事法庭都很尊敬他。他總是弄丟起訴材料，最後迫不得已只得自己編造。他經常把人名搞錯，弄丟訴訟案件的線索，然後又想到什麼就編什麼。他給逃亡者安上盜竊罪，給盜竊者安上逃亡罪。他還私自編造各種政治案件。他用各種手段證明罪犯做夢都想不到的罪。如果訴訟檔案和案件報告在混亂的公文和業務函件中遺失，他就會給他們安上侮辱君主的罪名，將編造的訴訟陳詞橫加給任何一個人。
「喂！你怎麼樣了？」牧師邊和他握手，邊問道。
「不太好，」貝爾尼斯答道，「他們把我的檔案檔案弄得顛三倒四，現在我都弄不清首尾了。昨天我把一個叛亂分子的材料整理得好好的交上去，卻被退了回來。他們說這不是一個叛亂案，只是偷了一瓶罐頭。所以，我又費好大勁重新編了一份，我真搞不明白他們是怎麼發現這個錯誤的。」軍法官吐了口痰，說道。
「你還打牌嗎？」牧師問道。
「我把所有的東西都輸在玩牌上了。上次跟那個禿頭的陸軍上校玩牌的時候就是，我輸了個精光。但我認識了一位漂亮的女郎。你最近在忙什麼呀，牧師？」
「我目前需要一個勤務兵。」牧師說道，「之前我有個沒受過教育的老記錄員，他可真是個頭號畜生。他整天流著鼻涕祈求上帝救贖他。後來，我打發他跟隨一個先遣營上前線了。據說這個軍隊被打得落花流水。之後他們給我派來一個小夥子，整天什麼都不幹，就知道坐在酒館裡喝酒，還把酒錢算在我的賬下。其實他人還不錯，就是他的汗腳讓人受不了，所以我把他也打發了。今天我講道時，發現了一個為了逗樂而哭的畜生，我需要的正是這樣的人。他名字叫帥克，在十六號牢房。你能否告訴我他為何被關在那兒？我能不能把他帶走？」
軍法官開始在抽屜裡找帥克的檔案。但是和往常一樣，他什麼也沒翻到。
「可能在林哈特上尉那裡。」找了好一陣後，他說道，「鬼知道我手頭那些檔案都到哪兒去了。我肯定是把他們送到林哈特那兒了。我馬上給他打電話。……喂？長官，我是中尉貝爾尼斯。請問您那兒是否恰巧有一份關於帥克的檔案？在我這裡？這可怪啦……我從您那兒拿走的？啊，這可真是奇怪啦……他現在是在十六號牢房……長官，我知道，我把十六號牢房的檔案拿走了。但我覺得帥克的檔案肯定還在您那兒……您讓我不要用那種語氣跟您說話？檔案沒在您那兒？……喂？喂？……」
貝爾尼斯坐在桌子旁，氣憤地咒罵著實施調查的混亂方式。他與林哈特上尉長期不和，積怨已久。如果貝爾尼斯拿到了本屬於林哈特的資料，他就把它們搞得沒有一點頭緒。對於貝爾尼斯的檔案，林哈特也會做同樣的手腳。因此很多材料被他們弄丟了。
（帥克的資料直到戰後才被找到。它們在軍法部的檔案室，並且被批註為：「該犯冒然拋開偽善者的面具，公開反對君主及國家。」這些資料被夾在一個叫約瑟夫·寇德拉的檔案裡。檔案封皮上畫著個十字架，十字架下面寫著「已批閱」的字樣和日期。）
「這麼說，我把帥克的檔案弄丟了？」貝爾尼斯說道，「我這就派人把他叫來，如果他堅持說自己無罪，我會讓他跟你走，其餘的你可以和他所在的團協商。」
牧師走後，貝爾尼斯讓人把帥克帶到他面前，但是他讓帥克站在門口等。因為他剛剛從警察總局接到一個電話，說關於步兵麥克希納的編號為7267的起訴檔案所需的材料已經送達一號辦公室，並且已經被上尉林哈特簽收。
同時，帥克利用這個空當仔細觀察了一下軍法官的辦公室。這個辦公室給人的印象可真不怎麼樣，尤其是掛在牆上的那些照片。這些都是軍隊在加利西亞和塞爾維亞執行各種死刑的照片。這些美術照片上都是被焚燒的小茅屋和樹掛著屍體的樹木。還有一張尤其精緻，是在塞爾維亞拍的一個小男孩和他的父母被絞死的情景。兩名士兵拿著刺刀守在樹旁，一名軍官得意洋洋地站在最顯眼的地方抽著煙。在背景的另一頭，炊事班的人們在忙著做飯。
「帥克，你到底惹了什麼麻煩？」貝爾尼斯問道，隨手把電話通知放進了檔案袋裡。「你以前是幹什麼的？你是要主動認罪，還是等著被指控呢？這樣下去可不行，你別以為現在是站在由傻乎乎的文職官員進行審問的法庭上。我們這可是軍事法庭——帝國皇家軍事法庭。你只有主動坦白，才能免受嚴厲而公正的懲罰。」
被告的資料被弄丟的時候，貝爾尼斯可是有他自己特殊的一招。就像我們瞭解的那樣，其實這一招也沒什麼特別的。如果此類審問和反覆盤問總是一無所獲，那我們也不必大驚小怪。
貝爾尼斯總覺得他自己是如此富有洞察力，不用被告的材料，不用知道對方是因何事被控告或者是為何被關到守備部隊監獄，只要觀察他要審問的人的行為和麵相，他就能推斷出他們被關的原因。
對於人性，他擁有深刻的瞭解和洞察力。一次，一個吉普賽人（他在百貨商店替店主打雜）因偷了幾打襯衫被團部送到守備部隊監獄，結果他卻指控這個吉普賽人犯了政治罪。但是據其本人陳述，他只是在某處的酒吧和幾個士兵談了談建立由斯拉夫國王統治、由波希米亞王室國土和斯洛伐克組成的獨立國家。
「我們有物證。」他對這個不幸的吉普賽人說道，「你別無選擇，只能坦白交代酒吧具體地點、那些士兵的所屬兵團、當時在場的人以及說此話的具體時間。」
這個倒霉的吉普賽人只好編造了時間、地點和所謂的聽眾的團編號。審問結束後，他乾脆就從守備部隊監獄逃跑了。
「這麼說你什麼也不想承認？」貝爾尼斯說道，而帥克仍保持著死一般的沉默。「你不交代自己為什麼被抓，為什麼被關進監獄，是吧？你應該在我親自告訴你之前坦白。我再警告你一次，你最好坦白承認。這樣有利於調查，還可以減輕你的罪責。從這方面來講，這裡跟民事法庭並無兩樣。」
「報告長官！」帥克和善地說道，「我之所以被關在這裡是因為我是一個棄兒。」
「此話怎講？」
「報告長官，我可以清晰明瞭地解釋這個問題。我們那條街上有一個煤炭商，他有一個兩歲大的可愛的兒子，天真無邪。這個孩子曾經從維諾赫拉迪一路步行到裡本。在那裡，一個警察發現他正坐在街頭，於是就把他帶到了警察局，並把他關了起來——一個兩歲的孩子啊！您也明白，這個小男孩可是清白的，但他還是被鎖起來了。如果他能說話，如果有人問他為什麼被關在那兒，其實他也答不上來。我的情況跟他十分相似。我也是個棄兒。」
軍法官用他那犀利的目光迅速地把帥克全身上下打量個遍，之後目光柔和了許多。他覺得他眼前的這個人透露著清白和無辜。貝爾尼斯開始在辦公室裡緊張地踱來踱去。如果他沒有答應牧師可以帶走帥克，鬼知道帥克將會遭受什麼樣的下場。
最後，他在桌子邊停了下來。
「聽著！」他對帥克說道，這時帥克正在他面前呆呆地看著，「別再讓我碰到你，否則有你好看的。把他帶下去！」
帥克被帶回十六號牢房的時候，貝爾尼斯派人把獄長斯拉維克叫到他跟前。
「現在決定將帥克交由牧師處理。」他簡短地說道，「給他開具釋放證明，再派兩個人把他押到牧師那兒去！」
「長官，押送途中要給他戴上手銬嗎？」
軍法官用拳頭猛擊了一下桌子。
「你這個蠢貨！我已經明明白白地告訴你給他開具釋放證明了。」
那天，軍法官對林哈特上尉和帥克積下的所有怨氣，頃刻間像湍急的河流一樣一股腦地潑到了獄長頭上。最後，貝爾尼斯說道：
「你知不知道，你簡直是個一流蠢貨？」
這是句只能對國王和皇帝說的話。雖然他只是個沒有什麼皇家身份的普通獄長，但聽了這句話仍然很不高興。在從軍法官的辦公室回來的路上，他猛踢了一個正在清掃走廊的服役犯人一腳。
對於帥克，獄長決定至少讓他在守備部隊監獄多待上一晚，讓他多享受享受。
在守備部隊監獄度過的那晚將給帥克留下最深切的回憶。
緊挨著十六號牢房的就是「黑洞」，一個用作單人監禁的陰暗洞穴。那晚，「黑洞」裡傳出一個戰士的鬼哭狼嚎。由於這名戰士違反紀律，勒帕軍士長奉獄長斯拉維克之命，將其肋骨打斷。
嗥叫聲停止後，十六號牢房傳來了犯人們掐蝨子的聲音。
一個裝著鐵護網的煤油燈從門上的牆洞裡發出微弱的光，並冒著煙。石蠟的味道與常年不洗澡的人的汗味和尿桶的惡臭混合在一起。每次有人用過尿桶後，十六號牢房都會激起一股新的惡臭。
糟糕的伙食使這裡的每個人都消化不良。大多數人還要在寂靜的夜裡忍受著寒風。而他們只能相互開開玩笑。
走廊裡可以聽到哨兵整齊的步伐聲。看守時不時地開啟門上的窺視孔，向內巡視。
中間的一張床上，有人小聲地說道：「在我企圖逃跑、被關到你們這兒之前，我是在十二號牢房。那裡是關押輕罪的犯人。他們曾抓來一個鄉下的小夥。這個好小夥被關了十四天，原因是他收留了士兵過夜。剛開始他們覺得這是個陰謀，可是後來證實他只是為了錢才這麼幹的。他本應被關在罪行最輕的牢房。但是因為那裡已經滿了，他就到我們這兒來了。他什麼都從家裡帶，家裡人還經常給他捎東西，因為他獲准可以自己帶食物，可以住得舒適一點。他還可以吸菸。他帶了兩個火腿、大塊大塊的烤麵包、雞蛋、黃油、香菸——總之，他那兩個背包塞滿了你所有想要的東西。並且這個蠢貨總想獨吞。我們祈求他把食物分給我們一點，因為他根本沒有意識到應該像別人那樣有福同享。但這個吝嗇的混蛋拒絕分享。他被關了十四天，監獄分發的捲心菜和爛馬鈴薯使他倒胃口。他說他會把監獄分發的所有食物和麵包送給我們，因為他不稀罕。他還說我們可以一起分著吃或者輪流吃。我想說他可真能裝，他甚至不願意用尿桶，寧可憋到第二天放風的時候去院子裡的旱廁所。他甚至還自帶手紙，他可真是被慣壞了。我們告訴他並不稀罕他那份食物，於是我們堅強地忍了三天。那個蠢貨大口吃著火腿，把黃油抹在麵包上，還剝雞蛋吃。總之，他過得跟養尊處優的豬一樣。他還吸菸，但從不給別人吸一口。還說監獄裡不讓我們吸菸。要是守衛看見他給我們吸菸，他會被鎖起來的。就像剛才說的那樣，我們忍耐了三天。但是第四天夜裡我們忍不住了。那個蠢貨醒得很早。我忘了告訴你們，每天一大早、中午和晚上，在大吃大喝之前，他都會禱告好久。這次也不例外，他禱告後，到床下去找他的背包。當然，他的背包還在那兒，但是已經空了，乾癟癟的，只剩下手紙。他開始大叫有人偷了他的東西。五分鐘後，他想可能我們只是開開玩笑，把他的東西藏到了別處。他還很高興地說：‘我知道你們是逗我玩兒的，你們會把東西還給我的。不過你們做得可真是天衣無縫。’我們中有一個從裡本來的小夥子，他說道：‘聽著！你用毯子把自己包起來，數到十，然後再瞧瞧你的背包。’他真的把他自己包起來，開始數一二三……，就像一個很聽話的小男孩。裡本來的小夥子又說道：‘你不能數這麼快，你必須慢慢數。’就這樣，他在毯子裡一字一頓地慢慢數著：一、二、三……當數到十的時候，他從床上爬起來去看他的背包。‘天啊，夥計們！’他又大叫起來，‘跟以前一樣啊，還是空的。’他臉上那愚蠢的表情把我們逗得肚子都快笑破了。裡本來的小夥子又說道：‘再數一遍吧。’我覺得經過這一切之後他肯定是瘋了，他居然又數了起來。數完後，他看到除了手紙還是什麼都沒有。此時，他開始砸門並大喊：‘他們偷我的東西！他們偷我的東西！救命啊！開門！看在老天爺的份上，開門啊！’這一叫可好，頃刻間跑來了很多人，獄長和軍士長勒帕也被叫來了。我們都異口同聲地說他瘋了，東西並不是我們偷的，而是昨天他一直吃到深夜把所有東西都吃光了。他一邊哭一邊堅持說道：‘那也應該會留下碎渣子啊。’之後他們開始找碎渣，但是什麼也沒找到。因為我們也夠聰明，沒能吃光的東西被我們放進小盒子用繩子吊上了三樓。儘管那個蠢貨堅持說：‘總會留下點碎渣子啊。’但是他們在我們身上找不到任何證據。一整天他什麼都沒吃，仔細地觀察著是否有人吃了什麼或吸了什麼。第二天午飯時間他依然沒有吃派發的食物。但是到了晚上，他似乎對爛馬鈴薯和捲心菜有了興趣。但是他沒有像以前吃火腿和麵包時那樣禱告很久。後來，我們中有一個人不知道怎麼從外面弄來些菸草。他開始第一次同我們講話，讓我們給他抽一口。我們才不會給他抽呢！」
「我還擔心你們會給他抽呢。」帥克說道，「那樣整個故事就被毀了。像那樣的高尚舉動只有小說裡才會有。如果在守備部隊監獄也有，那簡直就是精神不正常啊！」
「你們就沒給他點顏色瞧瞧？」有人問道。
「我們沒想到。」隨後，他們就該不該給他點顏色的問題輕聲討論了一番。大多數人都覺得應該。
談話漸漸停止了。他們時不時地撓撓腋窩、前胸和肚子，快要睡著了——他們內衣裡肯定有很多蝨子。睡覺時，他們用滿是蝨子的毯子蒙著頭，這樣煤油燈的光亮就不會照射到他們了……
早上八點的時候，帥克被叫到了辦公室。
「辦公室大門左側有一個痰盂，他們經常往裡面扔菸頭。」一個人提醒帥克，「二樓也有一個。他們九點才打掃樓道，所以你可能會撿到點兒什麼。」
但是帥克讓他們失望了。他再也沒回十六號牢房。十九個穿著短褲衩的人胡亂地猜測著帥克的下落。
一個滿臉雀斑、想象力非凡的後備軍人散佈訊息說帥克射死了上尉，將會被帶到莫托爾的打靶場行刑。