首飛梯隊選定時，距離執行飛行任務只剩下了一個月。這段時間，訓練的重點轉向飛行程式和實際執行任務。

中國航天員訓練和整個航天工程的進展是同步的，沒有前車之鑑，沒有成功範例，摸索中進行，過程中有很多不成形的、不停變化的狀態，形式和內容都不可能固定。

比如，我們的訓練是針對神舟系列飛船的，但當時神舟系列飛船的技術狀態並沒有完全定下來，因此，隨著飛船技術和功能的調整，訓練大綱和操作細則都必須隨時跟著調整，而每調整一次就要重新學一次。打個比方說，相當於在建學校的同時要把學生培養出來，教學大樓還沒蓋好呢，我們就要想象坐在教室裡上課是個啥樣，有的課老師還沒有，就要找老師，發現還得補上一門課，就得再找老師。

而到了這個階段，整個航天工程絕大部分技術內容都已經定型，訓練目標和訓練內容才變得明晰和確鑿。

這一個月的強化訓練，主要在飛行程式模擬器中進行。用飛行程式模擬器、飛船運動人工控制模擬試驗系統等裝置，進行正常飛行、應急飛行以及飛行過程中各類故障的判斷和處理，有針對性地反覆訓練。

對這些內容的考評，將決定誰成為首飛航天員。

其實，相關的操作，我們已經訓練了無數遍，尤其我們首飛梯隊的三個人，都是優中選優的勝出者，那麼怎樣才能在三個人中間拉開檔次呢？這時，專家們給我們設定了一些陷阱。

比如，按正常程式，航天員進艙後首先要對飛船的初始狀態進行檢查，專家們這時就會故意把狀態設定錯，看我們能不能及時發現，發現後怎麼處置。雖然訓練過程都一樣，但是我們面對問題的表現肯定是有差別的，哪怕只是細微差別，專家們都會做出評判。

我們連續進行了五次模擬程式考試，我五次的成績分別是：99.5分，99.7分，100分，100分，100分，仍然排名第一。

9月初，李繼耐總指揮親自主持，召開了評選委員會會議，以無記名投票方式對我、翟志剛、聶海勝三人進行了排序，當時的結果並沒有公佈，儘管如此，我心裡還是有比較清楚的感覺：我可能排在第一位，首飛有可能是我。

2003年9月14日，全體航天員來到酒泉衛星發射中心，也就是神舟五號發射場，進行最後的訓練和選拔。

9月21日到9月24日，首飛梯隊的三人進行「人—船—箭—地」聯合測試演練。

到了這個時候，可以說我已經對飛船的飛行程式和操作規程滾瓜爛熟、倒背如流。

比如，飛船在實際發射時，起飛後3分20秒左右，罩在座艙外的「整流罩」將按程式被拋除，航天員在此時可以見到舷窗外的天空。在演練時，這隻能是一種想象中的景況，不會實際發生。因此，指揮大廳裡的老總們誰也沒料到航天員在此時會有什麼反應。