朱允炆當然並不知道臣下的這些義舉，他燒燬了自己的宮殿，然後不知所終，於是歷史上最大的疑團之一誕生了。但其實這個疑團並不是由朱允炆的失蹤開始的，早在朱棣攻入京城時，北軍就接到了一個奇怪的命令，即不入皇城，而是退守龍江驛。很明顯，朱棣並不想背上殺掉自己侄子的罪名，他圍困皇城，給朱允炆自絕或是讓位的時間。

但朱允炆的選擇卻出乎他的意料，燒燬宮殿說明朱允炆並不想讓位，但這位有幾分骨氣的侄子卻也沒有自殺，因為在入宮後，朱棣並沒有找到朱允炆的屍體。既不退位，也不自殺，那就只剩下逃跑了。

朱允炆的下落從此成了千古之謎，當然，是有答案的。