尼基弗魯斯如今成了皇位最強有力的爭奪者。與阿萊克修斯不同，尼基弗魯斯乃「出身帝王家」(porphyrogennetos，字面意思是「出身於紫色之中」，因為皇宮裡的臥室都是紫色的，因此在位皇帝的孩子都是出生在紫色的環境之中)。他的性格也很堅毅強勢：具有天然的魅力，富有吸引力，長相英俊。就連安娜·科穆寧娜也對此印象深刻：「他身體強壯，號稱能與巨人抗衡；肩膀寬闊，金髮碧眼，比同輩人都要高出一個頭。人們要是看見他在馬背上打馬球、射箭或一邊疾馳一邊揮舞長矛，準會驚得目瞪口呆，覺得自己一定是看到了不世出的天才。」sup45/sup
1094年，皇帝準備出征巴爾幹，而尼基弗魯斯也決定趁機起兵。他不打算假手他人，而是要親自動手殺掉皇帝。一天傍晚時分，尼基弗魯斯臂下藏著一把劍，接近了皇帝的營帳。但據說他並沒有找到下手的時機，因為帳中有個年輕女僕在為睡著的皇帝扇扇子驅趕蚊蟲，還有隨同皇帝出征的皇后也在場。不久之後，尼基弗魯斯再次失敗，這一回是去洗澡的路上，一名侍衛發現他攜帶了武器。sup46/sup
得知尼基弗魯斯的這些可疑行為之後，阿萊克修斯請自己的弟弟阿德里安(時任西部軍隊統帥)悄悄進行干預，以免發生公開的衝突反而威脅到自己的皇位。可是其實阿德里安對第歐根尼兩兄弟的計劃知道得比皇帝還多，他佯裝查了一番，然後覆命說在所謂的嫌疑人那裡什麼也沒找到。sup47/sup皇帝此時只能採取更粗暴的手段了，他逮捕了尼基弗魯斯，還對其用了刑，最終尼基弗魯斯招供了一切。
當阿萊克修斯確切地知道了有哪些人參與過這場陰謀後，他震驚了。sup48/sup其中既包括前皇后瑪麗亞(米哈伊爾七世和尼基弗魯斯三世·伯塔奈亞迪斯的妻子，她曾與阿萊克修斯關係親密)，也包括他姐姐瑪麗亞·科穆寧娜的丈夫米哈伊爾·塔榮尼特斯(michaeltaronites)。sup49/sup此外，尼基弗魯斯還贏得了元老院中的主要人物、軍中高階將領，以及有影響力的貴族們的支援。sup50/sup提供了關於這一時期主要相關記錄的《阿萊克修斯紀》當中沒有指明這場叛亂具體涉及了哪些人，為了避免直接敘述令人尷尬的叛亂情節，書中只在一份外交文書中大概勾勒了密謀者的名單。不過，我們依然能夠確定這場密謀的主要支援者，而其中最重要的就是阿萊克修斯的弟弟阿德里安。
這位帝國的西部軍事統帥對尼基弗魯斯來說是一個相當有價值的籌碼。兩人有姻親關係，阿德里安娶了尼基弗魯斯同父異母的妹妹。而阿德里安似乎也知道前一次謀反活動的細節，說明那次謀反他可能也參與了。sup51/sup還有一個證據也表明他曾參與其中：密謀暴露後，他就消失了。
阿德里安在第一次十字軍東征中沒有起到任何作用，他既沒有指揮衛隊，引導十字軍穿越拜占庭領土，前往君士坦丁堡，也沒有在他們抵達都城時予以接待。當皇帝一方與十字軍一方發生爭執而暴力相向時，皇帝別無選擇，只能動用軍隊來對付騎士們，此時也同樣沒見到阿德里安的蹤影，受命帶兵反擊的是其他人。1097年，無論在尼西亞圍攻戰之前、之中還是之後，他都沒有出現。儘管他是帝國軍隊中級別最高的將領，但率領帝國軍隊渡海前往小亞細亞，並引導十字軍去安條克的人，並不是阿德里安。眾多關於十字軍的原始文獻當中，沒有一份記錄過他的名字，抑或隱約提及他的存在。事實上，他此時已經失寵。這就是他之所以在修道院度過餘生，帝國各種昭告文書都不再出現他的名字，12世紀時他的子孫也被排除在權力圈之外的原因。sup52/sup
除他之外，還有一些重要人物從我們的視野當中消失了，這是因為他們也參與了謀反，其中就有尼基弗魯斯·梅里森諾。他曾與阿萊克修斯公開爭奪皇位，失敗後就變成了一個滿腹抱怨的人，經常挑皇帝的刺，是個公開的反動分子。sup53/sup這時他也同樣被悄悄處理掉了。sup54/sup尼基弗魯斯·科穆寧(nikephoroskomenenos)的情況也類似。此人生平不詳，我們只知道1094年之前的某段時間裡，他曾是帝國海軍統帥。sup55/sup而到十字軍東征時，他已經不在那個職位上了，取而代之的是尤斯塔西奧斯·基米內阿諾斯(eustathioskymineianos)。sup56/sup所以，反對阿萊克修斯的不僅是拜占庭的精英階層，就連他自己的家族成員也在拋棄他。
阿萊克修斯的統治此時受到了嚴重威脅。他很快採取行動控制了這場陰謀實際牽涉的範圍。一份流傳甚廣的報告稱，這場陰謀是君士坦丁·都卡斯告訴皇帝的，而這根本不可能是真的。sup57/sup這場陰謀很有力地告訴了皇帝，他的人望已經跌到多麼慘的地步，以致他要被迫依靠謊言來讓大家相信他仍然擁有拜占庭內某些重要人物的支援。前任皇后瑪麗亞參與的訊息也被封鎖，沒讓公眾得知。sup58/sup《阿萊克修斯紀》表明，有許多重要人物以及軍中要員都參與了這場陰謀。sup59/sup而此時皇帝的支援者「已經僅限於很少幾個人，他的生命受到威脅」。sup60/sup
皇帝召集自己的血親和姻親們——也就是安娜·科穆寧娜所說的「那些真正忠誠於他的人」——開了一次危機應對會議。為了掌控局面，阿萊克修斯鋌而走險：他宣佈第二天要召開一次大集會，向所有跟隨自己出徵的人講話。第二天黎明時分，一行人跟隨阿萊克修斯來到他的營帳前，面向集結等待的軍隊。氣氛緊張肅穆得讓人受不了。sup61/sup
忠於阿萊克修斯的人站在他旁邊，手持刀劍。瓦蘭吉衛隊圍成一個半圓，肩扛他們的武器重斧，從後面護衛著皇帝。阿萊克修斯沒有穿著帝王的長袍，而是身著普通士兵的衣服。這麼做是充滿了象徵意義的。如果他在這場集會中被亂刀砍死，那也是作為一名戰鬥計程車兵倒下的。皇帝的統治和拜占庭帝國的命運此時似乎都已經到了生死攸關的轉折點。
「你們都知道，第歐根尼在我的手上沒有遭受什麼苦難，」阿萊克修斯說道，「把帝國從他父親手中奪走的不是我，而完全是其他人。我也不是他遭遇的任何苦痛和邪惡的源頭。」皇帝說，雖然他一直在照顧著尼基弗魯斯，尼基弗魯斯卻總不知感恩，全然自私自利。阿萊克修斯繼續說道，雖然自己不斷原諒他們詆譭皇帝甚至陰謀推翻皇帝的行為，可第歐根尼卻完全以怨報德。「然而，我這些好意卻完全無法扭轉他的叛逆之心。相反，他的感恩方式就是要置我於死地。」sup62/sup
讓皇帝感到欣慰的是，他的演講立刻引發了聽眾的激越反應。有人大呼，他們不希望任何人取代阿萊克修斯稱帝。但這種反應並不是人們迎合他才說的，而是因為他們感到恐慌，害怕皇帝的衛隊要對聚集起來的眾人展開一場大屠殺。等阿萊克修斯說，只要人們能供出首犯們，讓他們得到應有的處置，就將寬恕和赦免在場的眾人，人群中才爆發出一陣亂鬨鬨的聲響。「聲浪轟然，在場的人從未聽聞過這樣七嘴八舌的場面。有人讚揚皇帝，歎服於他的善意和寬容，其他人則在詛咒(謀逆的主犯們)，堅稱要把他們處死」。sup63/sup
最終，主謀們雖然罪孽深重，卻還是被免去了死刑，只是被剝奪了富貴恩寵，遭到流放。尼基弗魯斯·第歐根尼和他的頭號幫兇卡塔卡隆·愷考梅諾思(katakalonkekaumenos)被刺瞎。sup64/sup但是，此次謀逆顯露出的反對力量如此之強，還是讓阿萊克修斯感到震驚。據安娜·科穆寧娜所說，這場叛亂對他的身心健康都產生了極大的影響。sup65/sup安娜稱，在她父親其後的統治期裡，焦慮始終揮之不去，有時竟令他無法呼吸。sup66/sup
雖然11世紀90年代初拜占庭在小亞細亞的種種挫敗是人們想罷黜阿萊克修斯的主要動因，但點燃帝國精英們怒意的導火索，卻是阿萊克修斯皇帝做出的大規模征討西北部邊界的決定。這個決定讓精英們覺得自己在帝國心臟區域的利益被有意忽視了。阿萊克修斯1081年奪取皇位後能順利執政的核心要素，就在於他鞏固了權力，建立了一個每項人事任命、每次軍事行動以及每項政策都出自他自己的政治體系。而這也意味著貴族的權威和影響力被削弱，這是間接地通過強化皇帝居於中央的角色，以及直接地通過削減甚至取消俸祿而形成的。沉重的賦稅、官方的利潤盤剝，以及出於政治目的的財產充公，也起到了削弱拜占庭統治階級的作用。
這樣對待帝國的貴族們，已經將阿萊克修斯的統治逼到了崩潰的邊緣。1094年發現並處理了第歐根尼的謀逆事件之後，阿萊克修斯一回到君士坦丁堡，就馬上開始了對統治階層的肅清。在他統治前半期曾位居高位的那批人如今全被一批新人取代。新官員的選取標準不是家世、政治背景抑或自身的政治重要性，而是更加直接明確的標準：完全忠於阿萊克修斯。這次肅清主要的受益人就包括來自西部行省的一些人。這其實也是帝國本身的一次重塑，標誌著權力分配上的決定性轉移：從舊的拜占庭王朝的安納托利亞貴族手中，轉移到了一批來自色雷斯的新崛起的家族手中。
也有其他人飛黃騰達。第歐根尼謀逆之後，曼努埃爾·伯托米特斯(manuelboutoumites)首次出現在了歷史記錄中，從一個籍籍無名之輩，一躍成為掌管拜占庭帝國若干最重要職責的人。他將在第一次十字軍東征中扮演重要角色。尤邁西奧斯·費羅卡勒斯(eumathiosphilokales)為人粗魯頑固，以致有位聖人曾覺得連祈禱也無法拯救他。但他卻從伯羅奔尼撒的邊緣地方被提拔了上來，阿萊克修斯對塞普勒斯的權威一確立，就任命他為該島總督。sup67/sup還有像尼科塔斯·卡里克斯(niketaskarykes)和尤斯塔提奧斯·基米涅阿諾斯(eustatioskymineianos)等人，也在這次反叛發生之後得到了提拔。sup68/sup而尼基弗魯斯·比倫尼奧斯則由皇帝親自指定，代替君士坦丁·都卡斯，成了安娜·科穆寧娜的未婚夫。sup69/sup
1094年的鉅變使得更多的異邦人升到了高位。十年前開始為皇帝服務的諾曼人彼得·阿里法斯，此時更加受到皇帝的倚重。sup70/sup帝國海軍則交給了蘭道夫(landulph)指揮。他的名字顯示出他的倫巴第出身，而他也成為第一個指揮帝國艦隊的非拜占庭人。sup71/sup與此同時，一向備受器重的塔提基奧斯這時已經被推到了軍中頂峰，他也將在第一次十字軍東征期間承擔一項極為敏感和重要的任務。sup72/sup
只有極少數的高層官員在這次清洗中倖免。喬治·帕萊奧羅格斯和約翰·都卡斯沒有退出歷史舞臺，前者將在與十字軍的談判中極力為皇帝爭取權益，後者則與君士坦丁·達拉森諾斯一道，sup74/sup率軍收復了小亞細亞西部。sup73/sup要知道將舊的一批帝國護衛全部清理掉是有風險的。不分青紅皂白把所有曾經支援過第歐根尼或曾表示出不滿的人都清理掉，會造成真正的危險狀況。因此，在某些情況下，清理是分階段進行的。比如尼基弗魯斯·梅里森諾在這次叛逆之後的好幾個月，都還活躍在1095年春對庫曼草原游牧民族的征戰中，只是受到了新提拔的高階將領們的監視，此後，就慢慢地消失在了歷史舞臺上。sup75/sup
儘管做出了種種努力，阿萊克修斯對權力的控制仍然有些不太牢靠。1095年伊始，這種狀況變得更加明顯。當時有訊息傳來，稱一個兇猛的庫曼部落託戈塔克(togortak)已經越過了多瑙河，正在進攻帝國領土。據說與庫曼人一道前來的一人自稱列奧·第歐根尼(leodiogenes)，是皇帝羅曼努斯四世之子，他想趁拜占庭國中人心浮動及他「兄弟」尼基弗魯斯·第歐根尼的叛亂剛被平息之際，尋機挑事。此人一路引領庫曼人來到色雷斯的阿德里安堡(adrianopole)，將這個重要城鎮重重圍困了好一段時日，而庫曼游牧民又在巴爾幹半島的別處製造了恐慌氣氛。sup76/sup儘管庫曼人最終回到了多瑙河對岸，但拜占庭的危機卻仍然在持續發酵。
然而，最緊迫的問題還是重新徵服小亞細亞，尤其是收復尼西亞。阿萊克修斯之前本想用計收復該城，但收買或騷擾其守軍的方法都沒有奏效。sup77/sup剩下的解決方案就只有一種了：艱難的圍城戰。但這需要有相當的軍力，最好是有一支擅長攻堅戰的軍隊。而阿萊克修斯需要的這種人力和技術來源，顯然只有一個。
希臘中部城市，塞薩利大區首府。——譯者注
小亞細亞古代城市，當時位於密西亞(mysia)域內，赫勒斯滂海峽(今達達尼爾海峽)沿岸。——譯者注
指其他民族(主要是拜占庭希臘人)與游牧野蠻民族的混血兒。——譯者注
阿萊克修斯一世手下一員大將，生平不詳，曾出任拜占庭帝國的東部兵馬大元帥(stratopedarches，希臘語直譯為「營帳總管」，此官銜的高低根據時期不同有所差別，但在10—13世紀的拜占庭帝國中是軍中最高等級的官職之一)。——譯者注
曾支援阿萊克修斯奪取皇位，但1092年卻聯合他人謀叛。——譯者注
約等於8093平方米。——譯者注
小亞細亞弗裡吉亞地區的古代城市，位於今土耳其代尼茲利市以北約6公里處。從其城市河港可直接航行入地中海。——譯者注
英文通常寫作mopsuestia。古代城市，位於今土耳其阿達納以東約20公里處。從其城市河港可直接航行入地中海。——譯者注
今土耳其安塔利亞，位於安納托利亞海岸，鄰陶魯斯山脈，是土耳其在地中海沿岸的最大港口城市。——譯者注