朱由檢下旨「勘查」袁崇煥罪狀，內閣票擬：袁崇煥擅自處死毛文龍，與後金談判，導致敵軍進犯，是欺藐君父、失誤封疆的大罪。
為慎重計，已經下定決心的朱由檢在乾清宮暖閣召見內閣大臣，商議處決袁崇煥之事。隨即又在平臺召見內閣、五府、六部、都察院、通政司、大理寺、翰林院、六科以及錦衣衛堂上官，共同商議對袁崇煥的處決事宜。
朱由檢道：「袁崇煥辜負朕的託付，一味欺騙隱瞞，為了與後金談判，而處死毛文龍，縱敵長驅直入，頓兵不戰，遣散四處勤王援軍，種種罪惡，不可勝數。」然後用詢問的口吻問道：「三法司如何判決？」
「依律磔之！」
所謂「磔」，就是凌遲處死，即寸寸臠割至死，俗稱千刀萬剮。
朱由檢又道：「眾卿以為如何？
周延儒帶頭道：「袁崇煥的罪實在不可寬恕。」
既然大家意見如此一致，朱由檢立即命令刑部侍郎塗國鼎前往監督行刑。並說道：「諸臣欺罔矇蔽，從無一份奏疏揭發奸惡，你們都應當洗心滌慮，多為國家考慮。」
袁崇煥妻妾子女及兄弟流放至二千里以外，其餘人等不加追究。[.la超多好]
大小臣等連忙叩頭引罪。
行刑那天，場面空前熱烈。
有人說：崇煥無子，家亦無餘資，天下冤之。這個冤，至今也是熱門，不過如果沒有金庸先生杜撰的「袁承志」，又會有多少人還記得袁崇煥呢？
不管怎麼樣，當時的情景確實和冤案一點相似之處都沒有，沒有人喊冤，只有萬人拍手稱快。
趙謙看著人山人海的場景，也忍不住和韓佐信一起仔細觀看。地點是西市，就是京師西邊那個菜市場。
凌遲處死，殺千刀。負責行刑的刀手姓張，頭扎紅頭巾，也許是為了辟邪，祖傳手藝，工具是牛角刀，也是特製的。袁崇煥的肌肉被魚網勒緊，讓一塊塊肉從網眼裡鼓出來，然後等待一刀刀割掉。
袁崇煥面不改色，接受磔刑。順便說一句，明朝很多當官的實際上不是很怕死，起碼錶現出來不怕死。海瑞就被人說成「以死博直名」。進士出生的文官，比殺人不眨眼的將軍膽子還大。
劊子手從他身上割下一塊肉，圍觀的百姓立即出錢買下，不多久，身上的肉全部割完，竟然開膛破肚，取出裡面的腸胃，百姓一鬨而上，搶奪一空。得到一塊肉的人，喝著燒酒，把肉生吞下肚。面頰上沾滿了血跡，還在唾罵不已。有的人拾得骨頭，用刀斧斬碎。因為這個緣故，袁崇煥的屍體可以說是「骨肉俱盡」。只剩下一個首級，還得傳往長城沿線的九個重鎮，警告那些將領，引以為戒。
這個場面熱烈而詭異，按理說，袁崇煥沒有功勞也有苦勞，為大明社稷流血流汗，就算死於黨爭，平民百姓沒道理這麼興奮。實際上一切都和利益與當時輿論嚮導有關係。很多人全家被人搶了個乾乾淨淨，妻子兒女都被糟蹋了，恰好這時有人說是袁崇煥的罪魁禍首，說得頭頭是道，且袁崇煥確實有那個嫌疑，於是，不恨他，恨誰呢？
有人說群眾的眼睛是雪亮的，但是眼睛看到的東西不一定全是真的，很受輿論的影響，就像有人說的：一個人說你不信，一百個人說，不信也得信了。現代的輿論掌握在媒體手裡，媒體又掌握在黨和人民手裡，而大明時期的輿論，掌握在文官集團手裡。
嚴嵩的名字寫在了奸臣傳裡面，大家都說他是奸臣，原因是他得罪了「清流」，比如整死了夏言。實際上這個大貪官的家產還沒有說他是貪官的徐階多。