朱元璋率領部隊渡江，先後順利攻佔了採石、太平，正當朱元璋躊躇滿志地想要攻打金陵之時，元軍開始反撲了。
六月六日，元軍實施反撲，兵分兩路襲擊太平。一路是水軍，由元右丞阿魯灰、中丞蠻子海牙等人統領，用無敵艦隊橫截採石江面，全面封鎖姑溪河口，想要截斷朱元璋的退路，將紅巾軍一網打盡；還有一路是陸軍，由地方附元勢力陳野先和康茂才等人帶領，由北向南攻擊太平城。
朱元璋精通兵法，採取各個擊破的策略，先設計打敗陳野先，再派徐達、鄧愈等人帶兵繞到元軍後方，並在襄城橋設下伏兵，前後夾擊陳野先，將其俘虜。
當士兵將陳野先押到朱元璋面前時，朱元璋連忙上前，親自為其鬆綁，並設下酒宴款待此人。在觥籌交錯之際，朱元璋表示自己願意與他結為兄弟，希望他能夠投降起義軍。陳野先是個牆頭草，他見自己被朱元璋所俘，倘若不投降，勢必性命堪憂，於是便順勢投降了朱元璋。
到了十二月，蠻子海牙不甘失敗，捲土重來，帶兵封鎖採石江面，阻斷南北交通，企圖攻奪太平。朱元璋親率常遇春、馮國用等人採用火攻，焚燬元軍艦船，大獲全勝，俘虜近萬人。
這時，朱元璋看了看不遠處的江南重鎮金陵，決定讓張天佑率領陳野先等人帶兵攻打。其實陳野先被俘投降乃是無奈之舉，權宜之策，並非出於真心。此人一直在等待機會脫身，重新效命元朝。因此，他覺得此次跟隨張天佑帶兵攻打金陵便是個絕好的機會，於是暗中悄悄地告訴部下，說此次攻打金陵，只要裝裝樣子，出工不出力即可。手下們聽了後，一個個欣然同意。
有陳野先等人從中搞鬼，起義軍人心不穩，更別談打仗了，結果張天佑等人被金陵城中的元軍打得大敗而回。
至正十五年九月，朱元璋不甘失敗，又命令起義軍再次攻打金陵。這次，陳野先更加過分，竟然跟城中的元軍串通好，在戰場上突然倒戈相向。起義軍被打了一個措手不及，郭天敘、張天佑也戰死了。
陳野先也算是元朝的頑固分子了，打敗起義軍後，率領部隊窮追不捨，一直追到溧陽。當時溧陽城中的元軍聽說陳野先已經投靠了起義軍，卻不知道他後來又叛變的事情。於是將陳野先捉住，砍下他的人頭向朝廷請功去了。
嗚呼哀哉，世界上最可悲的人莫過於此了！陳野先一心向著元朝，他本以為自己賣命攻打朱元璋的起義軍，回到元朝就可以做他的大將軍，最後卻枉送了性命。這正應了那句「聰明反被聰明誤」，可悲可嘆！
由於陳野先的反水，致使起義軍兩次攻打金陵，卻大敗而回。起義軍士氣十分低落，像是頭頂上飛滿了烏鴉，但是這兩次失敗對朱元璋來說，或許並非一件壞事。因為都元帥郭天敘（一把手）和右元帥張天佑（二把手）都戰死了，三把手朱元璋終於成為了真正的一把手。
朱元璋同志派人兩次攻打金陵，均是大敗而回。朱元璋自起事以來，頭一回觸到了那麼大的黴頭，心中自是有些惱怒。朱元璋從來不是一個遇難而退之人，越是遇到不可戰勝的困難時，越會激發他那種永不言敗，勇攀高峰的勁頭，當然金陵也不例外。
至正十六年（1356年）三月，張士誠在長江三角洲地帶聚集重兵，猛烈攻擊江南元軍。朱元璋見此，大喜，知道江南元軍此時正和張士誠酣戰，哪裡顧得上自己，此時乃是攻打金陵千載難逢的良機。
此時不打，更待何時？於是，朱元璋親自率領水陸大軍三打金陵。
朱元璋這個人有一個很大的優點，就是喜歡總結經驗和搞調查研究。此次攻打金陵連續失敗了兩次，因此這次戰役，他事先做足了準備，經過一番仔細的調查研究，制定了各個擊破的作戰方式。
他先集中義軍主力，掃清金陵外圍之敵，孤立金陵；然後再率領部隊順利攻克江南重鎮金陵，鞏固金陵。
由於江南元軍正在和張士誠開戰，沒有精力應付朱元璋，再加上朱元璋作戰方法得當，三個月後，紅巾軍順利攻取了金陵。
攻破金陵的第三天，朱元璋再接再厲，一鼓作氣，又攻破了城外的陳兆先軍營。這個陳兆先大家並不陌生，他就是前文提到的「世界上最可悲的人」陳野先之子。陳兆先投降後，帳下三萬六千多士兵也紛紛跟著主帥歸降了朱元璋。
如果是自願投軍，積極性自然很高，可是，眼下這些降兵們是吃了敗仗，走投無路之下才歸降，他們對朱元璋不熟悉，個個心存疑慮，他們害怕朱元璋對自己不信任，在部隊裡沒有前途，也許還會吃苦頭，因此難免軍心不穩。
朱元璋是個聰明人，一眼便看出了這些歸降兵們心中的疑慮，於是眉頭緊鎖，思索著對策，過了好一陣子，他的嘴角露出笑容，額頭上的眉頭也舒展開了，一副胸有成竹的樣子。
朱元璋緩緩地來到降軍之中挑選了五百戰士，讓他們代替自己的親兵守衛在自己的營帳外。
朱元璋吩咐完畢，便直接回營帳睡覺去了，只留下親兵統領馮國用和五百戰士。這五百人無不大驚失色，他們怎麼也沒有想到朱元璋竟然會如此信任他們，大膽地把自己的生命安全交給並不熟悉的降兵。既然朱元璋不計前嫌，他們也暗暗發誓，哪怕豁出性命，也要誓死守衛朱元璋的安全。
第二天一早，此事在三萬降軍中傳開，降兵們備受感動，心中疑慮頓消，從此以後，一個個心甘情願地跟隨朱元璋打天下。
朱元璋收服三萬降軍之後，站在金陵城頭，眺望遠處，不由得感慨萬千。
他對著身邊的徐達，說道：「金陵險固，古所謂長江天塹，真形勝地也。倉廩實，人民足，吾今有之。」
徐達回道：「成功立業非偶然，今得此，殆天授也。」
於是，朱元璋下令改金陵為應天府，從此拉開了爭霸天下的序幕。