懸瓠的夏天炎熱多雨，可是對於正在蒐集和分析洛陽資訊的孝文帝來說，也許他時常感受到的是一陣陣的透心涼。孝文帝蒐集資訊的渠道一定很多，其中包括與來自洛陽的各類人員談話。據《魏書·閹官·劉騰傳》，太和二十二年夏，宦官劉騰時任職中黃門，「高祖之在懸瓠，騰使詣行所，高祖問其中事，騰具言幽後私隱，與陳留公主所告符協」。劉騰參與顛覆大馮，為他後來飛黃騰達積累了資本，這次向孝文帝報告「幽後私隱」，可說是關鍵的一步。

《魏書·高祖紀》記錄孝文帝於太和二十二年七月壬午（498年8月5日）釋出了一道詔書：「朕以寡德，屬茲靖亂，實賴群英，凱清南夏，宜約躬賞效，以勸茂績。後之私府，便可損半；六宮嬪御，五服男女，常恤恆供，亦令減半；在戎之親，三分省一。」詔書內容是讓皇室內外為南邊戰事「約躬賞效」，節省開支，其中「後之私府，便可損半」，更是明確地大大減少了皇后的例入。這一措施表面上看並不是針對皇后，但放在孝文帝全面調查大馮並已基本得出結論的背景下，不能不說有一定的針對性。

《北史·后妃傳》所記大馮諸般劣跡，大概是孝文帝后續調查結果中那些可以在小範圍內公佈的內容：

此後（指陳留公主見孝文帝之後）後漸憂懼，與母常氏求託女巫，禱厭孝文疾不起，一旦得如文明太后輔少主稱命者，賞報不貲。又取三牲，宮中祅祠，假言祈福，專為左道。母常或自詣宮中，或遣侍婢與相報答。

這些指控中，也許最令孝文帝驚恐不安的是，大馮想要步馮太后的後塵「輔少主稱命」。製造這一指控的人顯然瞭解孝文帝精神世界最黑暗的部分，知道馮太后留給孝文帝的噩夢般的記憶。當然，這種指控也可以在孝文帝那裡迅速獲得確認，因為符合他對歷史的理解和對現實的觀察。可以肯定，孝文帝的調查結果遠不止這些僅僅涉及大馮私德的事情，一定還關涉過去數年間大馮為扳倒小馮和元恂所使用的諸般手段。只是後者諸項，要麼孝文帝自己負有責任，要麼說出來徒增傷悲，因而完全不見於史。當所有的調查都一再確認陳留公主和劉騰的密告，甚至進一步揭示更多、更驚心的過去與現在時，孝文帝的身心都經受了巨大折磨。最終，當四月間下令召集的二十萬各地援軍陸續抵達懸瓠時，三十二歲的孝文帝終於病倒了。一個多月後他回憶這場病，如此描述：

夫神出無方，形稟有礙，憂喜乖適，理必傷生。朕覽萬機，長鍾革運，思芒芒而無怠，身忽忽以興勞。仲秋動痾，心容頓竭，氣體羸瘠，玉幾在慮。

孝文帝發病的具體時間，現已無法知道，只知道是八月（仲秋）。不過八月辛亥（八月初二，498年9月3日）這一天懸瓠發生了一件大事，那就是「皇太子自京師來朝」。皇太子到懸瓠，當然是奉了皇帝的召喚。從洛陽與懸瓠之間近六百里的距離看，召皇太子元恪來赴的詔命，是七月下達的，絕不會遲至八月孝文帝發病以後。也就是說，孝文帝在七月中下旬已對持續近兩月的調查有了基本結論，之後把皇太子與皇后分開，並把皇太子召到自己身邊，可能是他非常優先的措施。孝文帝對元恪生母高照容的離奇死亡不會全無所知，但惑於大馮私愛，寧願睜隻眼閉隻眼。而且，大馮母養元恪，應該也是他支援並鼓勵的。也許正是因為他的叮囑，元恪中規中矩地母事大馮，大馮更是全力表現母親的慈愛。《北史·后妃傳》這樣描述元恪與大馮的關係：

宣武之為皇太子，二日一朝幽後，後拊念慈愛有加。孝文出征，宣武入朝，必久留後宮，親視櫛沐，母道隆備。

孝文帝和他的父親獻文帝都曾與馮太后有過這樣的關係，不過他們都是在嬰幼兒時期開始這種關係的，不像元恪在進入青春期時才突然失去母親而不得不另認一個母親。一旦瞭解到大馮的另外一面，孝文帝立即意識到這種關係的危險性，關於過去，關於父親之死和自己幾乎被廢的記憶，有如噩夢復現。元恪被召至懸瓠一事，大概應該這樣理解。這一邏輯的自然發展，就是孝文帝也知道了元恂的廢死背後，存在那麼多的神秘外力與精心安排。這不可能不引發他巨大的悔恨與痛苦。以孝文帝的抱負自期與宏圖遠志，當他突然發現自己一直生活在別人的計謀安排之下，怎麼會不迸發「懷疑人生」的絕望？所謂「仲秋動痾，心容頓竭，氣體羸瘠，玉幾在慮」，就是在這一背景下發生的。

皇帝出征，自然有御醫隨侍，而且很可能當時御醫中地位最高的太醫令李修也和孝文帝在一起。李修和徐謇都是獻文帝奪取劉宋淮北四州時獲得的南方醫學人才，兩人也都因在馮太后當權時期的平城宮服務而成為名醫，不過李修資歷高於徐謇，而且更得馮太后信任。《魏書·術藝·徐謇傳》：「文明太后時問治方，而不及李修之見任用也。謇合和藥劑，攻救之驗，精妙於修。」孝文帝在馮太后死後才注意到徐謇：「高祖後知其能，及遷洛，稍加眷幸。體小不平，及所寵馮昭儀有疾，皆令處治。」按本傳的說法，徐謇最擅長的是製作延年益壽的金丹，所以孝文帝對他的重用，似乎主要在食散服丹方面：「謇欲為高祖合金丹，致延年之法，乃入居嵩高，採營其物，歷歲無所成，遂罷。」孝文帝病重時，徐謇正在嵩山上採備合和金丹的材料，所以後來孝文帝說他「馳輪太室，進療汝蕃」。

懸瓠行宮自有國醫聖手，為什麼必須「馳馹招謇，令水路赴行所，一日一夜行數百里」呢？當然有可能因行宮諸醫皆束手無策，或診治不見療效。不過存在另一種可能，那就是已成驚弓之鳥的孝文帝不敢信任身邊這些御醫，因為包括李修在內，重要的御醫都是平城時期深受馮太后恩惠的，與馮家有千絲萬縷的聯絡。徐謇雖然也曾服務於馮太后，可他是個有性格的人，「性甚秘忌，奉承不得其意者，雖貴為王公，不為措療也」。這樣的人，多多少少是在主流之外的。更何況，最近一段時間徐謇一直在嵩山採藥，與洛陽宮各方勢力無染。也許，這才是孝文帝急召徐謇水陸兼程「一日一夜行數百里」奔赴懸瓠的主因。

徐謇到懸瓠，「診省下治，果有大驗」，孝文帝病情頗有好轉。不過，八月和九月的大部分時間就這樣過去了。孝文帝身體虛弱，又關切洛陽宮的大事，哪有心情繼續作戰？於是九月己亥（498年10月21日）「帝以蕭鸞死，禮不伐喪，乃詔反旆」。七天後，「車駕發懸瓠」，大軍北行。據《南齊書》，齊明帝蕭鸞之死在七月己酉（七月三十日，498年9月1日）。孝文帝卻要過了五十天才說「禮不伐喪」，因為這些天裡他自己病重纏綿。待身體稍好可以行動了，孝文帝立即藉口「禮不伐喪」班師北歸。

孝文帝為義陽戰役興師動眾，除了從沔北戰場帶來的數十萬禁軍精銳（主力），還從各地額外徵發了二十萬人（壯聲勢的炮灰），如此陣仗，要是說解散就解散，似乎也不好交代。恰好，被徵發前來懸瓠的高車部落兵厭戰避役，在袁紇（韋紇，即唐代的回紇、回鶻）部落酋長樹者帶領下北逃，驚動了北魏的故都朔州、恆州等地。這時坐鎮平城的是江陽王元繼，他上表孝文帝稱：「高車頑黨，不識威憲，輕相合集，背役逃歸。計其兇戾，事合窮極，若悉追戮，恐遂擾亂。」所謂高車反叛，其實只是逃避兵役，不值得緊張。不過這給了孝文帝一個好機會，使他從懸瓠撤退時有了把大軍繼續聚在一起的藉口——「北伐叛虜」。事實上，孝文帝從來就是打著南征、北伐或巡視的旗號，把最重要的軍力聚在自己身邊。也許在諸般不確定的時刻，只有這樣才能給他帶來安全感。

既然「北伐叛虜」，孝文帝的行軍路線自然是從懸瓠一直向北。然而這次行軍拖沓緩慢，一點也沒有「北伐」的氣象。九月丙午（498年10月28日）離開懸瓠，十一月辛巳（498年12月2日）抵達鄴城，區區九百里，竟走了三十五天。在此期間，孝文帝一直臥病，大概是軍行遲緩的原因之一。不過更主要的原因是孝文帝需要消磨時間。他無意北伐，同時又不打算立即回洛陽，因為回到洛陽時他必須拿出解決方案，而下決心顯然是非常不容易的。正是因此，在鄴城，孝文帝繼續磨蹭，既不北進，又不解嚴，數十萬大軍就這樣聚集在鄴城內外。

在鄴城耗了一個月，收到江陽王元繼從平城發來的報告，說叛亂的高車已經平定。再沒有理由耗下去了，於是十二月甲寅（499年1月4日），孝文帝「乃詔班師」，正式取消北伐，大概來自各州郡的軍隊都可以遣散了。可是，孝文帝仍然不急著回洛陽，而是在鄴城又住了整整一個月。可以肯定的是，孝文帝仍在病中，身體遠未康復（事實上他一直沒有康復，直到去世），而且，他一直忙於洛陽宮內外的人事安排，不過，猶豫和難下決心恐怕才是他久駐鄴城的主因。

至少，孝文帝不願意回到洛陽去迎接新年。太和二十三年的新年正旦（499年1月28日），他在鄴城與群臣共慶新年，以病癒為由賜群臣「大饗於澄鸞殿」。初五這一天（499年2月1日），孝文帝還從容地「幸西門豹祠，遂歷漳水而還」。偏偏在這時，來自沔北前線的報告說，蕭齊大將陳顯達兵至襄陽，即將發起奪回沔北五郡的戰事。如果不是因為這條戰報，孝文帝不知還會在鄴城耗到何時。攻取沔北是他一生最大的軍事勝利，這一歷史榮耀不容有失。於是孝文帝突然加快了節奏，正月乙酉（499年2月4日）離開鄴城，戊戌（499年2月17日）回到洛陽，十三天走了差不多七百里。

大馮早就察覺到皇帝對自己起了疑心，特別是皇帝滯留鄴城時，她的不安和憂懼達到一個高峰。《魏書·皇后傳》：「高祖自豫州北幸鄴，後慮還見治檢，彌懷危怖，驟令閹人託參起居，皆賜之衣裳，殷勤託寄，勿使漏洩。」大馮派出一批又一批宦官前往鄴城探望皇帝，她結好這些宦官，指望他們不說自己的壞話。而且，她還派自己親信宦官雙蒙去探測皇帝的態度：「亦令雙蒙充行，省其信不。」對這些負有多重使命的洛陽宮來使，大概孝文帝都予以接見，言語之間不免虛虛實實、彼此試探。大馮委派的這些宦官不辱使命，都不肯說大馮的壞話（即使皇帝在那裡暗示並引導），只有一個例外：「然惟小黃門蘇興壽密陳委曲，高祖問其本末，敕以勿洩。」從孝文帝對蘇興壽「敕以勿洩」來看，孝文帝的調查一直是秘密進行的。

受沔北戰事影響，孝文帝在洛陽只停留了一個半月。這一個半月當然要處理許多政務，以及主持或出席許多重要儀典，這些事都是公開舉行的，會被記錄下來。當然，最重要的事卻絕對不會公開，甚至也不大可能被記錄（史書所記往往得自參與者事後的回憶或社會上的傳聞，不一定可靠），那就是清算大馮的罪過，並給出明確的「判決」。《魏書·皇后傳》：「至洛，執問菩薩、雙蒙等六人，迭相證舉，具得情狀。」最後的時刻到來了（具體日期已不可考），這是自前年秋天送別之後，大馮第一次也是最後一次見到皇帝。仍在病中的孝文帝，躺在含溫室的病床上，被執的高菩薩等六人立於門外，室內外戒備森嚴，然後叫皇后進來。《北史·后妃傳》：「後臨入，令搜衣中，稱有寸刃便斬。」《魏書·皇后傳》：「後臨入，令閹人搜衣中，稍有寸刃便斬。」文字雖小有不同，孝文帝的緊張與恐懼卻一樣瀰漫於字裡行間。這種緊張與恐懼，是孝文帝二十三四歲之前的日常，現在又回來了。

顯然大馮沒有攜帶任何武器，所以被准許入內，但孝文帝仍對她極為戒備，讓她坐在遠離自己的地方：「後頓首泣謝，乃賜坐東楹，去御筵二丈餘。」接下來，孝文帝讓門外的高菩薩等把先已招供的罪狀再說一遍，然後斥責大馮。《北史·后妃傳》記孝文帝的話：「汝有妖術，可具言之。」《魏書·皇后傳》則記為：「汝母有妖術，可具言之。」大馮是什麼反應呢？她要求旁人都退出，說有機密的話要跟皇帝說（「後乞屏左右，有所密啟」）。皇帝命貼身侍衛都退出，只留下宦官中地位最高的大長秋卿白整，白整「取衛直刀柱之」，就是拿了一把衛士用的長柄大刀，杵著刀立在一旁。大馮見白整在，仍不肯說話。孝文帝用細布塞住白整的耳朵，還低聲叫白整的名字，叫了三次，白整都沒反應，說明他真是聽不見了。於是大馮說了一番話，當然，「事隱，人莫知之」。

這一番神秘的談話之後，孝文帝讓他的兩個弟弟彭城王元勰和北海王元詳進來。二人是孝文帝最信任也最有能力的兩個親王：前者一直隨侍孝文帝，協助處理軍國大務，在孝文帝病重時更是日夜不離病榻；後者留守洛陽，被孝文帝召至懸瓠、委付機密後再返回洛陽，可以說是孝文帝在洛陽的代理人。不過他們兩個都知道後宮深險，所以「固辭」，不敢進含溫室。孝文帝對他們說：「昔是汝嫂，今便他人，但入勿避。」兩人一進來，孝文帝就說：「此老嫗乃欲白刃插我肋上！可窮問本末，勿有所難。」在兩個弟弟面前（以及可以想象的更多人面前），孝文帝的羞愧和他的憤怒幾乎是一樣強烈，或更加強烈。《魏書·皇后傳》：「高祖深自引過，致愧二王。」

最終怎麼處理呢？孝文帝先確定一個原則：「馮家女不能復相廢逐。」小馮被廢，孝文帝已自覺有損清德，一之謂甚，其可再乎？哪怕只為自己的名譽計，也不能再廢一個皇后了。更何況還涉及前太子元恂的諸般冤情，張揚開去有害無益。孝文帝對兩個弟弟說：「且使在宮中空坐，有心乃能自死，汝等勿謂吾猶有情也。」名義上不作任何處理，實際上已視為囚徒，僅在表面上保留她的皇后排場。史書這樣解釋孝文帝何以不廢大馮：「高祖素至孝，猶以文明太后故，未便行廢。」把孝文帝從寬處理的原因歸之於他對馮太后的「至孝」，怕是隻見其表未見其裡。我的理解，孝文帝對馮太后及其家族，恐懼多於感念，循禮多於真情。不廢大馮，與其說孝文帝對馮太后仍存孝心，不如說他礙於清議，自惜羽毛。

元勰、元詳離開後，孝文帝「乃賜後辭死訣」，就是宣佈至死不復相見。「再拜稽首，涕泣歔欷。」大馮回宮後，似乎還不太清楚問題的嚴重，竟對孝文帝派來問話的宦官發脾氣，說：「我天子婦，當面對，豈令汝傳也！」於是孝文帝讓大馮的母親常氏入宮，拿木杖「撻之百餘乃止」。算是讓她認清形勢，面對現實，不再擺皇后的譜。可是，對皇后的處理既不公開，知者有限，她必要的威儀還是要維持。如史書所說：「（皇后大馮）雖以罪失寵，而夫人嬪妾奉之如法。」表面上還是皇后，有基本的面子，實際上已被監控起來。

這些事還沒處理完，沔北戰場傳來了壞訊息。二月「癸酉（499年3月24日），（陳）顯達攻陷馬圈戍」。據《南齊書·陳顯達傳》，陳顯達率領的四萬齊軍，圍攻馬圈四十天，守城魏軍「食盡，啖死人肉及樹皮」，只好棄城而逃。軍情緊急，魏軍如不及時奪回馬圈，沔北各戍可能發生連鎖性的潰敗。孝文帝只好抱病再度親征，三月庚辰（499年3月31日）從洛陽出發。按照他離開時的安排，儘管大馮仍保留表面上的皇后排場，皇太子元恪卻與大馮之間實現了完全的切割，「令世宗在東宮，無朝謁之事」。元恪再也不需要「二日一朝幽後」了，他與大馮之間的母子關係正式解除了。毫無疑問，對於元恪來說，這是自遷洛以來頭一次真正輕鬆的時刻。

孝文帝大軍自洛陽向南，十七天後，三月丁酉（4月17日）到馬圈城下。然而，就在抵達馬圈的前十一天，「帝不豫」，孝文帝的病情忽然加劇。彭城王元勰和在懸瓠時一樣「內侍醫藥，外總軍國之務」。據《魏書·獻文六王·彭城王傳》，孝文帝對元勰說：「牽痾如此，吾深慮不濟。」又說：「吾患轉惡，汝其努力。」而且很可能，這次親征之始，孝文帝就對自己的健康信心不足。據《魏書·景穆十二王·任城王傳》，孝文帝出征前對元澄說：「朕疾患淹年，氣力惙弊，如有非常，委任城大事。是段任城必須從朕。」

幾乎與魏軍大敗齊軍同時，孝文帝病情越來越重，進入危重狀態。庚子（4月20日）「車駕北次谷塘原」（谷塘原在今河南鄧州附近），六天後的四月丙午（4月26日），孝文帝去世。據《魏書·高祖紀》，在死前兩天（三月甲辰，即4月24日），孝文帝做出了一系列重大決定：第一是「詔賜皇后馮氏死」，第二是「詔司徒勰徵太子於魯陽踐阼」，第三是確立六大臣建立新皇帝的輔政班子。實際上，這大概是元勰等在御醫徐謇等確定皇帝即將不治之後，提出的一套對策，讓彌留之際（也許一直昏迷中）的孝文帝認可，當然這並不意味著孝文帝會不同意這樣處理。

《北史·后妃傳》對上述第一條決定有細緻描述，記孝文帝對元勰說：「後宮久乖陰德，自絕於天，吾死後可賜自盡別宮，葬以後禮，庶掩馮門之大過。」彌留之際怎麼會說得這麼囉唆呢？毋寧說是元勰事後解釋遮掩的話。孝文帝死於谷塘原，因敵軍離得不遠，元勰與元澄決定秘不發喪，儀仗軍容不變，裝作孝文帝仍然活著的樣子，繼續北行。到南陽宛城，悄悄把孝文帝屍體裝入棺材，再放進大車裡，仍裝作他還在養病的樣子。一路向北，又走了十天，終於抵達魯陽，與從洛陽來奔的皇太子元恪、孝文帝長弟咸陽王元禧等相遇。四月丁巳（5月7日）正式宣佈皇帝駕崩，同日元恪即位。

很可能是在孝文帝剛死、大軍還在谷塘原時，元勰派使者前往洛陽傳信給皇太子，同時向元禧、元詳等報告噩耗。根據分工，元禧陪太子南奔，元詳坐鎮洛陽。元詳首先要做的，就是執行孝文帝的遺詔處死大馮。《北史·后妃傳》：

北海王詳奉宣遺旨，長秋卿白整等入授後藥。後走呼，不肯引決，曰：「官豈有此也！是此諸王輩殺我耳。」整等執持，強之，乃含椒而盡。梓宮次洛南，咸陽王禧等知審死，相視曰：「若無遺詔，我兄弟亦當作計去之。豈可令失行婦人宰制天下，殺我輩也？」諡曰幽皇后，葬長陵塋內。

算算大馮從立為皇后到「含椒而盡」，不過一年八個月，其中還有超過一半時間處在擔驚受怕中。李善注《文選》引《文子》曰：「有榮華者，必有愁悴。」愁悴來得如此迅疾，也是難以想象。恰如班固所言：「朝為榮華，夕而憔悴，福不盈眥，禍溢於世。」