你要在蘇伊士為一場聖戰做好準備，使艦隊配備好武器、裝滿補給品……你將阻止葡萄牙異教徒的邪惡行徑，將他們的旗幟從海洋上移除。

——蘇萊曼蘇丹致信蘇萊曼帕夏，1538年

從他們在東非的少數幾個戰略要地出發，葡萄牙人向北朝著紅海的入口繼續緊張地搜尋。儘管由於幾十年前阿爾梅達在第烏取得了勝利，奧斯曼土耳其人已被驅逐出印度洋，但是之後他們在埃及獲得的勝利使得他們對亞丁和索馬利亞可以施加更大的影響。如果他們派出一支艦隊沿著非洲海岸向南航行，他們最有可能的目標是佔領蒙巴薩，奪取它優良的天然海港。而且，自從瓦斯科·達·伽馬第一次拜訪那裡之後，當地居民就對葡萄牙人表現出持續的敵意。如果土耳其人佔領了蒙巴薩，在果阿和好望角之間航行的所有船隻都會處於危險之中。

但是，葡萄牙人不願親自去佔領蒙巴薩，因為他們缺少能守住那裡的人力。其他幾個港口也可以作為非洲的黃金、象牙和奴隸等主要出口商品的輸出之處，而且由於莫三比克和馬林迪是過往船隻所需淡水和補給的中轉站，就像羅馬對待迦太基那樣，直接消滅蒙巴薩是一個誘人的解決方案。

1528—1529年，新任命的葡屬印度總督努諾·達·庫尼亞被迫在東非度過6個月，在此期間他曾嘗試摧毀蒙巴薩。大西洋糟糕的天氣嚴重延誤了他的艦隊繞過好望角的時間，以致於這支艦隊沒能趕上可以將他們帶往果阿的西南季風。由於喪失了旗艦和其他幾艘船，達·庫尼亞和他的人意志消沉，只要一想到要在第二年初東北季風停歇之後才能結束在非洲海域的遊蕩，他們就覺得十分苦楚。連續幾個月受阻於馬林迪外部的珊瑚礁，這種狀況還將持續下去，他們簡直無法忍受，因此達·庫尼亞決定強行解決蒙巴薩問題。他提前派信使告訴對方，他的船隻要直接駛入主港，並且在那裡拋錨。

他們的行為令蒙巴薩的蘇丹不悅並且警醒。這座城市對23年前阿爾梅達的艦隊帶來的浩劫和毀壞仍然記憶猶新。蘇丹尋求妥協，同意給他們提供食物和水，但是堅持只有派來取這些供給品的人才能上岸。

這對葡萄牙人而言不夠理想。達·庫尼亞率領下的1500名水手和士兵已經在擁擠汙穢的船上度過了漫長的6個月，他們此時極度渴望踏上堅實的陸地，吃上新鮮的食物。許多人得了壞血病和其他疾病。所以，艦隊立即進入蒙巴薩，強行實現了葡萄牙人的願望。

他們遭遇了港口入口處要塞的強烈炮擊。斯瓦希里人使用的槍炮是從各種失事的輕快帆船和大帆船中打撈上來的。要塞比遭遇阿爾梅達發動的攻擊時堅固得多，這時候有4個葡萄牙叛徒操控這些大炮。這些炮手使得他們的同胞傷亡慘重，但是並不能阻止他們進入港口。他們要求蘇丹投降，當蘇丹表示拒絕時，達·庫尼亞下令轟炸港口。轟炸持續了一整夜，3000名防禦計程車兵用萬箭齊發回擊他們的轟炸。當次日太陽昇起時，一支火槍隊帶領數百人衝上了岸。無畏的葡萄牙軍人再次證明他們銳不可當。

城裡的人逃向大陸，勝利者佔領了整座城市。這本是一場容易的征服，因為葡萄牙一方只有幾個人傷亡。但是當達·庫尼亞從宮殿的屋頂檢閱勝利場景時，他的滿足感註定是十分短暫的。他們與穆斯林游擊隊之間的小規模戰鬥十分頻繁；雨水又不停，一直下到了年末，他的人因為得瘧疾死亡率激增。葡萄牙人的身體已經非常虛弱，而船上的醫生已將放血作為熱疫的一種主要療法。到艦隊繼續前往印度的旅程時，葡萄牙人死於戰爭和疾病的人數已經達到370人。

離開時，達·庫尼亞想從馬林迪指派一個順從的謝赫就任蒙巴薩的新統治者。然而，這是一個接受起來有風險的榮譽，第一個被選出來的人拒絕了，他強調他的母親曾經是一個奴隸，所以他無法升至這樣的位置。另一位候選人要求達·庫尼亞留下150名葡萄牙士兵保護他。鑑於葡萄牙人已經遭受的損失，達·庫尼亞無法滿足他的要求。

因此，達·庫尼亞決定完全摧毀蒙巴薩。他下令推倒所有石制房屋，點燃所有能夠焚燒的東西。根據一位葡萄牙編年史家的記載，「肆虐的火焰、冒煙的柱子，以及倒塌的石牆，使人想起地獄的慘象」。此外，這座城市的商業生活主要依賴的棕櫚樹被一排排砍倒。

達·庫尼亞可以驕傲地向里斯本彙報說，蒙巴薩的要塞被摧毀了，這座城市已化為灰燼。但是，他們為這場勝利付出了高昂的代價，而且該城的居民仍然頑固抵抗。當蒙巴薩的蘇丹返城檢視燒燬的廢墟時，他至少可以對他大難不死以圖來日再戰的臣民感到欣慰，並且他有充足的理由這樣覺得。

在印度洋更廣泛的衝突證明他們不是孤軍奮戰。不到10年，第一批土耳其船隻到東非冒險。從那之後，葡萄牙人的焦慮與日俱增。他們加固沿海的幾個小要塞，懲罰性地突襲支援土耳其的城鎮，並且在1551年再次對蒙巴薩發起攻擊。這次平民從他們背後發起了比上次更大規模的防禦戰，葡萄牙人不得不撤退到桑給巴爾，其統帥的脖子還中了一支毒箭。

但是，土耳其人一再證明他們在印度洋的海戰中無法獲得決定性的勝利。1554年之後，蘇丹的決心有所動搖，因為著名的穆斯林地圖繪製者皮裡·雷斯精心計劃的遠征以失敗告終，而他本人也被殺死。而在16世紀80年代，土耳其的挑戰呈現出一種新的形式，它的領頭者是阿米爾·阿里貝伊——一個大膽的海盜。他與葡萄牙人作過戰，還在1581年突襲了他們在阿曼的要塞據點馬斯喀特。他洗劫了那座城市，並且快速撤退。4年後，他率領兩艘大帆船，再次從紅海出發，但是其中一艘船太老舊了還滲水，以致於他們不得不在繞過非洲之角之前就把它丟棄。

阿里貝伊乘坐第二艘船到達摩加迪沙，在那裡勸說民眾與他們共命運，對奧斯曼帝國宣誓效忠。他被贈予更多的船隻和數百名幫手，然後前往斯瓦希里海岸北端的拉穆和帕泰。這是一場虛張聲勢的勝利。當地統治者，以及遠至南方的蒙巴薩的統治者都派來大使，告訴阿里貝伊他們多麼想擺脫法蘭克人。