除了上世紀90年代推出王晉康、劉慈欣、何夕等新生代作家，在新世紀，《科幻世界》還培養出了中國的更新代作家，包括陳楸帆、飛氘、江波等年輕人。[3]

但21世紀的中國，進入了網際網路時代，人們的閱讀選擇多樣化，《科幻世界》發行量再次下降。2014年不到20萬冊。

我聽雜誌社的編輯說，很多作者不會寫故事，不知道怎麼精彩地表述一件事，打動讀者的心。不知道這跟中國近年的學校教育質量有何關係。

另外，這與科幻出版的重心轉向圖書也有一定關係。2012年後，每年中國出版的科幻書都在100種以上。而科幻第一大國美國大概是400種。

雜誌還遇到了別的衝擊。

秦莉之後，擔任社長的是四川省科協「空降」而來的李昶。

2010年3月21日，署名「《科幻世界》全體員工」的一封公開信在網上流傳，「隨著李昶同志走馬上任，《科幻世界》這本原本極具雄心和視野的雜誌，很快變成了井底之蛙、鼠目寸光。《科幻世界》既沒有近期目標，更無法奢談長遠規劃！」「如果繼續容忍雜誌社一把手李昶同志不懂裝懂瞎指揮、不作為乃至胡作為，剛過而立之年的《科幻世界》很快就將面目全非。那不僅是讀者的悲哀，更是中國科幻的悲哀。」

這封信列舉了李昶的種種「劣跡」，包括一言堂、瞎指揮，要求編輯代作者寫小說，壓縮作者稿費，把封面變成校園廣告，出賣廣告資源，出賣刊號，等等。

這便是轟動一時的「倒主編」的事件，引起全國不少媒體甚至外電的關注。這在中國新聞出版業的歷史上是少有的。

我也參與了進去，在部落格上發表文章，督促四川方面快些解決問題，讓《科幻世界》活下去。當年我來到成都參加銀河獎典禮時，也在講話中發表了這樣的意見。

說不清楚，做這樣的事，是科幻還是不科幻。這件事最終以李昶被停職而告結束。

李昶之後的社長，是另一位由四川省科協「空降」而來的萬時紅。

2014年8月，楊瀟、譚楷、莫樹清、田子鎰、向際純等以《科幻世界》創辦者、退休職工的名義，聯名發表公開信，向四川省紀委、省委宣傳部等舉報萬時紅，這封信的標題是《救救科幻世界雜誌社》，再次引起輿論大譁。公開信要求調查萬時紅大吃大喝數十萬元、違規購買超標汽車、拖欠印廠和作者稿費三百多萬、製造科幻產業園圈地神話等問題。

此外，還有網友在微博發文，披露萬時紅此前的「貪汙案和倒賣新聞記者證案」。

翻開2015年《科幻世界》雜誌第一期，社長萬時紅的名字消失了。副社長劉成樹主持工作。據透露，萬已被停職。

2015年1月8日，四川省新聞出版廣電局和四川省版權局釋出《2014年新聞報刊行政處罰案件（十一）》，因其具有史料價值，全文轉載如下：

2012年9月至2014年4月期間，科幻世界雜誌社以「四川科幻世界雜誌社」的名義，分別與成都翰昌廣告有限責任公司、成都望子成龍外語培訓學校、成都確認廣告傳媒有限公司、北京學海飛舟文化傳媒有限責任公司等4家單位簽訂協議，轉讓期刊《飛》的刊號，出版了《飛·奇幻世界》、《飛·駕趣》、《飛·教子有方》、《飛·boss伯仕》、《飛·素質教育》5種期刊，允許成都確認廣告傳媒公司法人代表、成都望子成龍外語培訓學校法人代表分別出任《飛·boss伯仕》、《飛·教子有方》的「主編」。上述5種期刊超越了《飛》的辦刊宗旨和業務範圍，並且《飛·駕趣》、《飛·教子有方》、《飛·boss伯仕》和《飛·素質教育》的版權頁載明的主編、編輯等人員均未取得出版專業技術人員職業資格。科幻世界雜誌社的上述行為違反了《出版管理條例》第二十一條第一款，《期刊出版管理規定》第三十六條的規定，違法情節嚴重，依據《出版管理條例》第六十六條第一項的相關規定，四川省新聞出版廣電局於2014年11月21日給予科幻世界雜誌社和四川科幻世界雜誌社警告、罰款985600元、責令《飛》停刊整頓4個月的行政處罰。

這在世界科幻史上絕無僅有。所以這是具有中國特色的科幻事件。

《科幻世界》的發展史，一定程度上反映出社會現實的科幻性。

4月下旬，劉慈欣的小說進入美國雨果獎最佳長篇提名。

最高興的人之一，就是姚海軍了。他在微博上發文稱讚。