孫士毅很快意識到，從正常的渠道要想抓住蔡伯多祿基本不可能，葡萄牙人一定會想方設法阻撓。要想讓葡萄牙人乖乖就範，那就要斷了葡萄牙人的生路。孫士毅非常清楚，澳門的食物都是依靠廣州供應，只要封鎖澳門，葡萄牙人就會乖乖地交出蔡伯多祿以及其他的天主教徒。孫士毅立即又派官員到澳門，非常強硬地警告葡萄牙人，如果不交出蔡伯多祿一干人馬，廣東就封鎖澳門。
澳門的葡萄牙人之前一直搪塞孫士毅，主要是葡萄牙駐澳門總督華利亞到果阿出差去了。孫士毅的通牒下達後不久，華利亞就從果阿回到了澳門。華利亞對孫士毅的脾氣秉性不瞭解，所以態度非常地強硬，就是堅決不交蔡伯多祿，甚至還提出一個侮辱大清帝國的理由：澳門當局不對中國逃亡者負責任，澳門是向所有人開放的，無法阻止逃亡者的入境。
華利亞的強硬激怒了孫士毅，孫士毅立即下令封鎖澳門。
封鎖澳門後，1784年10月26日，孫士毅給乾隆皇帝寫了一份情況彙報。乾隆皇帝拿到彙報後，一看也就是一份簡單的搜捕彙報。這份彙報的末尾，孫士毅寫道：竊思，西洋人來廣貿易，寓居商人十三行內，該商分應稽查、約束，豈容內地奸民與之交接。乃蔡伯多祿擅行出入招引，該商等置之不見不聞，一任改裝越境，咎實難辭。
孫士毅為了推卸責任，將蔡伯多祿秘密幫助義大利傳教士偷渡的責任，以及後來流竄到內地的責任，統統推到了行商身上，乾隆皇帝還沒有老眼昏花，特地在蔡伯多祿的名字後面硃批：「此人何尚未獲？」通覽孫士毅寫給乾隆皇帝的彙報，除了彙報材料末尾有乾隆皇帝硃批的三個字「知道了」之外，就是對蔡伯多祿的批示了，可以想象乾隆皇帝對傳教士可能勾結起義回民是多麼地警惕，抓住蔡伯多祿是乾隆皇帝的心願。
封鎖還在繼續，澳門的食品很快就嚴重短缺。
華利亞這個時候依然拒不交出蔡伯多祿，甚至還假模假樣地在整個澳門搜尋蔡伯多祿的下落，目的是希望孫士毅能夠解除對澳門的封鎖。孫士毅看穿了華利亞的花招，下令繼續封鎖澳門。華利亞的強盜嘴臉一下子露出來了，為了解決糧食危及，公然下令駐紮在澳門的葡萄牙軍隊進行武裝搶劫。
葡萄牙人的海盜習性很快就取得了成果。一艘正要離港的載有大米的中國船隻成了他們的目標，葡萄牙軍隊迅速包圍了船隻，關押了船上的中國船員，明目張膽地將船上的大米運到了總督府的倉庫。一艘船的大米無法滿足危機，華利亞下令繼續搶劫，凡是發現運載糧食的船隻，只要經過澳門就無條件開火。
華利亞的海盜搶劫行徑頓時將澳門周邊海域推向了恐怖境地，往來廣州黃埔港的歐美商人陷入了恐慌，當地的中國老百姓也陷入恐慌，葡萄牙軍隊甚至衝到老百姓家裡搶劫。孫士毅畢竟是文人出身，之前也沒有在部隊待過，根本沒有什麼打仗的經驗，本來蔡伯多祿逃跑已經讓乾隆皇帝很生氣，現在因為封鎖澳門引發衝突，那樣自己肯定掉腦袋。10月28日，孫士毅下令解除封鎖。
孫士毅窩囊之極，乾隆皇帝再次下令全國通緝蔡伯多祿，這讓孫士毅如芒在背。萬般無奈之下，孫士毅只有繼續跟華利亞交涉，甚至將葡萄牙駐紮澳門的所有官員都召集到修道院開現場辦公會議。孫士毅的代表腦子不好使，現場就要華利亞交出蔡伯多祿，甚至當著所有澳門官員的面交給華利亞一封強硬的諭令，如果澳門當局再不交出逃犯，帝國的軍隊已經枕戈待旦，朝發夕至，踏平澳門。
華利亞是澳門歷史上有名的死硬分子，孫士毅來硬的，這位爺偏不信邪，就是不交蔡伯多祿。這個時候，澳門的商人坐不住了，一旦商人關門停業了，華利亞的稅收什麼的就收不了啦。華利亞意識到問題的嚴重性，但是又不想交出蔡伯多祿，華利亞秘密將蔡伯多祿送到一條葡萄牙船上。10月30日夜晚，蔡伯多祿等乾隆皇帝下令通緝的要犯，在澳門碼頭秘密登船，天還沒有亮，葡萄牙人就急匆匆開船離港，直奔亞洲老巢果阿。
跑了朝廷欽犯，孫士毅只能抓住哆羅的擔保人潘振承打板子。順勢給乾隆皇帝寫信：臣欽奉諭旨，遵即傳喚商人帶領哆羅即羅馬當家同至臣署，曉以天朝法令，復宣揚皇上恩德，該哆羅觳觫跪聆，叩頭認罪，商人潘文巖等在旁目擊，亦十分惶悚，自稱防範不嚴，願求一體議罪，以冀稍贖前愆。
孫士毅提出以銀子認罪的法子，源於當時乾隆皇帝的寵臣和珅提出的議罪銀，只要犯罪分子交出銀子，就可以免罪。潘振承這一次是出了大血，孫士毅再給乾隆皇帝彙報的時候，潘振承還不得不裝孫子認罪：洋商潘文巖稟稱，哆羅羅馬當家住宿行中，失於防範，任由蔡伯多祿來往勾通，致有攬送洋人越境之事，非尋常翫忽可比，情願罰銀十二萬兩，著照所請，準其認罰。
潘振承交了議罪銀，按照當時的規定，只要交納兩萬到十四萬兩銀子，什麼罪過都可以免，當然造反是不行的。孫士毅將所有責任都推卸到了潘振承身上，甚至包括蔡伯多祿的逃跑。當然潘振承也交納了快接近議罪銀上線的銀子才得以平安。可是孫士毅卻對華利亞耿耿於懷，秘密地集結部隊，準備好好地教訓一番葡萄牙人。
孫士毅萬萬沒有想到，就在葡萄牙囂張跋扈跟帝國唱反調的時候，英格蘭人的大炮在黃埔港打死了中國居民。就算自己理解為那是誤傷，可是乾隆皇帝絕對不會相信英格蘭人的行為是無意的，洋鬼子炮擊命案會不會是他們跟葡萄牙人勾結的一個陰謀，尤其是現在歐美鬼子們將武裝力量集結到了黃埔港，這是不是葡萄牙人在背後的詭計，將帝國軍隊拖入兩線作戰的困境，然後瓦解帝國軍隊對澳門的攻擊呢？