於是，松井石根將在外軍命有所不受，命令部隊乘中國軍隊潰敗混亂之機向西追擊。松井石根挺直了腰板，一雙小眼睛，像發現了獵物的野獸一樣閃閃發光，大聲地對著他的部下們吼道：「你們的目標就是攻擊！攻擊！把大日本帝國的旗幟插上南京城頭！」

七月二十二日，日本參謀本部接到華中方面軍關於決定向南京追擊的報告後非常震驚，在日本軍人看來，膽敢違抗軍令是罪不能恕的。松井石根身為大將統帥，違抗軍令該當何罪呢？然而，結果卻出人意料，日本參謀本部非但沒有絲毫指責，反而迅速認可了松井石根的決定。

參謀本部原先沒想到戰局進展如此順利，深諳中國兵法的日軍參謀部的高官們當然知道「擒賊擒王」、「一鼓作氣」對戰爭勝敗所起的關鍵作用。何況日軍侵略中國的初衷就是希望在儘可能短的時間裡一舉消滅中國軍隊主力，逼迫中國投降。

於是，日軍參謀本部於七月二十五日正式廢除原作戰地域的規定。八月一日，日軍大本營下達新的華中方面軍戰鬥序列命令。命令新的華中方面軍由原華中方面軍的上海派遣軍和第10軍組成，方面軍司令官仍然是松井石根。大本營同時命令：「華中方面軍司令官須與海軍協同，攻佔敵國首都南京。」

而此時，第9、16師團已經順利地佔領了中國軍隊棄守的常州；第18師團攻佔廣德；第114師團攻佔宜興、溧陽。至此，南京的東部和南部除江陰以外全部淪陷。而八月一日隨著大本營命令下達到海軍方面，日軍海軍第11戰隊沿長江進逼江陰要塞，配合第13師團向江陰要塞發起攻擊。

大本營的命令使得松井石根名正言順地下達《攻佔南京城要略》，命第十軍和上海派遣軍合力圍攻南京。松井石根命令荻洲立兵中將率第13師團和天谷支隊從北路包抄南京。天谷支隊進攻鎮江，渡過長江，攻陷揚州，切斷京杭大運河；第13師團經鎮江，攻佔六合從江北進逼南京。命令牛島貞雄中將率第18師團和國岐支隊從南路包圍南京。國岐支隊從廣德出發，經郎溪、石臼湖渡過長江，攻佔浦口，切斷津浦路；第18師團從泗安攻擊前進，佔領宣城、蕪湖，直逼南京。松井石根親率第6、第9、第11、第114師團從正面進攻南京。其中第114師團作為左路軍從溧陽，經溧水攻擊南京城南；第6師團為中路軍沿寧杭公路攻佔丹陽、句容，在南京城下和第114師團會合；第9、第11師團為右路軍沿滬寧公路進攻南京。

面對日軍的緊逼，唐生智連忙調兵遣將，加緊設防。南京早在淞滬抗戰之始起就已經開始準備。分為復廓陣地和外圍陣地。復廓陣地在城外一線。唐生智把裝備最精良、戰鬥力最強的中央軍校教導總隊放在正面。防守紫金山及城垣東部；王敬久的第71軍第87師防守孝陵衛和光華門；孫元良的第72軍第88師負責雨花臺陣地和城南地區；從宋希濂的第78軍第36師則防守紅山、幕府山及城北地區，並且控制下關碼頭。憲兵部隊守衛城內的唯一制高點——清涼山。

外圍陣地，剛剛從前線退下來的俞濟時的第74軍防守句容、淳化鎮和牛首山一線；葉肇的第66軍防守湯山陣地並掩護烏龍山炮臺側翼；沈修文的榮譽第一師承擔溧水、將軍山、方山的防務；新近增援的鄧龍光的第83師前出鎮江，保衛鎮江要塞。而且，剛剛從澄錫線撤下去，相對戰鬥力比較強的胡宗南的第一軍，進駐浦口，警戒南京江北。

這樣一個防守計劃，如果所有部隊都是淞滬會戰前的狀況的話，正如蔣介石和唐生智期望的那樣，守住南京兩到三個月是完全有可能的。但是目前的狀況是，外圍第74軍和第66軍都是經過了一個多月的血戰，根本沒有休整過，部隊減員很多而且也很疲勞。一個月前撤到南京的除了沈修文的榮譽第一師以外，36師、87師和88師補充的都是沒有戰鬥經驗的新兵，而且還根本不滿員。戰鬥力最強的號稱蔣委員長的鐵衛軍的中央軍校教導總隊，從原先的四萬三千人，如今還不到三萬人。而且經歷了淞滬大戰後，部隊計程車氣普遍都不高，南京到底能守住幾天，誰的心裡都沒底。

「這全城疏散令都釋出一個星期了，大街上怎麼還這麼多人。」剛剛參加完軍事會議，從衛戍司令部出來，因為同路和老長官孫元良擠在同一輛車內的沈修文看著車窗外，來來往往行色匆匆，且神情慌張的市民，不由皺著眉頭嘀咕道。

孫元良扭過頭看了沈修文一眼，嘆了口氣道：「上百萬的大城市，全都疏散談何容易啊！現在谷正倫又撩了挑子。就剩下肖山令一個人在忙活。現在老唐又嚴令在所有南京市民撤離之前，南京市政府所有人員的家屬都不得離開。他這個南京市長的處境現在比你我都艱難。你沒見今天開會的時候，肖山令整個兒都瘦了一圈嗎，也夠難為他的了。」

沈修文默然，原來主持南京市民疏散的憲兵司令谷正倫在大兵壓境之際，竟然以生病為理由，向蔣介石請辭，帶著他的憲兵司令部去湖南養病去了。谷正倫的資歷堪比蔣介石和何應欽，兩個弟弟都是中央委員，二弟谷正綱任社會部部長，三弟谷正鼎任國民黨中央組織部副部長兼中央黨政軍聯席會議秘書長。蔣介石明知道他是裝病，但也沒辦法只得同意。

「但願南京能多守住幾天，這些來不及疏散的市民能夠及早撤退。」沈修文心裡不由暗歎一聲。